Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I195 R1
|
222 |
27.1 |
1551108 |
96.0% |
1489063 |
86.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,458,386 |
A→G |
E369G (GAA→GGA) |
gspL → |
type II secretion system protein GspL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,458,386 | 0 | A | G | 100.0%
| 166.3
/ NA
| 46 | E369G (GAA→GGA) | gspL | type II secretion system protein GspL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (28/18); total (28/18) |
TCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATC > NZ_CP009273/3458304‑3458469
|
tCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACa < 2:648668/90‑1 (MQ=255)
tCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACa > 1:451955/1‑90 (MQ=255)
cGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAg > 1:702818/1‑90 (MQ=255)
cTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGaa > 2:98758/1‑90 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 1:327660/90‑1 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 2:236597/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 1:467796/90‑1 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg < 2:553738/90‑1 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 2:525187/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 2:24683/1‑90 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:406076/90‑1 (MQ=255)
aaGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTa < 2:102432/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATgg > 2:369772/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:104509/90‑1 (MQ=255)
aaGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc > 1:188970/1‑74 (MQ=255)
aaGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 2:188970/74‑1 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg > 2:305835/1‑90 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg < 2:410729/90‑1 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg > 2:448512/1‑90 (MQ=255)
cgatcgTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTc < 2:340916/90‑1 (MQ=255)
atcgTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 2:229966/62‑1 (MQ=255)
atcgTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc > 1:229966/1‑62 (MQ=255)
atcgTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAg > 2:664457/1‑90 (MQ=255)
ttCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa > 1:240636/1‑90 (MQ=255)
ttCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa < 2:499941/90‑1 (MQ=255)
gAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:705215/65‑1 (MQ=255)
gAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 2:705215/1‑65 (MQ=255)
ttAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAAt < 1:462891/90‑1 (MQ=255)
ttAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAAt < 1:388342/90‑1 (MQ=255)
tAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATc > 1:557072/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:221782/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:118740/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:65584/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:447689/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:418646/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:407832/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:266994/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:24809/1‑90 (MQ=255)
tCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTggg > 1:524707/1‑90 (MQ=255)
ggCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGa > 1:501331/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAg > 1:247961/1‑46 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAg < 2:247961/46‑1 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 1:244591/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:613609/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:143981/1‑90 (MQ=255)
cGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATc < 1:369772/90‑1 (MQ=255)
|
TCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGT‑‑GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATC > NZ_CP009273/3458304‑3458469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAACAG > NZ_CP009273/3458294‑3458485
|
GAAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACA > SRR3722073.461617/1‑100 (MQ=60)
AAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAG > SRR3722073.717061/1‑100 (MQ=60)
TAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGG < SRR3722073.334615/100‑1 (MQ=60)
ATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722073.477770/100‑1 (MQ=60)
tacacactgcatatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722073.648631/54‑1 (MQ=60)
GCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATctgtct > SRR3722073.192706/1‑94 (MQ=60)
gtgtataagagacagTCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722073.719491/85‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722073.106769/100‑1 (MQ=60)
GCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATctgtctcttatacacatc > SRR3722073.234764/1‑82 (MQ=60)
TATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAA > SRR3722073.245684/1‑100 (MQ=60)
TTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATC > SRR3722073.568704/1‑100 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722073.121264/1‑100 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722073.416545/1‑100 (MQ=60)
GTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGG > SRR3722073.535718/1‑100 (MQ=60)
TTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGC < SRR3722073.472770/100‑1 (MQ=60)
TTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGC < SRR3722073.396610/100‑1 (MQ=60)
ACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGA > SRR3722073.511933/1‑100 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgat > SRR3722073.253158/1‑66 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > SRR3722073.249721/1‑100 (MQ=60)
CGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAA < SRR3722073.377611/100‑1 (MQ=60)
GGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAAC < SRR3722073.536209/100‑1 (MQ=60)
GAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAACAG < SRR3722073.458090/100‑1 (MQ=60)
|
GAAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAACAG > NZ_CP009273/3458294‑3458485
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
