Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I211 R1
|
223 |
18.0 |
1007644 |
96.3% |
970361 |
85.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,458,386 |
A→G |
E369G (GAA→GGA) |
gspL → |
type II secretion system protein GspL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,458,386 | 0 | A | G | 100.0%
| 124.3
/ NA
| 37 | E369G (GAA→GGA) | gspL | type II secretion system protein GspL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (16/21); total (16/21) |
TCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGA > NZ_CP009273/3458304‑3458463
|
tCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACa < 2:65379/90‑1 (MQ=255)
cGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAg > 1:383865/1‑90 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 1:212836/90‑1 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 2:161579/90‑1 (MQ=255)
aaaaTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCg < 1:65069/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc > 1:230007/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg < 2:419876/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:363422/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:311563/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:321989/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:79789/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 1:182015/76‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc > 2:182015/1‑76 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 2:411046/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 2:291205/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:96849/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:230007/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:123665/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:242971/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:204334/90‑1 (MQ=255)
aaGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAg > 1:70337/1‑90 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg < 2:70337/90‑1 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg > 1:157465/1‑90 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 2:168749/63‑1 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc > 1:168749/1‑63 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGGGTATGGACAGTAAGGAACTCa > 1:365486/1‑90 (MQ=255)
atcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAg > 1:126362/1‑90 (MQ=255)
atcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAg > 2:356002/1‑90 (MQ=255)
ttCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa < 2:362393/90‑1 (MQ=255)
acaGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtgg < 1:33672/90‑1 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa > 2:243427/1‑73 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa < 1:243427/73‑1 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 2:278219/1‑90 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 1:272525/1‑90 (MQ=255)
ggCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGa > 1:110132/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:144526/44‑1 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 2:144526/1‑44 (MQ=255)
|
TCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGA > NZ_CP009273/3458304‑3458463
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > NZ_CP009273/3458295‑3458468
|
AAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAG > SRR3722094.390432/1‑100 (MQ=60)
GACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTC > SRR3722094.233180/1‑100 (MQ=60)
TAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGG < SRR3722094.215702/100‑1 (MQ=60)
AAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTG < SRR3722094.65980/100‑1 (MQ=60)
acagGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722094.184511/96‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722094.327159/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722094.316452/100‑1 (MQ=60)
GCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAG > SRR3722094.71325/1‑100 (MQ=60)
GAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGG > SRR3722094.159663/1‑100 (MQ=60)
tggtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722094.146552/64‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAGC < SRR3722094.246469/100‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722094.125442/100‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722094.207101/100‑1 (MQ=60)
AGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATctgtctcttatacacat > SRR3722094.171101/1‑83 (MQ=60)
AGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGGGTATGGACAGTAAGGAACTCA > SRR3722094.371616/1‑100 (MQ=60)
GCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAG > SRR3722094.128178/1‑100 (MQ=60)
gagacaGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATC < SRR3722094.246932/94‑1 (MQ=60)
AGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGG > SRR3722094.276598/1‑100 (MQ=60)
ACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGA > SRR3722094.111724/1‑100 (MQ=60)
ACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAA < SRR3722094.34145/100‑1 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgaccatcttagtgta > SRR3722094.8549/1‑54 (MQ=60)
|
AAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > NZ_CP009273/3458295‑3458468
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
