Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,458,386 |
A→G |
E369G (GAA→GGA) |
gspL → |
type II secretion system protein GspL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,458,386 | 0 | A | G | 96.2%
| 241.1
/ 0.8
| 78 | E369G (GAA→GGA) | gspL | type II secretion system protein GspL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base G (43/32); total (46/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
TAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCC > NZ_CP009273/3458314‑3458470
|
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 2:276698/90‑1 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 1:1433623/90‑1 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGCCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 2:1066663/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 1:516012/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 1:471149/90‑1 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 2:923849/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 2:709087/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 2:433506/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 2:377413/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 1:677476/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 1:674467/1‑90 (MQ=255)
gAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAg > 1:408318/1‑90 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:993971/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:1572468/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:1319768/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:511488/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:1542725/90‑1 (MQ=255)
cTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtggtg < 1:1452742/90‑1 (MQ=255)
aaGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTa < 1:541797/90‑1 (MQ=255)
gagTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATg < 1:715078/90‑1 (MQ=255)
agTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATgg < 2:1532602/90‑1 (MQ=255)
agTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATgg < 1:1110015/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:1366716/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:352234/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 1:5135/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 1:209927/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:880/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:39134/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 1:249056/1‑90 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAATCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:456551/90‑1 (MQ=255)
gAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACa > 1:1166211/1‑90 (MQ=255)
aaGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAg < 2:441291/90‑1 (MQ=255)
cTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTaa < 1:381917/90‑1 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg > 2:281036/1‑90 (MQ=255)
aaTATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAgg > 1:891331/1‑90 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:174595/77‑1 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 2:174595/1‑77 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCa > 2:193821/1‑90 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCa > 1:513108/1‑90 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCa > 2:1487312/1‑90 (MQ=255)
gatcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCa > 2:415450/1‑90 (MQ=255)
atcgTTTCTGTGAGTTAACACGGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAg > 2:479479/1‑90 (MQ=255)
gTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGgaaa < 1:673870/40‑1 (MQ=39)
gTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGgaaa > 2:673870/1‑40 (MQ=255)
ttCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa < 1:1487312/90‑1 (MQ=255)
gtgAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGAt > 2:1381893/1‑90 (MQ=255)
gAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTa > 2:763397/1‑90 (MQ=255)
acaGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtgg < 1:479479/90‑1 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 1:46387/41‑1 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc > 2:46387/1‑41 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtggtg < 1:679593/48‑1 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtggtg > 2:679593/1‑48 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:901002/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:1286856/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggag > 1:770302/1‑88 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGCGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 1:851693/1‑90 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 2:533299/1‑90 (MQ=255)
ggCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGa > 1:730346/1‑90 (MQ=255)
ggCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGa > 1:684340/1‑90 (MQ=255)
ggCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGa > 2:377334/1‑90 (MQ=255)
gCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGaa < 2:83716/90‑1 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATgg < 1:1269890/42‑1 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATgg > 2:1269890/1‑42 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 1:1029826/1‑44 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:1029826/44‑1 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 1:1222916/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:193655/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:182043/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:156328/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:585568/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:624564/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:1452139/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 1:1479645/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:1071832/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:1071142/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 1:714766/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 1:572852/1‑90 (MQ=255)
gATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 2:875256/1‑42 (MQ=255)
gATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:875256/42‑1 (MQ=255)
gATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATcc < 2:1479645/90‑1 (MQ=255)
|
TAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCC > NZ_CP009273/3458314‑3458470
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCAGAAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAACAG > NZ_CP009273/3458291‑3458485
|
CCAGAAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAA < SRR3722078.484354/100‑1 (MQ=60)
accgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAA < SRR3722078.681603/60‑1 (MQ=60)
CCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAG > SRR3722078.413257/1‑100 (MQ=60)
CCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAG > SRR3722078.682216/1‑100 (MQ=60)
CCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAG > SRR3722078.685303/1‑100 (MQ=60)
TAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGG < SRR3722078.1456937/100‑1 (MQ=60)
ccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722078.46937/61‑1 (MQ=60)
ATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722078.522118/100‑1 (MQ=60)
ATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722078.476741/100‑1 (MQ=60)
tctacacgaccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGG < SRR3722078.158265/52‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722078.517539/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC > SRR3722078.5190/1‑100 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722078.1567875/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC > SRR3722078.212465/1‑100 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC > SRR3722078.252092/1‑100 (MQ=60)
TGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACA > SRR3722078.1184330/1‑100 (MQ=60)
cgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGT < SRR3722078.687482/68‑1 (MQ=60)
CTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGT < SRR3722078.1476426/100‑1 (MQ=60)
AAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAA < SRR3722078.548197/100‑1 (MQ=60)
GAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGG > SRR3722078.903317/1‑100 (MQ=60)
GAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGG < SRR3722078.723866/100‑1 (MQ=60)
cgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGA < SRR3722078.1290038/62‑1 (MQ=60)
AGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGA < SRR3722078.1126955/100‑1 (MQ=60)
cgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722078.887004/62‑1 (MQ=60)
cagAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722078.176642/97‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722078.356538/100‑1 (MQ=60)
AGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCA > SRR3722078.519181/1‑100 (MQ=60)
CTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGG < SRR3722078.386577/100‑1 (MQ=60)
TTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATC < SRR3722078.1511555/100‑1 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722078.913096/1‑100 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722078.1307340/1‑100 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGAG > SRR3722078.780235/1‑100 (MQ=60)
AGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGCGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGG > SRR3722078.863066/1‑100 (MQ=60)
ACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGA > SRR3722078.692349/1‑100 (MQ=60)
ACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGA > SRR3722078.739482/1‑100 (MQ=60)
ACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAA < SRR3722078.485161/100‑1 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatgg > SRR3722078.1045113/1‑64 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > SRR3722078.579548/1‑100 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > SRR3722078.1503775/1‑100 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > SRR3722078.723549/1‑100 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > SRR3722078.1242167/1‑100 (MQ=60)
GGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAAC < SRR3722078.1263469/100‑1 (MQ=60)
GGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAAC < SRR3722078.1240097/100‑1 (MQ=60)
GAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAACAG < SRR3722078.1087307/100‑1 (MQ=60)
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CCAGAAGCAAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGGAAAAACAG > NZ_CP009273/3458291‑3458485
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
