Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I207 R1
|
218 |
45.0 |
2482936 |
97.1% |
2410930 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,300,524 |
Δ1 bp |
coding (504/1005 nt) |
oppF → |
murein tripeptide/oligopeptide ABC transporter ATP‑binding protein OppF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,300,522 | 0 | G | . | 100.0%
| 83.4
/ NA
| 20 | coding (502/1005 nt) | oppF | murein tripeptide/oligopeptide ABC transporter ATP‑binding protein OppF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (11/9); total (11/9) |
GAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGG > NZ_CP009273/1300444‑1300606
|
gAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGc < 2:1150947/90‑1 (MQ=255)
gAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGc < 2:1069101/90‑1 (MQ=255)
gcgTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTAt > 1:701349/1‑90 (MQ=255)
cgTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATc < 1:201712/90‑1 (MQ=255)
atgatgCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTgcgc > 1:1121054/1‑90 (MQ=255)
cTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGctc > 1:790977/1‑90 (MQ=255)
gAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCtt > 1:290001/1‑90 (MQ=255)
gAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCtt < 1:767587/90‑1 (MQ=255)
aaCCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGa > 1:1218945/1‑90 (MQ=255)
gATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATc > 1:958606/1‑90 (MQ=255)
gATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATc > 1:613625/1‑90 (MQ=255)
aTTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCt > 2:516101/1‑90 (MQ=255)
cGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGtgatg > 2:482617/1‑90 (MQ=255)
aTCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGcc > 2:648181/1‑90 (MQ=255)
tCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACTGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCg < 2:790977/90‑1 (MQ=255)
gCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGgtg > 1:140074/1‑90 (MQ=255)
aTGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTc < 1:446905/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTc < 2:1210008/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTc < 2:335558/90‑1 (MQ=255)
tctGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTgg < 2:1148029/90‑1 (MQ=255)
|
GAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGG > NZ_CP009273/1300444‑1300606
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTCGCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATT > NZ_CP009273/1300438‑1300617
|
GTTCGCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTAT > SRR3722089.710490/1‑100 (MQ=60)
CGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGC > SRR3722089.1138052/1‑100 (MQ=60)
CGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGC < SRR3722089.204255/100‑1 (MQ=60)
GGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTC > SRR3722089.801851/1‑100 (MQ=60)
CGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTT > SRR3722089.293708/1‑100 (MQ=60)
GAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAAC < SRR3722089.777925/100‑1 (MQ=60)
GTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGA > SRR3722089.1237485/1‑100 (MQ=60)
TGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATC > SRR3722089.621286/1‑100 (MQ=60)
TGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATC > SRR3722089.972719/1‑100 (MQ=60)
ACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTG > SRR3722089.141788/1‑100 (MQ=60)
acagGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGAC < SRR3722089.16221/96‑1 (MQ=60)
acagGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGAC < SRR3722089.912/96‑1 (MQ=60)
ATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGAC < SRR3722089.452263/100‑1 (MQ=60)
CTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATT > SRR3722089.1059392/1‑100 (MQ=60)
|
GTTCGCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATT > NZ_CP009273/1300438‑1300617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
