Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,300,524 |
Δ1 bp |
coding (504/1005 nt) |
oppF → |
murein tripeptide/oligopeptide ABC transporter ATP‑binding protein OppF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,300,522 | 0 | G | . | 100.0%
| 98.2
/ NA
| 24 | coding (502/1005 nt) | oppF | murein tripeptide/oligopeptide ABC transporter ATP‑binding protein OppF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (10/14); total (10/14) |
CGCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCT > NZ_CP009273/1300441‑1300604
|
cgcgAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGcc > 2:1224501/1‑90 (MQ=255)
gcgAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCa < 1:989987/90‑1 (MQ=255)
gAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGc < 1:1427732/90‑1 (MQ=255)
gcgcGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGt < 2:37934/90‑1 (MQ=255)
gcgcGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGt < 2:1166367/90‑1 (MQ=255)
atgatgCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTgcgc < 2:683776/90‑1 (MQ=255)
gAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCtt < 1:338173/90‑1 (MQ=255)
gggTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGAtt > 2:139447/1‑71 (MQ=255)
gggTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGAtt < 1:139447/71‑1 (MQ=255)
ccTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGc < 1:386106/90‑1 (MQ=255)
ccTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGc < 1:1224501/90‑1 (MQ=255)
cTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCt > 2:418090/1‑90 (MQ=255)
gATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATc > 1:824868/1‑90 (MQ=255)
gATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATc < 2:141826/90‑1 (MQ=255)
gATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATc < 1:120546/90‑1 (MQ=255)
tAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCtgt < 2:407648/90‑1 (MQ=255)
ccGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGtgat > 2:998172/1‑90 (MQ=255)
cGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGtgatg > 2:587280/1‑90 (MQ=255)
gCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGgtg > 2:785976/1‑90 (MQ=255)
aTGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGACCCGAAGCTTATTATCTGTGATGAGCCGGTGTc < 1:1213043/90‑1 (MQ=255)
gTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGAtt < 2:1539692/66‑1 (MQ=255)
gTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGAtt > 1:1539692/1‑66 (MQ=255)
tctcTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCt > 1:28853/1‑90 (MQ=255)
tctcTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCAGCGCt > 1:528307/1‑90 (MQ=255)
|
CGCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCT > NZ_CP009273/1300441‑1300604
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATTCAGGCA > NZ_CP009273/1300442‑1300623
|
GCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGG < SRR3722078.1004359/100‑1 (MQ=60)
GAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGAT < SRR3722078.1450943/100‑1 (MQ=60)
aagagacagGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTC < SRR3722078.141073/91‑1 (MQ=60)
GAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAAC < SRR3722078.342309/100‑1 (MQ=60)
TGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATC > SRR3722078.835796/1‑100 (MQ=60)
CCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTG < SRR3722078.1243782/100‑1 (MQ=60)
CCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTG < SRR3722078.390807/100‑1 (MQ=60)
GATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGC < SRR3722078.121952/100‑1 (MQ=60)
ATCCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGctgtctcttataca > SRR3722078.1564796/1‑86 (MQ=60)
CCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCT > SRR3722078.29210/1‑100 (MQ=60)
CCGCATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCAGCGCT > SRR3722078.534550/1‑100 (MQ=60)
ATGAGTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGACCCGAAGCTTATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGAC < SRR3722078.1232112/100‑1 (MQ=60)
GTTCTCTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGT > SRR3722078.807718/1‑100 (MQ=60)
CTGGT‑GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTTTCGGCGCTGGACGTGTCAATT > SRR3722078.1538361/1‑100 (MQ=60)
GGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATTCAGGC > SRR3722078.1566467/1‑100 (MQ=60)
GCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATTCAGGCA < SRR3722078.1243487/100‑1 (MQ=60)
|
GCGAGCGCGTGAAGGCGATGATGCTGAAAGTCGGGTTATTGCCTAACCTGATTAACCGCTATCCGCATGAGTTCTCTGGTGGGCAGTGCCAGCGTATCGGGATTGCGCGTGCTCTTATTCTTGAACCGAAGCTGATTATCTGTGATGAGCCGGTGTCGGCGCTGGACGTGTCAATTCAGGCA > NZ_CP009273/1300442‑1300623
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
