Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I200 R1
|
216 |
30.8 |
1683622 |
97.2% |
1636480 |
87.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
386,045 |
T→C |
pseudogene (339/1527 nt) |
BW25113_RS01915 → |
outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 386,045 | 0 | T | C | 87.8%
| 119.4
/ 10.6
| 49 | pseudogene (339/1527 nt) | BW25113_RS01915 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base C (22/21); total (25/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
CACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTG > NZ_CP009273/385961‑386130
|
cACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGTTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAt > 2:30455/1‑90 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:394279/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGCAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:661472/90‑1 (MQ=255)
ccTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc < 2:817117/90‑1 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:787220/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:108724/1‑90 (MQ=255)
ttGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGc < 1:54516/90‑1 (MQ=255)
gAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCTGgggg > 2:434650/1‑90 (MQ=255)
aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt > 2:374521/1‑90 (MQ=255)
aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt > 1:399649/1‑90 (MQ=255)
aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt < 2:797038/90‑1 (MQ=255)
acagtGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGtt < 1:612123/86‑1 (MQ=255)
ccATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGtta > 1:399831/1‑90 (MQ=255)
tGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGttatta < 2:49603/90‑1 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGTTTACTTCTATGCTGCCCGGCGGTTATTTTGATc > 2:527040/1‑90 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTTTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 1:95726/1‑90 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 1:430650/1‑90 (MQ=255)
gCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGt < 2:132490/90‑1 (MQ=255)
aGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGttt < 2:443289/90‑1 (MQ=255)
gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGtttt > 2:751690/1‑90 (MQ=255)
gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGGTGCCTGGGGGGTATTATGGTCgctgt > 2:612123/1‑86 (MQ=255)
gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGtttt > 2:552201/1‑90 (MQ=255)
cAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGa > 1:74768/1‑90 (MQ=255)
gTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATg > 2:69304/1‑90 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACTGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 1:751690/90‑1 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 1:552201/90‑1 (MQ=255)
cTGTTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 1:30455/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGTTTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:579596/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:467499/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:38099/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:122585/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:69304/90‑1 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 2:718562/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 2:482477/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 1:210598/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 2:729954/1‑90 (MQ=255)
aGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGATGCCGATGGtaata > 2:157722/1‑90 (MQ=255)
gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 2:422661/1‑90 (MQ=255)
gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 1:733850/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGa > 1:176958/1‑90 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:275858/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:355917/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 1:527040/90‑1 (MQ=255)
gATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTa > 1:339456/1‑90 (MQ=255)
aTTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTac < 1:422661/90‑1 (MQ=255)
aTTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTac < 1:37409/90‑1 (MQ=255)
cACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACt < 2:430650/90‑1 (MQ=255)
cACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACt < 1:108724/90‑1 (MQ=255)
aCGGCTCGATTACTTCTATGGTGCCTGGCGGGTATTATGATCGTTTTTATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGGTATGATTTTTACACTg > 2:742438/1‑90 (MQ=255)
|
CACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTG > NZ_CP009273/385961‑386130
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGA > NZ_CP009273/385962‑386143
|
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722079.397568/100‑1 (MQ=60)
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGCAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722079.668346/100‑1 (MQ=60)
CTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGT > SRR3722079.403011/1‑100 (MQ=60)
ATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTA > SRR3722079.403193/1‑100 (MQ=60)
TTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATG < SRR3722079.54948/100‑1 (MQ=60)
AACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTTTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATC > SRR3722079.96481/1‑100 (MQ=60)
AACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATC > SRR3722079.434378/1‑100 (MQ=60)
acagTGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCG < SRR3722079.618312/96‑1 (MQ=60)
ATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGA > SRR3722079.75384/1‑100 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAA > SRR3722079.212401/1‑100 (MQ=60)
TACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACTGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAAT < SRR3722079.759725/100‑1 (MQ=60)
TACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAAT < SRR3722079.557497/100‑1 (MQ=60)
CTGTTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA < SRR3722079.30675/100‑1 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA > SRR3722079.741698/1‑100 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATATTC < SRR3722079.471587/100‑1 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722079.69873/100‑1 (MQ=60)
GCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGA > SRR3722079.178503/1‑100 (MQ=60)
GTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTA > SRR3722079.342135/1‑100 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC < SRR3722079.531942/100‑1 (MQ=60)
ATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGG < SRR3722079.426308/100‑1 (MQ=60)
ATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGG < SRR3722079.37681/100‑1 (MQ=60)
CACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTG < SRR3722079.109610/100‑1 (MQ=60)
GCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGA > SRR3722079.688485/1‑100 (MQ=60)
|
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGA > NZ_CP009273/385962‑386143
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
