Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
386,045 |
T→C |
pseudogene (339/1527 nt) |
BW25113_RS01915 → |
outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 386,045 | 0 | T | C | 96.4%
| 261.3
/ 1.3
| 85 | pseudogene (339/1527 nt) | BW25113_RS01915 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (43/38); total (44/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 |
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTAC > NZ_CP009273/385962‑386126
|
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:814427/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:6102/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:49817/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:1551922/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:43105/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:356924/90‑1 (MQ=255)
cGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTa > 2:972332/1‑90 (MQ=255)
tctcAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACtt > 2:99494/1‑90 (MQ=255)
tattatTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctg > 1:490062/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:884256/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:810708/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:417238/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:389518/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:643368/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:564107/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:1453277/1‑90 (MQ=255)
ttattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTTACGGCTCGATTACTTCTATGCTGcc > 2:898224/1‑90 (MQ=255)
attTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGTCTg < 2:218821/90‑1 (MQ=255)
attTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTg < 1:1017170/90‑1 (MQ=255)
ttGAACCATGATTATGCAGACAGTTCTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGc < 2:933405/90‑1 (MQ=255)
gAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGgggg > 1:811646/1‑90 (MQ=255)
gAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCgg < 1:898224/90‑1 (MQ=255)
aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt > 2:1429357/1‑90 (MQ=255)
aTGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGttatt > 1:343317/1‑90 (MQ=255)
tGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:471226/64‑1 (MQ=255)
tGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt > 2:471226/1‑64 (MQ=255)
gATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTtattat > 1:379384/1‑90 (MQ=255)
tATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGAt < 2:43442/90‑1 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 2:1173799/1‑90 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 1:1389794/1‑90 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc < 1:588200/90‑1 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 1:175286/1‑90 (MQ=255)
aGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGttt < 2:643368/90‑1 (MQ=255)
aGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGttt < 1:99494/90‑1 (MQ=255)
gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGtttt > 2:1245868/1‑90 (MQ=255)
gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGtttt > 1:229068/1‑90 (MQ=255)
cAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGa > 1:1027778/1‑90 (MQ=255)
aGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGG‑‑C‑‑‑T‑CTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:1403491/90‑1 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 1:663595/90‑1 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 2:1453277/90‑1 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 2:1437410/90‑1 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc > 1:1228704/1‑90 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 2:564107/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTTTTATGATCGTTTTGGTGCGGAt > 1:1394898/1‑90 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:343317/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:912209/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:1555275/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:1518285/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:1405564/90‑1 (MQ=255)
aaTCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGt > 2:107793/1‑90 (MQ=255)
aaTCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGt > 1:58445/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 1:1391114/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 2:1155407/83‑1 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg > 1:1155407/1‑83 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 1:838485/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 2:703385/1‑90 (MQ=255)
gcctGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 1:114396/4‑90 (MQ=255)
gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTAGTTCTATGCTGCCTGGGGGTTTTTATGGTCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 1:1345462/1‑90 (MQ=255)
gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTTCTTTTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 2:963286/1‑90 (MQ=255)
gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 1:195437/1‑90 (MQ=255)
atCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGt < 1:1041094/90‑1 (MQ=255)
cAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTgg < 2:379384/90‑1 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGa > 1:787514/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc > 1:126392/1‑37 (MQ=38)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc < 2:126392/37‑1 (MQ=38)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:168278/72‑1 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt > 1:168278/1‑72 (MQ=255)
aaTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGatat > 1:328822/1‑90 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 1:1096254/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGt < 2:552453/83‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGt > 1:552453/1‑83 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:570870/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 1:44138/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 1:963286/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:756803/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 1:703385/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:1389794/90‑1 (MQ=255)
gTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTTATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGATATGAtttt > 1:52205/1‑90 (MQ=255)
gTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGAtttt > 2:433423/1‑90 (MQ=255)
gATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGata > 2:578418/1‑81 (MQ=255)
gATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGata < 1:578418/81‑1 (MQ=255)
gATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTa > 2:1254127/1‑90 (MQ=255)
aTTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTac < 2:221447/90‑1 (MQ=255)
tCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:577668/80‑1 (MQ=255)
tCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg > 1:577668/1‑80 (MQ=255)
|
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTAC > NZ_CP009273/385962‑386126
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGAT > NZ_CP009273/385953‑386144
|
GTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTA < SRR3722078.950259/100‑1 (MQ=60)
GTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTA < SRR3722078.779462/100‑1 (MQ=60)
ACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTC < SRR3722078.218465/100‑1 (MQ=60)
ACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTC < SRR3722078.873902/100‑1 (MQ=60)
tgtgtataagagacagATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722078.476818/84‑1 (MQ=60)
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722078.361277/100‑1 (MQ=60)
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722078.43614/100‑1 (MQ=60)
GATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTG > SRR3722078.495880/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722078.650759/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722078.1476970/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722078.570723/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722078.896136/1‑100 (MQ=60)
CCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGGGG > SRR3722078.822376/1‑100 (MQ=60)
TATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCTGGCGGgtttt > SRR3722078.766494/1‑95 (MQ=60)
TATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATT > SRR3722078.347516/1‑100 (MQ=60)
ATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTA < SRR3722078.1032182/100‑1 (MQ=60)
TTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTAT > SRR3722078.384017/1‑100 (MQ=60)
GAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGAT < SRR3722078.910288/100‑1 (MQ=60)
AACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATT > SRR3722078.1412245/1‑100 (MQ=60)
AACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATC > SRR3722078.177338/1‑100 (MQ=60)
TGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTT > SRR3722078.231847/1‑100 (MQ=60)
ATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGA > SRR3722078.1043028/1‑100 (MQ=60)
ATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGC > SRR3722078.1248060/1‑100 (MQ=60)
ATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGC < SRR3722078.595043/100‑1 (MQ=60)
AGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTTTTATGATCGTTTTGGTGCGGAT > SRR3722078.1417449/1‑100 (MQ=60)
AGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAT < SRR3722078.100664/100‑1 (MQ=60)
AGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTTTTATGATCGTTTTtgttccgat > SRR3722078.1413912/1‑91 (MQ=60)
CAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGT > SRR3722078.59137/1‑100 (MQ=60)
AGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCT‑‑‑‑‑‑CTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722078.1426236/100‑1 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAA > SRR3722078.1413593/1‑100 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTTTTCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGAagccgaggggaa > SRR3722078.914480/1‑88 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGTAA > SRR3722078.849647/1‑100 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAA > SRR3722078.1173264/1‑100 (MQ=60)
TACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAAT < SRR3722078.671195/100‑1 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTAGTTCTATGCTGCCTGGGGGTTTTTATGGTCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA > SRR3722078.1367057/1‑100 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA > SRR3722078.197770/1‑100 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCCTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA > SRR3722078.115737/1‑100 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722078.1543047/100‑1 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722078.1428352/100‑1 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722078.1580594/100‑1 (MQ=60)
GCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGA > SRR3722078.797798/1‑100 (MQ=60)
GCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatggcgggcgg > SRR3722078.127855/1‑57 (MQ=60)
GCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGGAATAATCctgtctct > SRR3722078.170230/1‑92 (MQ=60)
GGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGATAT > SRR3722078.332853/1‑100 (MQ=60)
GATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatggggggcggggagatgtcgggggtggcc > SRR3722078.812148/1‑38 (MQ=60)
GATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGGAATAATCTGGGGGGATATG > SRR3722078.558969/1‑100 (MQ=60)
ATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATT < SRR3722078.1056632/100‑1 (MQ=60)
CAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTATGGTCGTTTTtatgcctgtctcttatacacatctggcgctgccgac > SRR3722078.1579599/1‑64 (MQ=60)
CAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTTATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGATATGATTTT > SRR3722078.52816/1‑100 (MQ=60)
TAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTAC < SRR3722078.585160/100‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC < SRR3722078.1112928/100‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC < SRR3722078.711876/100‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC < SRR3722078.44658/100‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC < SRR3722078.976982/100‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGATATGATTTTTACAC > SRR3722078.584405/1‑100 (MQ=60)
CTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGAT < SRR3722078.499375/100‑1 (MQ=60)
CTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGAT < SRR3722078.475923/100‑1 (MQ=60)
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GTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGAT > NZ_CP009273/385953‑386144
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
