Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I210 R1
|
226 |
19.6 |
1130256 |
95.4% |
1078264 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
386,045 |
T→C |
pseudogene (339/1527 nt) |
BW25113_RS01915 → |
outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 386,045 | 0 | T | C | 100.0%
| 97.8
/ NA
| 30 | pseudogene (339/1527 nt) | BW25113_RS01915 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/15); total (15/15) |
GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTG > NZ_CP009273/385960‑386130
|
gCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGa > 1:480724/1‑90 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:91936/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:380482/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:510192/90‑1 (MQ=255)
ccTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc < 1:396843/90‑1 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:90506/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:44159/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:330922/1‑90 (MQ=255)
aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt < 1:13281/90‑1 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc < 1:310076/90‑1 (MQ=255)
tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 2:224075/90‑1 (MQ=255)
cTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 1:523067/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:117375/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:90506/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:14468/90‑1 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATTGTTTTGATGCAGATGGtaa > 1:86079/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 2:73168/1‑90 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 2:2552/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTggggggg > 2:390926/1‑89 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGa > 2:562494/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGa > 2:446971/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGGAATAATCTGGGGGGa > 2:296912/1‑90 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 1:44159/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:118774/90‑1 (MQ=255)
gTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTTATGCAGATGGGAATAATCTGGGTGGATATGAtttt > 1:273467/1‑90 (MQ=255)
gTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGAtttt > 2:275272/1‑90 (MQ=255)
gATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATTGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTa > 2:382980/1‑90 (MQ=255)
gATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTa > 1:99325/1‑90 (MQ=255)
aCGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTg < 1:427886/90‑1 (MQ=255)
aCGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTg < 1:506077/90‑1 (MQ=255)
|
GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTG > NZ_CP009273/385960‑386130
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGT > NZ_CP009273/385950‑386140
|
ACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGA > SRR3722092.490272/1‑100 (MQ=60)
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722092.520428/100‑1 (MQ=60)
gatctacactaagatggtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC < SRR3722092.198787/50‑1 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722092.336785/1‑100 (MQ=60)
CCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGG < SRR3722092.404445/100‑1 (MQ=60)
AACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATC < SRR3722092.13516/100‑1 (MQ=60)
ATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGC < SRR3722092.315552/100‑1 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATTGTTTTGATGCAGATGGTAA > SRR3722092.87553/1‑100 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA < SRR3722092.533550/100‑1 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722092.119366/100‑1 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722092.92059/100‑1 (MQ=60)
CAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTTATGCAGATGGGAATAATCTGGGTGGATATGATTTT > SRR3722092.278078/1‑100 (MQ=60)
GTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGATATGATTTTTA > SRR3722092.101026/1‑100 (MQ=60)
ATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC < SRR3722092.44908/100‑1 (MQ=60)
ACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGT < SRR3722092.436188/100‑1 (MQ=60)
ACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGT < SRR3722092.516191/100‑1 (MQ=60)
|
ACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGT > NZ_CP009273/385950‑386140
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
