Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I195 R1
|
222 |
27.1 |
1551108 |
96.0% |
1489063 |
86.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
386,045 |
T→C |
pseudogene (339/1527 nt) |
BW25113_RS01915 → |
outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 386,045 | 0 | T | C | 100.0%
| 210.5
/ NA
| 58 | pseudogene (339/1527 nt) | BW25113_RS01915 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (29/29); total (29/29) |
GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC > NZ_CP009273/385960‑386128
|
gCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGa > 1:223949/1‑90 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 1:256681/90‑1 (MQ=255)
aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:181296/90‑1 (MQ=255)
aaCCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAt > 1:296103/1‑90 (MQ=255)
ccTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc < 1:184122/90‑1 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:192908/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:724489/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:248655/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:152351/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 2:199097/1‑90 (MQ=255)
attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:487235/1‑90 (MQ=255)
tattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCt > 2:645315/1‑90 (MQ=255)
attTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTg < 2:540556/90‑1 (MQ=255)
attTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTg < 1:644339/90‑1 (MQ=255)
attTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTg < 1:42883/90‑1 (MQ=255)
ttGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGc < 1:439536/90‑1 (MQ=255)
ttGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGc < 2:561904/90‑1 (MQ=255)
ttGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGc < 1:199097/90‑1 (MQ=255)
aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt > 2:408948/1‑90 (MQ=255)
tGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGttatta > 1:599217/1‑90 (MQ=255)
tGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGttatta > 1:314329/1‑90 (MQ=255)
tATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGAt < 2:487235/90‑1 (MQ=255)
tATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGAt < 2:612773/90‑1 (MQ=255)
aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTTCCTGGCGGGTATTATGATc > 2:507459/1‑90 (MQ=255)
cAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGa > 2:697052/1‑90 (MQ=255)
cAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGa > 1:671733/1‑90 (MQ=255)
cTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 2:67499/90‑1 (MQ=255)
cTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 1:651139/90‑1 (MQ=255)
cTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 1:341006/90‑1 (MQ=255)
cTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 1:366921/90‑1 (MQ=255)
cTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAg < 2:509026/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGGTCGTTTTGATGCAGAt > 2:311300/1‑90 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:429307/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:697052/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:671733/90‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt > 1:398641/1‑90 (MQ=255)
gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:627269/90‑1 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGcc > 1:66130/1‑54 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGcc < 2:346088/54‑1 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGcc > 1:346088/1‑54 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGcc < 2:66130/54‑1 (MQ=255)
tCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGgaa > 1:49910/1‑90 (MQ=255)
cAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaat < 1:254943/90‑1 (MQ=255)
gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 1:635010/1‑90 (MQ=255)
ttGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 2:639030/76‑1 (MQ=255)
ttGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 2:658956/76‑1 (MQ=255)
ttGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc > 1:639030/1‑76 (MQ=255)
ttGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc > 1:658956/1‑76 (MQ=255)
atCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGt < 2:391345/90‑1 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCCGATGGGAATAATCTGGGGGGa > 2:552699/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGa > 2:409645/1‑90 (MQ=255)
aGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGa > 2:663516/1‑90 (MQ=255)
tAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGata < 2:314329/90‑1 (MQ=255)
aaTTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCCGGGGGGTATTATGATCGTTTTGATGGAGATGGTAATAATCTGGGGGGatat > 1:389242/1‑90 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:497702/90‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg > 2:305089/1‑90 (MQ=255)
gTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGAtttt > 2:296709/1‑90 (MQ=255)
tCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTacac < 1:663516/90‑1 (MQ=255)
|
GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC > NZ_CP009273/385960‑386128
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTT > NZ_CP009273/385950‑386138
|
ACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGA > SRR3722073.228603/1‑100 (MQ=60)
AACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTT < SRR3722073.624191/100‑1 (MQ=60)
AACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTT < SRR3722073.444954/100‑1 (MQ=60)
aagagacagTCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTC < SRR3722073.130181/91‑1 (MQ=60)
ACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTC < SRR3722073.416243/100‑1 (MQ=60)
GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAT > SRR3722073.302369/1‑100 (MQ=60)
ACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGC < SRR3722073.262073/100‑1 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722073.155456/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722073.739116/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722073.497589/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722073.196750/1‑100 (MQ=60)
ATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGC > SRR3722073.253873/1‑100 (MQ=60)
CCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGG < SRR3722073.187712/100‑1 (MQ=60)
ATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTA < SRR3722073.657622/100‑1 (MQ=60)
ATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTA < SRR3722073.43915/100‑1 (MQ=60)
ATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTA > SRR3722073.611706/1‑100 (MQ=60)
ATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTTTTA > SRR3722073.320987/1‑100 (MQ=60)
TTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATG < SRR3722073.448938/100‑1 (MQ=60)
TTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATG < SRR3722073.203099/100‑1 (MQ=60)
ATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGA > SRR3722073.685472/1‑100 (MQ=60)
AGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAT > SRR3722073.407128/1‑100 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGgtttttgtctcttatacacatcttacgccg > SRR3722073.353412/1‑70 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATctgtctcttatacacatctgacgctg > SRR3722073.67681/1‑74 (MQ=60)
GTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGGAA > SRR3722073.51083/1‑100 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA < SRR3722073.664519/100‑1 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA < SRR3722073.374709/100‑1 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA < SRR3722073.348246/100‑1 (MQ=60)
CTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAA > SRR3722073.648132/1‑100 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTTTGATCGTTTTGATGCAGATGGgaatctgt > SRR3722073.652219/1‑92 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATctgt > SRR3722073.672458/1‑96 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722073.640276/100‑1 (MQ=60)
GCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATC < SRR3722073.711204/100‑1 (MQ=60)
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGG < SRR3722073.295123/80‑1 (MQ=60)
CAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTG < SRR3722073.260299/100‑1 (MQ=60)
TGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGGTTACTTCTATGCTGCCCGGGGGGTATTATGATCGTTTTGATGGAGATGGTAATAATCTGGGGGGATAT > SRR3722073.397529/1‑100 (MQ=60)
GTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatatgcagtgtgtagatttcgg > SRR3722073.257691/1‑46 (MQ=60)
GTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGGGGATATGATTTTTACACTGTTG > SRR3722073.467907/1‑100 (MQ=60)
TCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTT < SRR3722073.677117/100‑1 (MQ=60)
|
ACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTT > NZ_CP009273/385950‑386138
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
