Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,444,107 |
T→G |
19.4% |
N150H (AAT→CAT) |
yfcQ ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,444,107 | 0 | T | G | 19.4%
| 434.6
/ 145.5
| 222 | N150H (AAT→CAT) | yfcQ | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/83); new base G (18/25); total (114/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAC > CP009273/2443958‑2444254
|
aaTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAAtt < 2:2353186/150‑1 (MQ=255)
aTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTc < 1:4266238/150‑1 (MQ=255)
ttACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCg < 2:626675/150‑1 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTAt > 1:1656300/1‑150 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTAt > 1:2786404/1‑150 (MQ=255)
cGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATc > 1:2743957/1‑150 (MQ=255)
ggAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCg < 2:2846360/150‑1 (MQ=255)
aaaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTa < 1:929622/150‑1 (MQ=255)
aaaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTa > 1:4143210/1‑150 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTaa < 2:1484021/150‑1 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTaa > 1:332491/1‑150 (MQ=255)
cAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAAcaca < 2:3906516/150‑1 (MQ=255)
cAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAAcaca < 1:371851/150‑1 (MQ=255)
aGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAg < 2:533396/150‑1 (MQ=255)
gATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGGTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGc < 1:4073282/150‑1 (MQ=255)
tattatCTTCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATc < 2:135587/150‑1 (MQ=255)
tattatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATc < 2:2450548/150‑1 (MQ=255)
tatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACt > 1:2906094/1‑150 (MQ=255)
tatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACt > 1:2022026/1‑150 (MQ=255)
tCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCg < 2:1291811/150‑1 (MQ=255)
tGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCt > 2:2334426/1‑150 (MQ=255)
ccGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCttt < 2:3455697/150‑1 (MQ=255)
cgcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCtttt < 1:3235379/150‑1 (MQ=255)
cgcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCtttt > 2:3794949/1‑150 (MQ=255)
gAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTAcc > 2:2906284/1‑150 (MQ=255)
aTAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCgg > 2:3245190/1‑150 (MQ=255)
tAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGt > 2:3789739/1‑150 (MQ=255)
aaCGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTa > 2:4292152/1‑150 (MQ=255)
aaCGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTa > 2:3377142/1‑150 (MQ=255)
aaCGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTa > 1:546808/1‑150 (MQ=255)
aaCGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTa > 2:369438/1‑150 (MQ=255)
tGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGc > 2:1545544/1‑150 (MQ=255)
aCTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTcc < 2:4511615/150‑1 (MQ=255)
cTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCa < 1:3068554/150‑1 (MQ=255)
cTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCa < 2:623753/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCt > 1:3842425/1‑150 (MQ=255)
aTTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCt > 2:2221939/1‑150 (MQ=255)
aTTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCt > 1:4504679/1‑150 (MQ=255)
ttGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCtt < 2:1076897/150‑1 (MQ=255)
tGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCATATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTc < 2:4201866/150‑1 (MQ=255)
gCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCg < 2:4533700/150‑1 (MQ=255)
cAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGc > 1:4544710/1‑150 (MQ=255)
atCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtttt < 2:2169213/150‑1 (MQ=255)
atCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtttt < 1:1249588/150‑1 (MQ=255)
tCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTg > 2:2267143/1‑150 (MQ=255)
cAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGc < 1:2673776/150‑1 (MQ=255)
gCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGt > 1:4622357/1‑150 (MQ=255)
cGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTaaaa < 2:213165/150‑1 (MQ=255)
cGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTaaaa > 2:3000777/1‑150 (MQ=255)
tAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCa < 1:3404261/150‑1 (MQ=255)
tAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCa > 2:4224646/1‑150 (MQ=255)
aaCAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAg < 1:827226/150‑1 (MQ=255)
aaCAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAg > 1:3791282/1‑150 (MQ=255)
aaCAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAg > 2:2652603/1‑150 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg > 2:146439/1‑150 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg < 1:2246684/150‑1 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg > 1:1091008/1‑150 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg < 1:4028014/150‑1 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg < 1:3475627/150‑1 (MQ=255)
ggACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGc > 1:4637126/1‑150 (MQ=255)
gACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCg < 1:2331669/150‑1 (MQ=255)
tAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGa > 1:2083626/1‑150 (MQ=255)
accGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCa < 1:693283/150‑1 (MQ=255)
ggACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGc > 1:4326166/1‑150 (MQ=255)
gACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCg < 2:899987/150‑1 (MQ=255)
cTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGa < 1:3623600/150‑1 (MQ=255)
tGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAg < 1:2683236/150‑1 (MQ=255)
tGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAg > 2:2609714/1‑150 (MQ=255)
aaTCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTa < 2:227056/150‑1 (MQ=255)
tGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGt < 1:2076264/150‑1 (MQ=255)
tttATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTa < 2:334411/150‑1 (MQ=255)
ttATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTaa > 1:4472759/1‑150 (MQ=255)
tATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTaaa < 1:1763186/150‑1 (MQ=255)
tCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACg < 2:2109203/150‑1 (MQ=255)
aTTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCt > 1:2564887/1‑150 (MQ=255)
ttGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTg > 2:678976/1‑150 (MQ=255)
aTAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGAcc > 2:3985868/1‑150 (MQ=255)
aTAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGAcc < 1:2935638/150‑1 (MQ=255)
aTCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATc > 1:1450873/1‑150 (MQ=255)
aTCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATc > 1:3939338/1‑150 (MQ=255)
cACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTg > 2:1283617/1‑150 (MQ=255)
aCCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGc > 2:1822862/1‑150 (MQ=255)
cccGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCt < 2:315496/150‑1 (MQ=255)
ccGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTg < 2:488827/150‑1 (MQ=255)
cGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGa > 2:1197291/1‑150 (MQ=255)
cGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGa > 2:3151844/1‑150 (MQ=255)
tAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAg > 2:3011848/1‑150 (MQ=255)
tGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTc < 1:617944/150‑1 (MQ=255)
tAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCa > 1:3006648/1‑150 (MQ=255)
aaGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCaa < 1:1555580/150‑1 (MQ=255)
gAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCg > 1:2454995/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCg > 2:2520894/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAGATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCgg < 2:2022026/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCgg > 2:2952203/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCggg < 2:2897602/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCggg < 2:360622/150‑1 (MQ=255)
aaaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGt > 1:2085676/1‑150 (MQ=255)
aaaTGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGt < 1:3794949/150‑1 (MQ=255)
aaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTa < 2:131703/150‑1 (MQ=255)
aTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAc < 2:1586465/150‑1 (MQ=255)
|
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAC > CP009273/2443958‑2444254
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
