Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,444,107 |
T→G |
44.6% |
N150H (AAT→CAT) |
yfcQ ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,444,107 | 0 | T | G | 44.6%
| 6.9
/ inf
| 265 | N150H (AAT→CAT) | yfcQ | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/71); new base G (56/62); total (132/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACAT > CP009273/2443958‑2444256
|
aaTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAAtt < 1:2705709/150‑1 (MQ=255)
ttACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCg < 1:3613912/150‑1 (MQ=255)
aCCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTa < 1:3563203/150‑1 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTAt < 1:736998/150‑1 (MQ=255)
ggAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCg > 1:2309/1‑150 (MQ=255)
agaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCt > 2:3914816/1‑150 (MQ=255)
agaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCt > 1:143509/1‑150 (MQ=255)
gaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCtt < 2:1699941/150‑1 (MQ=255)
gaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCtt < 1:3817887/150‑1 (MQ=255)
gaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCtt > 2:1364891/1‑150 (MQ=255)
gaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCtt < 2:3625269/150‑1 (MQ=255)
aaaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTa > 2:1610932/1‑150 (MQ=255)
aaaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTa > 2:2696685/1‑150 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTaa > 2:2129851/1‑150 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTaa > 2:2564707/1‑150 (MQ=255)
gCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAacac > 2:3091778/1‑150 (MQ=255)
cAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCAAAAAATGCGTATCGCTTAAcaca < 2:1129819/150‑1 (MQ=255)
aGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAg > 2:2033120/1‑150 (MQ=255)
aGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAg < 1:777744/150‑1 (MQ=255)
gATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGc < 1:3851603/150‑1 (MQ=255)
gATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGc < 1:2982592/150‑1 (MQ=255)
ttattaTCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCAt > 2:544177/1‑150 (MQ=255)
tattatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATc > 1:4031725/1‑150 (MQ=255)
attatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCa < 1:3880253/150‑1 (MQ=255)
attatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCa < 1:3352284/150‑1 (MQ=255)
attatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCa < 1:3445866/150‑1 (MQ=255)
attatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCa < 1:1791710/150‑1 (MQ=255)
tatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACt > 2:505478/1‑150 (MQ=255)
tatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACt > 1:1082543/1‑150 (MQ=255)
tCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCg < 2:3639187/150‑1 (MQ=255)
cTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGc > 1:2433845/1‑150 (MQ=255)
gCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCtt > 2:1420545/1‑150 (MQ=255)
gCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCtt > 1:936871/1‑150 (MQ=255)
ccGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCttt > 2:1297157/1‑150 (MQ=255)
ccGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCttt < 1:2191259/150‑1 (MQ=255)
cgcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCtgtt > 1:3339418/1‑150 (MQ=255)
cgcgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCtttt > 2:1240144/1‑150 (MQ=255)
gAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTAcc > 2:1109427/1‑150 (MQ=255)
aaTAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCg < 2:4271040/150‑1 (MQ=255)
aTAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCgg > 2:2352231/1‑150 (MQ=255)
tAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGt < 1:4329054/150‑1 (MQ=255)
gCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGcc > 2:4422865/1‑150 (MQ=255)
cTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCt > 2:2613649/1‑150 (MQ=255)
tACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTc < 1:3312869/150‑1 (MQ=255)
cTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCa < 2:2503404/150‑1 (MQ=255)
cTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCa < 1:1814984/150‑1 (MQ=255)
tCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAg < 1:279037/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCt < 1:1965841/150‑1 (MQ=255)
tGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTc < 2:3715333/150‑1 (MQ=255)
cAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGc > 1:3002607/1‑150 (MQ=255)
cAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGc > 1:3431530/1‑150 (MQ=255)
aaTATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCt < 1:3654695/150‑1 (MQ=255)
aaTATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCt > 1:1424618/1‑150 (MQ=255)
tatCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAAGGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCttt < 2:625619/150‑1 (MQ=255)
atCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtttt < 2:1437182/150‑1 (MQ=255)
atCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtttt < 2:4173316/150‑1 (MQ=255)
atCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtttt > 1:4132986/1‑150 (MQ=255)
cAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGc < 1:599974/150‑1 (MQ=255)
gCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGt < 1:4492237/150‑1 (MQ=255)
ccGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTaaa > 2:1907915/1‑150 (MQ=255)
gCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAAt < 1:1776690/150‑1 (MQ=255)
cAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTg < 2:2817113/150‑1 (MQ=255)
cAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTg < 1:1588/150‑1 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg > 2:3385730/1‑150 (MQ=255)
ggACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGc < 1:2594262/150‑1 (MQ=255)
gACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCg > 1:4198326/1‑150 (MQ=255)
aCGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGt < 1:2882546/150‑1 (MQ=255)
cGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGtt < 1:3138221/150‑1 (MQ=255)
aaCCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGAt < 1:1310540/150‑1 (MQ=255)
caccGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGc > 1:1186556/1‑150 (MQ=255)
accGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCa < 2:134885/150‑1 (MQ=255)
ccGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCaa > 1:563623/1‑150 (MQ=255)
ccGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCaa > 1:813827/1‑150 (MQ=255)
tGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAg > 2:2031590/1‑150 (MQ=255)
tGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGt > 2:49478/1‑150 (MQ=255)
aTTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGttt < 1:3788967/150‑1 (MQ=255)
ttCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAAc > 2:716135/1‑150 (MQ=255)
tCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGTAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCTGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACg < 2:1186030/150‑1 (MQ=255)
tCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACg < 2:3489581/150‑1 (MQ=255)
aTTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCt < 2:4013720/150‑1 (MQ=255)
ttGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTg > 1:3975075/1‑150 (MQ=255)
ttGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTg > 1:3537707/1‑150 (MQ=255)
aaTCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCAt > 2:3407449/1‑150 (MQ=255)
aTCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATc < 1:1147078/150‑1 (MQ=255)
ccACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGt > 2:972148/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 2:3594789/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 2:3448932/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 1:3673710/1‑150 (MQ=255)
tAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAg > 2:4315384/1‑150 (MQ=255)
tAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAg < 1:2157746/150‑1 (MQ=255)
tGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGAt < 2:285011/150‑1 (MQ=255)
gTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCTTTGATAGAAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGATGACCATCGTGCTGAAGCTCGATAcc > 1:1257306/1‑150 (MQ=255)
tAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCa < 1:2345333/150‑1 (MQ=255)
aGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCaaa > 2:3759613/1‑150 (MQ=255)
ccGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCGGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAAc < 1:3562199/150‑1 (MQ=255)
cGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAAcc < 2:3785031/150‑1 (MQ=255)
gAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCg > 1:4306203/1‑150 (MQ=255)
aaaaTGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCggg > 2:2977729/1‑150 (MQ=255)
aaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTa < 1:3063839/150‑1 (MQ=255)
tCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACAt > 2:3908058/1‑150 (MQ=255)
|
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACAT > CP009273/2443958‑2444256
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
