Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,444,107 |
T→G |
50.2% |
N150H (AAT→CAT) |
yfcQ ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,444,107 | 0 | T | G | 50.2%
| 96.0
/ inf
| 225 | N150H (AAT→CAT) | yfcQ | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/32); new base G (62/51); total (142/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAC > CP009273/2443958‑2444254
|
aaTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAAtt < 2:3863737/150‑1 (MQ=255)
aTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTc > 2:1400315/1‑150 (MQ=255)
aCCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTa > 1:1565804/1‑150 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTAt > 2:2015085/1‑150 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTAt < 2:211081/150‑1 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTAt > 2:3485223/1‑150 (MQ=255)
ccGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTAt > 2:3485283/1‑150 (MQ=255)
cGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATc < 2:3053114/150‑1 (MQ=255)
cGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATc < 1:2266075/150‑1 (MQ=255)
ggAGAAATGCAGATTATTCTCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCg < 2:1563248/150‑1 (MQ=255)
ggAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCg < 2:1563334/150‑1 (MQ=255)
ggAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCg < 1:248812/150‑1 (MQ=255)
agaAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCt < 1:3940068/150‑1 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTaa > 1:3280824/1‑150 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTaa < 1:1735224/150‑1 (MQ=255)
aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATAGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGATGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTaaa > 1:3281149/1‑150 (MQ=255)
aGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAg < 1:809881/150‑1 (MQ=255)
attattATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCa > 2:3975284/1‑150 (MQ=255)
attatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCa > 2:3885588/1‑150 (MQ=255)
tatCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACt > 2:1367257/1‑150 (MQ=255)
tGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCt < 1:2248043/150‑1 (MQ=255)
tGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCt > 1:3052173/1‑150 (MQ=255)
cgAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTAc > 1:3979756/1‑150 (MQ=255)
aaTAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCg > 2:331399/1‑150 (MQ=255)
tAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGt > 1:4153261/1‑150 (MQ=255)
aCGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTAc < 1:2213947/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACg < 2:2800566/150‑1 (MQ=255)
tGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGc > 1:1526138/1‑150 (MQ=255)
tGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGc > 2:1628609/1‑150 (MQ=255)
cTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCt > 1:892270/1‑150 (MQ=255)
tACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTc > 2:3600871/1‑150 (MQ=255)
tCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAg < 1:2076729/150‑1 (MQ=255)
cATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGc > 1:1037382/1‑150 (MQ=255)
cATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGc > 2:3692834/1‑150 (MQ=255)
tGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTc < 2:1108127/150‑1 (MQ=255)
tGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTc > 2:773348/1‑150 (MQ=255)
ccAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCgg < 2:315604/150‑1 (MQ=255)
aaTATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATGTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCt > 1:660470/1‑150 (MQ=255)
atatCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtt > 2:2611523/1‑150 (MQ=255)
atCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCtttt > 2:3580241/1‑150 (MQ=255)
cAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGc > 2:2084416/1‑150 (MQ=255)
cAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGc > 2:2779250/1‑150 (MQ=255)
aGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCg < 1:1208199/150‑1 (MQ=255)
aGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCg > 2:371642/1‑150 (MQ=255)
aGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCg > 2:876735/1‑150 (MQ=255)
ccccGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTa > 1:3239145/1‑150 (MQ=255)
cGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTaaaa < 1:2008630/150‑1 (MQ=255)
gCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAAt < 2:1621617/150‑1 (MQ=255)
gCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAAt > 2:1475644/1‑150 (MQ=255)
tAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCa > 2:3331480/1‑150 (MQ=255)
aaCAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAg < 1:1448327/150‑1 (MQ=255)
cAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTg < 1:3117873/150‑1 (MQ=255)
cAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTg < 1:2831719/150‑1 (MQ=255)
aGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTgg < 2:1036307/150‑1 (MQ=255)
gACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCg > 2:2935004/1‑150 (MQ=255)
gACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCg > 2:411330/1‑150 (MQ=255)
cGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGtt > 1:676754/1‑150 (MQ=255)
agTAACCTCCTGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAATATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGACTCCTGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGtt < 2:2002053/149‑1 (MQ=255)
aaCCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGAt > 2:1898446/1‑150 (MQ=255)
ccaccGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAg > 2:920945/1‑150 (MQ=255)
accGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCa > 1:473153/1‑150 (MQ=255)
gACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCg < 2:805443/150‑1 (MQ=255)
aCTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCgg > 1:2634565/1‑150 (MQ=255)
aaTCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTa > 2:2393029/1‑150 (MQ=255)
aaTCATTGATATATTAATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGAGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCTGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAATCGGAGTa > 2:1192228/1‑150 (MQ=255)
cATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTg > 1:3369901/1‑150 (MQ=255)
aTTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGa > 2:2311121/1‑150 (MQ=255)
tGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGt > 2:4023524/1‑150 (MQ=255)
aTTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGttt > 1:2908988/1‑150 (MQ=255)
aTTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGttt > 1:2646953/1‑150 (MQ=255)
aTTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGttt > 1:563971/1‑150 (MQ=255)
ttATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTaa > 1:357343/1‑150 (MQ=255)
ttATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTaa < 1:2486879/150‑1 (MQ=255)
ttATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTaa > 2:2944787/1‑150 (MQ=255)
aTTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTaaaa < 2:4067395/150‑1 (MQ=255)
ttCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAAc < 2:734988/150‑1 (MQ=255)
ttCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAAc < 2:1700036/150‑1 (MQ=255)
tCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACg > 1:2860341/1‑150 (MQ=255)
ataataCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGAcc < 1:3612376/150‑1 (MQ=255)
aTAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGAcc > 1:3384007/1‑150 (MQ=255)
aaTCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCAt > 2:192687/1‑150 (MQ=255)
aTCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATc < 1:3288192/150‑1 (MQ=255)
tCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCg > 1:1400897/1‑150 (MQ=255)
cccGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCt > 1:2763435/1‑150 (MQ=255)
ccGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTg < 1:1300802/150‑1 (MQ=255)
ccGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTAGTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTg > 1:972369/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 1:509546/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 1:189396/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 1:190052/1‑150 (MQ=255)
gTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGaa > 2:2970374/1‑150 (MQ=255)
gTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCg < 2:61089/150‑1 (MQ=255)
tGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGAt > 2:2517572/1‑150 (MQ=255)
tAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCa < 1:2943309/150‑1 (MQ=255)
tAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCa > 2:925296/1‑150 (MQ=255)
aGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCaaa > 1:3431500/1‑150 (MQ=255)
gCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCaaaa > 2:3403721/1‑150 (MQ=255)
cGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAAcc > 1:2437042/1‑150 (MQ=255)
cGAAAAATGCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAAcc < 2:3073278/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCgg > 1:380629/1‑150 (MQ=255)
aTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAc < 1:3888078/150‑1 (MQ=255)
|
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAC > CP009273/2443958‑2444254
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
