Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F78 I0 R1
|
626 |
241.3 |
10389380 |
77.7% |
8072548 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,568,720 |
C→T |
67.5% |
A33T (GCC→ACC) |
eutP ← |
putative P‑loop NTPase ethanolamine utilization protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,568,720 | 0 | C | T | 67.5%
| 223.7
/ 158.1
| 174 | A33T (GCC→ACC) | eutP | putative P‑loop NTPase ethanolamine utilization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/29); new base T (53/64); total (81/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATAA > CP009273/2568573‑2568867
|
gcaACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCt > 1:315161/1‑150 (MQ=255)
gcaACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCt < 1:1103881/150‑1 (MQ=255)
gcaACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCt < 1:3695109/150‑1 (MQ=255)
aaCCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCtgt > 1:1859351/1‑150 (MQ=255)
aCCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCtgtg > 2:350188/1‑150 (MQ=255)
ccGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTgtgt < 1:3340457/150‑1 (MQ=255)
cTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGttttt < 2:3351730/150‑1 (MQ=255)
ttCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCt < 2:31447/150‑1 (MQ=255)
tCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTg < 1:4290886/150‑1 (MQ=255)
tCCGGGTCATTTGCGCCATGGACAGAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTg < 2:4981145/150‑1 (MQ=255)
ccGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTgg < 1:4053255/150‑1 (MQ=255)
cGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGc > 1:4226035/1‑150 (MQ=255)
cGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGACTGTGTTTTTCTGGc > 2:3419824/1‑150 (MQ=255)
tCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAgg < 2:2696811/150‑1 (MQ=255)
tCATTTGCGCCAGGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAgg < 1:2504362/150‑1 (MQ=255)
cATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAggg < 1:3009193/150‑1 (MQ=255)
aTTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGt < 2:3381388/150‑1 (MQ=255)
ttGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGTGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGtat < 1:3915567/150‑1 (MQ=255)
ttGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGtat > 2:4950238/1‑150 (MQ=255)
tNCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGtata > 1:5037410/1‑150 (MQ=255)
gcgcCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATaa < 2:4077284/150‑1 (MQ=255)
ggACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCt < 1:2904609/150‑1 (MQ=255)
gACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTg < 2:4217233/150‑1 (MQ=255)
gACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTg > 2:4957468/1‑150 (MQ=255)
gACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTg < 1:91557/150‑1 (MQ=255)
gACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTg > 2:3702577/1‑150 (MQ=255)
tAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAAc < 2:614299/150‑1 (MQ=255)
aGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACg > 2:3811941/1‑150 (MQ=255)
aGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACg < 1:5002999/150‑1 (MQ=255)
aTGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAAt > 2:557766/1‑150 (MQ=255)
aTGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAAt < 1:2936203/150‑1 (MQ=255)
aTGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAAt > 2:4994047/1‑150 (MQ=255)
tACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACgt < 2:1174154/150‑1 (MQ=255)
tCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCACCGCATTAAATAACgttgtt > 2:4321193/1‑150 (MQ=255)
tCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACgttgtt > 2:3002781/1‑150 (MQ=255)
tGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGttttt > 1:2089821/1‑150 (MQ=255)
aGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCt < 2:3452159/150‑1 (MQ=255)
gCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTg < 1:1322235/150‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGcc < 1:4588601/150‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGcc < 2:2571915/150‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGcc < 2:701951/150‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGcc < 2:701906/150‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGcc > 1:4645325/1‑150 (MQ=255)
gTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCg < 1:4416256/150‑1 (MQ=255)
tAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTNACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAAGTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGa > 1:4793140/1‑150 (MQ=255)
tAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGa < 2:3646716/150‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACg < 1:3066836/150‑1 (MQ=255)
aaGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTGTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTa > 2:2383906/1‑150 (MQ=255)
ggCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTAcc > 1:2870902/1‑150 (MQ=255)
ggCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTAcc > 2:2918453/1‑150 (MQ=255)
ggCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTAcc < 1:1376590/150‑1 (MQ=255)
ggCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATAGTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTAcc < 2:3569868/150‑1 (MQ=255)
aTACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACaaa < 1:129245/150‑1 (MQ=255)
tACCAGCGGGGATGTTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCACTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAAc < 1:1167780/150‑1 (MQ=255)
tACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAAc < 1:2939317/150‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCa < 1:3169619/150‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCa > 1:2244970/1‑150 (MQ=255)
cGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAAtt < 1:5094679/150‑1 (MQ=255)
cGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAAtt > 2:3147205/1‑150 (MQ=255)
ggggATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTc < 1:4210219/150‑1 (MQ=255)
aTGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGttt > 2:4273724/1‑150 (MQ=255)
gTTAATATTTTCACCCGGCTTATCAATATCGCACTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCTTGCATCGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACTCTACCCTCAAAAGCAATTCGTTTCAt < 2:3202405/150‑1 (MQ=255)
gTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCAt < 1:5021220/150‑1 (MQ=255)
ttAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATg < 1:265265/150‑1 (MQ=255)
ttAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATg < 1:1342196/150‑1 (MQ=255)
ttAAAATATTCACCCGGCGTAACAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATg < 1:264773/150‑1 (MQ=255)
cccGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTAt > 2:1782139/1‑150 (MQ=255)
cccGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTAt > 2:1781896/1‑150 (MQ=255)
cccGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTAt < 2:1115002/150‑1 (MQ=255)
ggCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTaa > 2:4340598/1‑150 (MQ=255)
cGTATCAAGATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACt < 2:4590318/150‑1 (MQ=255)
gTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACtt > 2:4404418/1‑150 (MQ=255)
tCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTg < 2:3207120/150‑1 (MQ=255)
tCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTg < 2:4127269/150‑1 (MQ=255)
tCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTg < 1:665228/150‑1 (MQ=255)
cAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTgg > 1:4912540/1‑150 (MQ=255)
aaTATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGt > 2:899424/1‑150 (MQ=255)
atCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCAt < 1:3870556/150‑1 (MQ=255)
atCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCAt < 1:2258097/150‑1 (MQ=255)
atCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCAt < 2:1489764/150‑1 (MQ=255)
tCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATACTTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCAtt < 1:1832084/150‑1 (MQ=255)
gCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTc > 2:657698/1‑150 (MQ=255)
gCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAAAGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCATCGTATTAACTTTTGGTCATTTc > 2:2749543/1‑150 (MQ=255)
cTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTcaca > 2:4720389/1‑150 (MQ=255)
ttATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACaa > 2:5140771/1‑150 (MQ=255)
tATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACaaa < 1:22899/150‑1 (MQ=255)
tCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGc < 1:3891730/150‑1 (MQ=255)
tCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGc < 1:3891782/150‑1 (MQ=255)
cATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCg > 1:1908201/1‑150 (MQ=255)
cATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCg < 2:2552321/150‑1 (MQ=255)
aaTTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATaa > 2:3478379/1‑150 (MQ=255)
aTTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAAt > 2:1974796/1‑150 (MQ=255)
aTTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAAt > 1:2959747/1‑150 (MQ=255)
ttCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAAtt > 2:1428823/1‑150 (MQ=255)
ttCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAAtt > 1:3281308/1‑150 (MQ=255)
tCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAAttt < 2:2272589/150‑1 (MQ=255)
cACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTtaa > 1:754905/1‑150 (MQ=255)
cGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTtaata < 2:2395482/150‑1 (MQ=255)
cGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTtaata < 1:2146312/150‑1 (MQ=255)
ggCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTtaataa > 2:835696/1‑150 (MQ=255)
|
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATAA > CP009273/2568573‑2568867
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATAAGC > CP009273/2568573‑2568869
|
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCT > SRR19973083.316757/1‑150 (MQ=60)
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCT < SRR19973083.1109431/150‑1 (MQ=60)
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCT < SRR19973083.3711945/150‑1 (MQ=60)
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCT < SRR19973083.3711976/150‑1 (MQ=60)
AACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGT > SRR19973083.1868742/1‑150 (MQ=60)
CCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGT < SRR19973083.3356056/150‑1 (MQ=60)
TCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTG < SRR19973083.4309568/150‑1 (MQ=60)
CCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGG < SRR19973083.4071255/150‑1 (MQ=60)
CGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGC > SRR19973083.4244558/1‑150 (MQ=60)
CGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGC < SRR19973083.846975/150‑1 (MQ=60)
TCATTTGCGCCAGGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGG < SRR19973083.2517124/150‑1 (MQ=60)
CATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGG < SRR19973083.3023712/150‑1 (MQ=60)
TTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGTGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTAT < SRR19973083.3932999/150‑1 (MQ=60)
TNCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATA > SRR19973083.5058995/1‑150 (MQ=60)
TNCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATA > SRR19973083.5058881/1‑150 (MQ=60)
TGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCC > SRR19973083.2253996/1‑150 (MQ=60)
GGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCT < SRR19973083.2375074/150‑1 (MQ=60)
GGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCT < SRR19973083.2918817/150‑1 (MQ=60)
GGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCT < SRR19973083.2918836/150‑1 (MQ=60)
GACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTG > SRR19973083.2110552/1‑150 (MQ=60)
GACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTG < SRR19973083.92184/150‑1 (MQ=60)
AGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACG < SRR19973083.5024469/150‑1 (MQ=60)
ATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTCTAATTCCCCTGCAACGCA > SRR19973083.4402377/1‑150 (MQ=60)
TCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCAT < SRR19973083.1218262/150‑1 (MQ=60)
AGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTA > SRR19973083.2284206/1‑150 (MQ=60)
ATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAAT < SRR19973083.2950535/150‑1 (MQ=60)
GTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAA > SRR19973083.3198366/1‑150 (MQ=60)
TACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGT > SRR19973083.5090566/1‑150 (MQ=60)
ATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGT > SRR19973083.1316438/1‑150 (MQ=60)
TCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTT < SRR19973083.4889487/150‑1 (MQ=60)
TGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTT > SRR19973083.2100425/1‑150 (MQ=60)
GCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTG < SRR19973083.1328623/150‑1 (MQ=60)
GTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCC < SRR19973083.4608426/150‑1 (MQ=60)
GTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCC > SRR19973083.4665339/1‑150 (MQ=60)
GTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCG < SRR19973083.2935218/150‑1 (MQ=60)
GTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCG < SRR19973083.4435480/150‑1 (MQ=60)
TAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTNACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTATTCCTGCCCCGA > SRR19973083.4813583/1‑150 (MQ=60)
TAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTNACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAAGTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGA > SRR19973083.4813627/1‑150 (MQ=60)
ATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACG < SRR19973083.3081323/150‑1 (MQ=60)
ATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACG < SRR19973083.3081542/150‑1 (MQ=60)
AGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTAC < SRR19973083.1847595/150‑1 (MQ=60)
GGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACC > SRR19973083.2885022/1‑150 (MQ=60)
GGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACC < SRR19973083.1383430/150‑1 (MQ=60)
ATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAA < SRR19973083.130065/150‑1 (MQ=60)
TACCAGCGGGGATGTTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCACTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAAC < SRR19973083.1173582/150‑1 (MQ=60)
TACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAAC < SRR19973083.2954537/150‑1 (MQ=60)
TACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAAC < SRR19973083.2953655/150‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCA < SRR19973083.3184729/150‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCA > SRR19973083.2256385/1‑150 (MQ=60)
CGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATT < SRR19973083.2621850/150‑1 (MQ=60)
CGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATT < SRR19973083.5116433/150‑1 (MQ=60)
GGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTC < SRR19973083.4228708/150‑1 (MQ=60)
GGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGT < SRR19973083.4504902/150‑1 (MQ=60)
GATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTT > SRR19973083.3709693/1‑150 (MQ=60)
GTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCAT < SRR19973083.5042758/150‑1 (MQ=60)
TTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATG < SRR19973083.1348762/150‑1 (MQ=60)
TTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATG < SRR19973083.266691/150‑1 (MQ=60)
TTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATG < SRR19973083.266675/150‑1 (MQ=60)
TTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATG < SRR19973083.1350779/150‑1 (MQ=60)
TTAAAATATTCACCCGGCGTAACAATATCGCCCTTATCATTCAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATG < SRR19973083.266182/150‑1 (MQ=60)
ATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCNAGGGTATAATTNCCCTGCAACGCATNAAATAACGTTGNTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCANANNNGCAATTCGTTTCATGAATGCNT > SRR19973083.1647736/1‑150 (MQ=60)
ATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCT > SRR19973083.1647827/1‑150 (MQ=60)
CCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAAGTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTAT < SRR19973083.4998828/150‑1 (MQ=60)
GTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTT > SRR19973083.3915017/1‑150 (MQ=60)
ATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTT < SRR19973083.560551/150‑1 (MQ=60)
ATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTT < SRR19973083.3180108/150‑1 (MQ=60)
TCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTG > SRR19973083.20566/1‑150 (MQ=60)
TCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTG < SRR19973083.668561/150‑1 (MQ=60)
CAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGG < SRR19973083.4302884/150‑1 (MQ=60)
CAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGG > SRR19973083.4933658/1‑150 (MQ=60)
ATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCAT < SRR19973083.2269619/150‑1 (MQ=60)
ATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCAT < SRR19973083.3887856/150‑1 (MQ=60)
TCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATACTTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATT < SRR19973083.1841311/150‑1 (MQ=60)
CCCTTATCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCA > SRR19973083.3947557/1‑150 (MQ=60)
TATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAA < SRR19973083.23095/150‑1 (MQ=60)
TCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGC < SRR19973083.3909131/150‑1 (MQ=60)
TCATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGC < SRR19973083.3909079/150‑1 (MQ=60)
CATTAAATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCG > SRR19973083.1917899/1‑150 (MQ=60)
AATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAA > SRR19973083.4215449/1‑150 (MQ=60)
ATTCCACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAATCGTATAAT > SRR19973083.3887950/1‑150 (MQ=60)
ATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAAT > SRR19973083.2974142/1‑150 (MQ=60)
ATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAAATCGTTTCATGAATGCATCGTATTAACTTTTGGTCATTTCAAAAAGCGAATAAT > SRR19973083.2974148/1‑150 (MQ=60)
TTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATT > SRR19973083.3296761/1‑150 (MQ=60)
CACGGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAA > SRR19973083.758599/1‑150 (MQ=60)
CGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATA < SRR19973083.2157108/150‑1 (MQ=60)
GGTCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATAA > SRR19973083.5032751/1‑150 (MQ=60)
TCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATAAGC < SRR19973083.2574090/150‑1 (MQ=60)
|
GCAACCGACTTTCCGGGTCATTTGCGCCATGGACATAGATCAGCATGTCTACATCCTGTAGCGTGGTAATTAAGGCGTGATACCAGCGGGGATGGTTAAAATATTCACCCGGCGTATCAATATCGCCCTTATCATTAAATTCCACGGCCTGTGTTTTTCTGGCGAGGGTATAATTCCCCTGCAACGCATTAAATAACGTTGTTTTTCCTGCCCCGACGCTACCCACAAACGCAATTCGTTTCATGAATGCCTCGTATTAACTTTTGGTCATTTCACAAAGCGTATAATTTAATAAGC > CP009273/2568573‑2568869
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |