Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,268,357 |
C→A |
90.8% |
intergenic (‑91/‑284) |
garP ← / → garD |
putative (D)‑galactarate transporter/(D)‑galactarate dehydrogenase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,268,357 | 0 | C | A | 90.8%
| 534.4
/ 50.4
| 206 | intergenic (‑91/‑284) | garP/garD | putative (D)‑galactarate transporter/(D)‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/8); new base A (97/90); total (108/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
TTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTG > CP009273/3268212‑3268502
|
ttAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAgg > 2:329249/1‑148 (MQ=255)
gCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAg > 1:2328743/1‑148 (MQ=255)
gCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAg < 2:1582042/148‑1 (MQ=255)
gTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGtata < 1:1079448/148‑1 (MQ=255)
gTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGtata < 1:3179987/148‑1 (MQ=255)
tATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATaa > 1:165437/1‑148 (MQ=255)
gtGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAag > 2:1211503/2‑148 (MQ=255)
gCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATAATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACTACAATGAACTAGGGAATTAGTATAagaa > 2:1730691/1‑146 (MQ=255)
cACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAagcag < 1:2966993/148‑1 (MQ=255)
cGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAgcg > 1:1571777/1‑148 (MQ=255)
cGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAgcg < 1:795341/148‑1 (MQ=255)
ccTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGcgcg < 1:3022255/148‑1 (MQ=255)
ttctttTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCgaga > 2:1893730/1‑148 (MQ=255)
ttctttTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCgaga < 1:317929/148‑1 (MQ=255)
ttctttTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCgaga > 2:2253633/1‑148 (MQ=255)
tttttCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGaataat < 1:2174855/148‑1 (MQ=255)
ttttCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGattaata < 1:85014/148‑1 (MQ=255)
ttttCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGaataata < 1:1758449/148‑1 (MQ=255)
ttCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGaataataat < 1:3216357/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATc < 1:1410966/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATc < 2:1369577/148‑1 (MQ=255)
cGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCa < 1:1244630/148‑1 (MQ=255)
aaCGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATtgt > 1:1048049/1‑148 (MQ=255)
aCGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATtgtg > 2:758150/1‑148 (MQ=255)
aCGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATtgtg < 2:2140593/148‑1 (MQ=255)
gtgtCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCaa > 1:2651128/1‑148 (MQ=255)
gtgtCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCaa > 1:2651159/1‑148 (MQ=255)
aGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCta < 1:1173074/148‑1 (MQ=255)
aGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCta < 2:2428291/148‑1 (MQ=255)
gAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaa > 1:962801/1‑148 (MQ=255)
gAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaa > 1:2029952/1‑148 (MQ=255)
aTTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaa > 1:1771522/1‑148 (MQ=255)
ttttATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaat < 1:271915/148‑1 (MQ=255)
ttttATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaat < 1:2794596/148‑1 (MQ=255)
ttttATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaat < 1:2795739/148‑1 (MQ=255)
ttttATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaat > 1:2169603/1‑148 (MQ=255)
ttatttaCCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATttaatta < 2:698564/148‑1 (MQ=255)
atttaCCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTATGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTtaattaat < 2:2296443/148‑1 (MQ=255)
ccTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGACTGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTAt < 1:2903992/148‑1 (MQ=255)
tCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTAttt > 2:1491857/1‑148 (MQ=255)
gTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAat > 2:1349227/1‑148 (MQ=255)
tACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAata < 2:2407300/148‑1 (MQ=255)
tACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAata > 2:1955179/1‑148 (MQ=255)
tACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAata > 2:1263193/1‑148 (MQ=255)
aCTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAatat > 1:13468/1‑148 (MQ=255)
aCTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAatat < 1:770400/148‑1 (MQ=255)
aCTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGATAATTTAATTAATACTATTTAAatat > 2:2938280/1‑148 (MQ=255)
cTTCTGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAAtatt < 2:2589198/148‑1 (MQ=255)
tATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAAtattat > 2:1308798/1‑148 (MQ=255)
tATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAAtattat > 1:2269316/1‑148 (MQ=255)
aTGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTTTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATattatt < 2:2325900/148‑1 (MQ=255)
tGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTAttt > 1:2279177/1‑148 (MQ=255)
tGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTAttt < 2:1379727/148‑1 (MQ=255)
gCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTAtttt > 1:1468769/1‑148 (MQ=255)
cTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTg > 2:2953781/1‑148 (MQ=255)
tGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTCCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGa < 2:577423/148‑1 (MQ=255)
gATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAg > 1:1995642/1‑148 (MQ=255)
gATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAg > 2:363271/1‑148 (MQ=255)
gATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAg > 2:1784842/1‑148 (MQ=255)
gATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAg > 2:1177029/1‑148 (MQ=255)
aTTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGc > 1:54199/1‑148 (MQ=255)
aTTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGc > 1:529283/1‑148 (MQ=255)
aTTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGc < 2:1015150/148‑1 (MQ=255)
aTTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGc < 2:2647265/148‑1 (MQ=255)
tttttATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCa > 2:1632612/1‑148 (MQ=255)
ttttATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCat < 2:1874476/148‑1 (MQ=255)
ttattattaTGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCatat < 2:1064011/148‑1 (MQ=255)
ttattattaTGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCatat < 2:1898393/148‑1 (MQ=255)
attatGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGAAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGcaca > 2:1003085/1‑148 (MQ=255)
tatGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATa < 1:2782335/148‑1 (MQ=255)
tatGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATa < 1:2179233/148‑1 (MQ=255)
ggggAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAgg > 1:1114003/1‑148 (MQ=255)
ggggAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAgg > 1:3260333/1‑148 (MQ=255)
ggggAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAgg < 1:1765617/148‑1 (MQ=255)
gAAGGTGTTATTTATGAGTTTCTTTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATAGTATTTAAATATTATTTTGAGCTTATGCACATAAGGTTg > 2:2200746/1‑148 (MQ=255)
ggTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACAATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTgcga > 1:634706/1‑147 (MQ=255)
gtgtTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTgcgcg < 2:1083991/148‑1 (MQ=255)
gtgtTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTgcgcg > 1:1028363/1‑148 (MQ=255)
gtgtTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTgcgcg < 2:2735834/148‑1 (MQ=255)
gtgtTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTgcgcg > 2:2219000/1‑148 (MQ=255)
tgtTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTgcgcgc < 1:2507422/148‑1 (MQ=255)
gtTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCt > 1:1222565/1‑148 (MQ=255)
atttatGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTaaa > 1:1165426/1‑148 (MQ=255)
ttatGAGTTTCATTTATGTCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGc < 2:1104115/148‑1 (MQ=255)
atGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGcac < 1:3111966/148‑1 (MQ=255)
tGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGcaca > 2:2851921/1‑148 (MQ=255)
gAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTCTTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAg > 2:288397/1‑148 (MQ=255)
gAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAg > 1:916572/1‑148 (MQ=255)
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ATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTT > SRR19973070.1479033/1‑150 (MQ=60)
CTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAG > SRR19973070.2009200/1‑150 (MQ=60)
CTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAG > SRR19973070.2009161/1‑150 (MQ=60)
TGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGC > SRR19973070.532858/1‑150 (MQ=60)
TGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGC > SRR19973070.54839/1‑150 (MQ=60)
TTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATG < SRR19973070.1041523/150‑1 (MQ=60)
ATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGATTTTCTTTTATGCCGTAACGACAATGTACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGATAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGATCATATGCAC < SRR19973070.755539/150‑1 (MQ=60)
ATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCAC < SRR19973070.1325566/150‑1 (MQ=60)
TATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAG < SRR19973070.2193658/150‑1 (MQ=60)
TATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAG < SRR19973070.2800227/150‑1 (MQ=60)
TATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAG < SRR19973070.2193492/150‑1 (MQ=60)
TATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAG < SRR19973070.911827/150‑1 (MQ=60)
ATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGG > SRR19973070.1121615/1‑150 (MQ=60)
ATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGG > SRR19973070.3281325/1‑150 (MQ=60)
GGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTT < SRR19973070.1777834/150‑1 (MQ=60)
GGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTT < SRR19973070.1777829/150‑1 (MQ=60)
AAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGC > SRR19973070.639216/1‑150 (MQ=60)
AAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACAATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGA > SRR19973070.639219/1‑150 (MQ=60)
AGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCG > SRR19973070.1035648/1‑150 (MQ=60)
GTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCT > SRR19973070.2806585/1‑150 (MQ=60)
GTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCT > SRR19973070.1231124/1‑150 (MQ=60)
TGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTA < SRR19973070.2523720/150‑1 (MQ=60)
TGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTA < SRR19973070.2522753/150‑1 (MQ=60)
TTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAA > SRR19973070.1149339/1‑150 (MQ=60)
TTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAA > SRR19973070.1173588/1‑150 (MQ=60)
TATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACA > SRR19973070.269739/1‑150 (MQ=60)
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TTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGC > SRR19973070.251517/1‑150 (MQ=60)
TCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCG < SRR19973070.1289669/150‑1 (MQ=60)
TCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCG < SRR19973070.1289664/150‑1 (MQ=60)
TTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTT > SRR19973070.649501/1‑150 (MQ=60)
CGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTA < SRR19973070.2317271/150‑1 (MQ=60)
ACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCG < SRR19973070.66936/150‑1 (MQ=60)
CAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGG > SRR19973070.379531/1‑150 (MQ=60)
TGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCAC > SRR19973070.845428/1‑150 (MQ=60)
AACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTG < SRR19973070.2957216/150‑1 (MQ=60)
TAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTGCAA > SRR19973070.1018785/1‑150 (MQ=60)
|
AATATTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTGCAA > CP009273/3268208‑3268505
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |