Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,717,809 |
G→A |
6.2% |
V478I (GTC→ATC) |
ydhK → |
putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,717,809 | 0 | G | A | 6.2%
| 752.6
/ 23.4
| 209 | V478I (GTC→ATC) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/99); new base A (10/3); total (107/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.34e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGC > CP009273/1717665‑1717956
|
cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCa < 1:406692/148‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCAAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGAAGCTTCTTAAATTGCAGATGACAAAATTTGTCTCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTATTATCGCTGTCa > 1:2237140/1‑148 (MQ=255)
aTGGTCCAGATTAGCGATCTGTTGCAATTTTTAATGTTTCTCTTTCCACTGCTTGCGACAATTCATCTTCTTATATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGAATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTa < 1:1043133/148‑1 (MQ=255)
gTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATc > 2:747860/1‑148 (MQ=255)
tCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATcc < 1:1568253/148‑1 (MQ=255)
ccAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATccc < 1:1086264/148‑1 (MQ=255)
ccAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATccc < 1:2428541/148‑1 (MQ=255)
cAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATcccc < 1:663585/148‑1 (MQ=255)
cAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATcccc < 1:637730/148‑1 (MQ=255)
aGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATccccc < 1:2392881/148‑1 (MQ=255)
aGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATccccc < 1:2393417/148‑1 (MQ=255)
gATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCg > 1:1484967/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCgg > 2:1019397/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCgg < 1:591432/148‑1 (MQ=255)
aTTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCgg > 2:891592/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCgg > 2:1439667/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTAATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCgg > 1:3258911/1‑148 (MQ=255)
tAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGgtg > 2:3248107/1‑148 (MQ=255)
tAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCAAAAATTTTCCGAATTGTGGGGGCCACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGgtg > 1:3176405/1‑148 (MQ=255)
aGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGgtgt > 2:2445501/1‑148 (MQ=255)
gCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTa > 1:3193398/1‑148 (MQ=255)
aTCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGa < 1:1149153/148‑1 (MQ=255)
aTCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGa < 1:2268839/148‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAt < 1:2541306/148‑1 (MQ=255)
cTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAtt > 1:3486685/1‑148 (MQ=255)
cAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTg < 1:2843201/148‑1 (MQ=255)
tACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCt < 1:1872558/148‑1 (MQ=255)
cTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTa < 1:1185516/148‑1 (MQ=255)
tGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTaa > 2:187091/1‑148 (MQ=255)
tttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACg > 2:2512759/1‑148 (MQ=255)
tttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACg > 2:3207239/1‑148 (MQ=255)
ctctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa > 1:1774271/1‑148 (MQ=255)
ctctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa < 2:798186/148‑1 (MQ=255)
ctctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa < 1:2556847/148‑1 (MQ=255)
ctctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAACCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa < 1:2557273/148‑1 (MQ=255)
tctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATaa > 2:1040475/1‑148 (MQ=255)
tctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATaa > 1:1562370/1‑148 (MQ=255)
ttCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCt < 2:2023144/148‑1 (MQ=255)
ttCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCt < 1:3446175/148‑1 (MQ=255)
gctgGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCaaaa < 1:2289896/148‑1 (MQ=255)
gACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGtt < 2:3074749/148‑1 (MQ=255)
aCAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTg < 2:2555882/148‑1 (MQ=255)
aTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCg > 2:2463942/1‑148 (MQ=255)
tGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGt < 2:651151/148‑1 (MQ=255)
cAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTcg < 2:1740545/148‑1 (MQ=255)
cAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTcg < 2:2571621/148‑1 (MQ=255)
cAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTcg > 1:1695060/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTcg > 2:3346658/1‑148 (MQ=255)
cttcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGt > 2:1326696/1‑148 (MQ=255)
tcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTg < 2:533586/148‑1 (MQ=255)
cttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTgg > 1:890115/1‑148 (MQ=255)
gCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTc > 1:3007695/1‑148 (MQ=255)
gCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTc > 1:1243674/1‑148 (MQ=255)
gCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTc > 1:1243688/1‑148 (MQ=255)
cAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGc < 1:2462554/148‑1 (MQ=255)
cAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGc < 1:2458874/148‑1 (MQ=255)
cAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGc > 1:3122438/1‑148 (MQ=255)
aaaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGcc < 1:1326696/148‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCa > 2:1132063/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCa > 1:1992780/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCa > 2:2887777/1‑148 (MQ=255)
tttGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTc < 1:1039874/148‑1 (MQ=255)
ttGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCt < 1:518214/148‑1 (MQ=255)
tGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTg < 1:1854337/148‑1 (MQ=255)
gCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTc < 2:2708229/148‑1 (MQ=255)
cATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTgattcc > 1:593984/1‑143 (MQ=255)
cATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTcc > 1:3550177/1‑148 (MQ=255)
cATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTcc > 1:1750793/1‑148 (MQ=255)
tgtgGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAgg < 1:965445/148‑1 (MQ=255)
gtgGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGa < 1:2775373/148‑1 (MQ=255)
tgGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTACTCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGAt < 2:1260746/148‑1 (MQ=255)
gggggCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATc > 2:1486819/1‑148 (MQ=255)
ggggCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCg < 1:3409909/148‑1 (MQ=255)
ggCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGa < 1:2404824/148‑1 (MQ=255)
gCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGAt < 2:916153/148‑1 (MQ=255)
aCTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCt > 2:2175610/1‑148 (MQ=255)
aCTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCt > 2:399144/1‑148 (MQ=255)
tGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCg < 2:1562370/148‑1 (MQ=255)
tGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCg > 1:111883/1‑148 (MQ=255)
aTTGTTTTTATGGGTTTTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCgg > 1:3518378/1‑139 (MQ=255)
aTTGTTTTTATGGGTTTTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCgg < 2:3518378/139‑1 (MQ=255)
tGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTaaa > 2:484309/1‑148 (MQ=255)
ttttATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAgc > 1:2172069/1‑148 (MQ=255)
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tGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTg < 1:3358567/148‑1 (MQ=255)
|
CTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGC > CP009273/1717665‑1717956
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
