Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,717,809 |
G→A |
46.1% |
V478I (GTC→ATC) |
ydhK → |
putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,717,809 | 0 | G | A | 46.1%
| 95.3
/ 307.1
| 217 | V478I (GTC→ATC) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/51); new base A (51/49); total (117/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGC > CP009273/1717663‑1717953
|
gTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGt < 2:3376507/148‑1 (MQ=255)
gTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGt < 2:1419669/148‑1 (MQ=255)
tCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATc > 2:1019009/1‑148 (MQ=255)
tCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATc < 1:2832582/148‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCa < 1:2099932/148‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCa < 1:2269761/148‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCa > 2:2474983/1‑148 (MQ=255)
tGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCAc < 1:484088/148‑1 (MQ=255)
aTGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTa > 2:2471728/1‑148 (MQ=255)
ggTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAAt < 2:595809/148‑1 (MQ=255)
gTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATc < 2:2795857/148‑1 (MQ=255)
tCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATcc > 1:2724693/1‑148 (MQ=255)
ccAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATccc > 1:1337826/1‑148 (MQ=255)
ccAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATccc > 1:1751672/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCgg < 2:1968247/148‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAt < 2:3382112/148‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAt < 2:715804/148‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGAt > 2:740061/1‑148 (MQ=255)
tgtgGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAttt < 1:1544204/148‑1 (MQ=255)
tgGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTg > 1:1148306/1‑148 (MQ=255)
gCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCt > 2:3010685/1‑148 (MQ=255)
aaTTTTTACTGTGTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGa < 2:2731224/148‑1 (MQ=255)
aTTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGAt > 1:2618434/1‑148 (MQ=255)
tttttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGAtt > 2:372739/1‑148 (MQ=255)
tttttACTGTTTCTCTGTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGAtt < 2:2936924/148‑1 (MQ=255)
tttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGAtttt < 2:1450720/148‑1 (MQ=255)
ttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTc < 2:3525286/148‑1 (MQ=255)
ttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTc > 1:1218362/1‑148 (MQ=255)
ttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTc > 1:1925308/1‑148 (MQ=255)
aCTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCtt > 1:530332/1‑148 (MQ=255)
aCTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCtt < 2:2811171/148‑1 (MQ=255)
aCTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGAAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCtt > 2:1927310/1‑148 (MQ=255)
tGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTaa < 1:1423453/148‑1 (MQ=255)
tttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGTTTTTGATGATTTTCTTAACg > 2:1376986/1‑148 (MQ=255)
ttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGGGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGa > 2:498331/1‑148 (MQ=255)
ttCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCt < 2:2342193/148‑1 (MQ=255)
tCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTg > 2:2974813/1‑148 (MQ=255)
ccACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTgg > 2:3353974/1‑148 (MQ=255)
tgctgGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCaaa > 2:2207425/1‑148 (MQ=255)
tgGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAAt < 1:2558762/148‑1 (MQ=255)
aCAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTg > 2:2598686/1‑148 (MQ=255)
aaTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGc < 1:1444897/148‑1 (MQ=255)
tGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGt > 2:451349/1‑148 (MQ=255)
tGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGt > 2:2654016/1‑148 (MQ=255)
tGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGt > 2:1245221/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTcg > 1:724461/1‑148 (MQ=255)
cttcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGt < 2:2428513/148‑1 (MQ=255)
tcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTg < 1:2343801/148‑1 (MQ=255)
tcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTg > 2:2984780/1‑148 (MQ=255)
tcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTg < 2:2351033/148‑1 (MQ=255)
tcttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTg < 2:2351286/148‑1 (MQ=255)
ttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGc > 1:1495785/1‑148 (MQ=255)
ttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGc > 1:3266528/1‑148 (MQ=255)
ttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGc > 1:1169531/1‑148 (MQ=255)
aaaTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGt > 2:3261869/1‑148 (MQ=255)
aaTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTg < 1:3456982/148‑1 (MQ=255)
ttGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGt > 2:3310838/1‑148 (MQ=255)
gATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCg < 1:1219311/148‑1 (MQ=255)
aTGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGt < 2:706213/148‑1 (MQ=255)
tGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGtt > 1:2123004/1‑148 (MQ=255)
tGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGtt > 1:1611452/1‑148 (MQ=255)
ccAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCg > 2:1534587/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCa < 2:89797/148‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCa > 1:3226130/1‑148 (MQ=255)
tttGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATACCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTc > 1:2224594/1‑148 (MQ=255)
ttGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCt > 2:1289113/1‑148 (MQ=255)
gCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTc < 2:165228/148‑1 (MQ=255)
gCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTc < 1:1836249/148‑1 (MQ=255)
cATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTcc > 2:2249687/1‑148 (MQ=255)
aTTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCa < 1:701396/148‑1 (MQ=255)
aTTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCa < 1:2487654/148‑1 (MQ=255)
ttGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAg > 2:1988/1‑148 (MQ=255)
gggCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCgg < 1:403665/148‑1 (MQ=255)
ggCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGa < 1:1019009/148‑1 (MQ=255)
ggCAACTGATTGTTTTTATGGATTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGa < 1:856604/148‑1 (MQ=255)
cAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATg < 2:1169531/148‑1 (MQ=255)
aaCTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGc < 2:1087745/148‑1 (MQ=255)
aaCTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGc < 1:1410806/148‑1 (MQ=255)
aCTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCt < 2:1218362/148‑1 (MQ=255)
tGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCg < 1:1927310/148‑1 (MQ=255)
taTTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGt > 1:891797/2‑148 (MQ=255)
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CAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCA > SRR19973066.3247457/1‑150 (MQ=60)
AATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTC < SRR19973066.2111692/150‑1 (MQ=60)
AATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATACCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTC > SRR19973066.2239971/1‑150 (MQ=60)
GCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGT > SRR19973066.2255314/1‑150 (MQ=60)
gccgggtgggggccccggcgggtggggcgggggTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCA < SRR19973066.2309446/117‑1 (MQ=60)
GCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCA < SRR19973066.1849369/150‑1 (MQ=60)
CATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAG < SRR19973066.3554417/150‑1 (MQ=60)
ATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGG < SRR19973066.2504629/150‑1 (MQ=60)
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GGCAACTGATTGTTTTTATGGATTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATG < SRR19973066.2649824/150‑1 (MQ=60)
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AACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTC < SRR19973066.1420935/150‑1 (MQ=60)
CTTATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGT > SRR19973066.898113/1‑150 (MQ=60)
TGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTA > SRR19973066.2234217/1‑150 (MQ=60)
TGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTA > SRR19973066.2234141/1‑150 (MQ=60)
TGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTA < SRR19973066.1941013/150‑1 (MQ=60)
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TGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAG > SRR19973066.2404654/1‑150 (MQ=60)
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ATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCGCGTAAAAGCCGACGC > SRR19973066.299022/1‑150 (MQ=60)
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CTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATTTTTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTC < SRR19973066.1276149/150‑1 (MQ=60)
CTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTC < SRR19973066.724391/150‑1 (MQ=60)
CTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTC < SRR19973066.2826766/150‑1 (MQ=60)
TTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCG > SRR19973066.514941/1‑150 (MQ=60)
ATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCG > SRR19973066.1826681/1‑150 (MQ=60)
CTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGC > SRR19973066.1560970/1‑150 (MQ=60)
|
TCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGC > CP009273/1717664‑1717956
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
