Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,718,414 |
A→T |
9.4% |
Y167N (TAT→AAT) |
sodC ← |
superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,718,414 | 0 | A | T | 9.4%
| 592.9
/ 41.7
| 199 | Y167N (TAT→AAT) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/94); new base T (9/10); total (95/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TTGCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGA > CP009273/1718267‑1718560
|
gCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGc < 2:225197/148‑1 (MQ=255)
cGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCg < 1:1307522/148‑1 (MQ=255)
cAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTc > 2:658213/1‑148 (MQ=255)
cAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTc > 1:1140900/1‑148 (MQ=255)
aGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTca < 1:329993/148‑1 (MQ=255)
aGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTca > 2:246581/1‑148 (MQ=255)
gCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTcaccgcca < 1:2150118/148‑1 (MQ=255)
ccGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTcaccgccacc > 2:3473193/1‑148 (MQ=255)
cGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTcaccgccaccg > 1:2314743/1‑148 (MQ=255)
tcatcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCaccgccaccgcc > 1:3023001/1‑148 (MQ=255)
tcatcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCaccgccaccgcc < 2:432632/148‑1 (MQ=255)
tcatcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCaccgccaccgcc > 1:2783138/1‑148 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGccc > 2:518142/1‑148 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGccc < 1:1255644/148‑1 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGACAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGccc > 2:1305766/1‑148 (MQ=255)
atcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCg > 2:2554347/1‑148 (MQ=255)
caACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGt < 2:200875/148‑1 (MQ=255)
caACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGt < 2:2376291/148‑1 (MQ=255)
ccTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTa > 2:2903531/1‑148 (MQ=255)
cccGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGAt > 2:2640492/1‑148 (MQ=255)
cccGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGAt > 1:848044/1‑148 (MQ=255)
tGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGATCAAGAACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGa > 2:906876/1‑148 (MQ=255)
gAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGAc < 2:1654990/148‑1 (MQ=255)
gAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGAc < 2:3414774/148‑1 (MQ=255)
gCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACat > 1:744892/1‑148 (MQ=255)
cTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACata < 1:2608586/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACata > 1:3503442/1‑148 (MQ=255)
gcAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATcg < 2:1887045/148‑1 (MQ=255)
cAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATcgc < 1:867230/148‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTAAGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATcgccgc < 1:1022161/148‑1 (MQ=255)
tGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCgccgcc > 2:1242593/1‑148 (MQ=255)
gTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCa < 1:718131/148‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCaa > 2:2713309/1‑148 (MQ=255)
gcggcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTg > 1:1047581/1‑148 (MQ=255)
cggcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTgg < 2:941054/148‑1 (MQ=255)
gcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGAc < 2:1156241/148‑1 (MQ=255)
gcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGAc > 2:2826136/1‑148 (MQ=255)
cTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGAcc > 2:1457078/1‑148 (MQ=255)
tGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCa < 1:2865302/148‑1 (MQ=255)
tACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATc > 2:2993864/1‑148 (MQ=255)
aCTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCa > 1:882186/1‑148 (MQ=255)
cTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAg < 1:3148848/148‑1 (MQ=255)
cTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAg > 2:460187/1‑148 (MQ=255)
cTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAg < 2:589830/148‑1 (MQ=255)
cTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAg < 1:2074468/148‑1 (MQ=255)
gCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcg < 2:2895051/148‑1 (MQ=255)
gCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcg < 1:3088436/148‑1 (MQ=255)
cTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcgc > 1:1491855/1‑148 (MQ=255)
cTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcgc < 1:2477358/148‑1 (MQ=255)
tCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCt < 1:2832155/148‑1 (MQ=255)
tCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCt > 2:631931/1‑148 (MQ=255)
tCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCt < 1:2879344/148‑1 (MQ=255)
tCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCt < 1:491979/148‑1 (MQ=255)
cGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCtt > 2:2699728/1‑148 (MQ=255)
cGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCtt > 2:128692/1‑148 (MQ=255)
gCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCttt > 1:2731440/1‑148 (MQ=255)
gCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCttt < 1:1617735/148‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCttt > 1:1423607/1‑148 (MQ=255)
gCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCttt < 1:95330/148‑1 (MQ=255)
tttCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGt > 2:1756530/1‑148 (MQ=255)
ttCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTc < 1:186935/148‑1 (MQ=255)
ttCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTc < 1:649181/148‑1 (MQ=255)
tCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCt < 2:2783138/148‑1 (MQ=255)
cGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCtt < 1:865773/148‑1 (MQ=255)
cAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTg < 2:1412756/148‑1 (MQ=255)
cAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTg < 2:2507704/148‑1 (MQ=255)
aCTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGAt > 1:780886/1‑148 (MQ=255)
agcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAg < 1:2536771/148‑1 (MQ=255)
agcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAg > 2:3296894/1‑148 (MQ=255)
gcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGt > 2:2292177/1‑148 (MQ=255)
gcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGt > 2:1359582/1‑148 (MQ=255)
gcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGt > 2:1980392/1‑148 (MQ=255)
gcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGt > 1:2063739/1‑148 (MQ=255)
caccacCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTg < 2:3096952/148‑1 (MQ=255)
caccacCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTg < 1:389748/148‑1 (MQ=255)
ccaccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGAt < 1:919028/148‑1 (MQ=255)
accGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGAttt < 1:1535434/148‑1 (MQ=255)
ccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTc < 1:265743/148‑1 (MQ=255)
ccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTc < 1:265611/148‑1 (MQ=255)
cGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCa > 2:876486/1‑148 (MQ=255)
cGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCa > 2:876446/1‑148 (MQ=255)
gCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAg < 2:2036846/148‑1 (MQ=255)
gTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAg > 2:1668024/1‑148 (MQ=255)
tACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCTCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAgg > 2:3296158/1‑148 (MQ=255)
cTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGcgcg < 1:2554347/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGcgcg > 2:1686242/1‑148 (MQ=255)
ggCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGAt < 2:2165229/148‑1 (MQ=255)
gCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATg < 1:1966666/148‑1 (MQ=255)
ccTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGa > 2:1020639/1‑148 (MQ=255)
tctTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACg > 1:2257089/1‑148 (MQ=255)
ttacttaattacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCg > 1:1815365/1‑148 (MQ=255)
ttacttaattacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCAGCAGCGCTTTGTCTTTGATTACATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCg > 2:2653753/1‑148 (MQ=255)
tacttaattacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACTGCATCgg > 2:1095082/1‑148 (MQ=255)
taattacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGc > 1:1203361/1‑148 (MQ=255)
tacACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTg > 2:2682555/1‑148 (MQ=255)
ccacAGTCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCTGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACTTGGACAATCAGCTCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGTTTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCTGTAGCTTTGCCGt < 2:561983/148‑1 (MQ=255)
acaGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCa < 1:1064685/148‑1 (MQ=255)
gCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCattat > 1:1057186/1‑148 (MQ=255)
tAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTga < 2:744892/148‑1 (MQ=255)
tAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTga < 2:1915445/148‑1 (MQ=255)
|
TTGCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGA > CP009273/1718267‑1718560
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
