Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,718,414 |
A→T |
49.2% |
Y167N (TAT→AAT) |
sodC ← |
superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,718,414 | 0 | A | T | 49.2%
| ‑1.6
/ 313.9
| 193 | Y167N (TAT→AAT) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/50); new base T (51/44); total (99/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TGCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGAC > CP009273/1718268‑1718561
|
aCAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGtt > 1:2234155/1‑148 (MQ=255)
aCAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGtt < 1:1730339/148‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTcac > 2:114222/1‑148 (MQ=255)
ccTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTcacc > 2:1826754/1‑148 (MQ=255)
tGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTcaccgcc > 1:1836198/1‑148 (MQ=255)
gCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGTGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTcaccgcca < 2:16018/148‑1 (MQ=255)
ccGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTcaccgccacc > 2:2912638/1‑148 (MQ=255)
tcatcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCaccgccaccgcc > 2:3293558/1‑148 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGccc > 1:333838/1‑148 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGccc > 1:3161654/1‑148 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGccc > 2:2636250/1‑148 (MQ=255)
catcatcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGccc > 1:2745959/1‑148 (MQ=255)
atcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCg < 1:687950/148‑1 (MQ=255)
tcaACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCgg < 1:3011522/148‑1 (MQ=255)
caACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGt < 2:2365986/148‑1 (MQ=255)
caACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGt < 2:2061578/148‑1 (MQ=255)
cTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAg < 2:1875154/148‑1 (MQ=255)
cTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAg < 2:3540566/148‑1 (MQ=255)
agccgccCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAgg < 2:1378683/147‑1 (MQ=255)
gccgccCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGt < 1:2598957/148‑1 (MQ=255)
gccgccCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGt > 2:2682589/1‑148 (MQ=255)
gccCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGa < 2:295210/148‑1 (MQ=255)
tGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGa < 2:575543/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACata < 1:3067265/148‑1 (MQ=255)
ggcggcAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACAtatt < 1:2449710/148‑1 (MQ=255)
cggcAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACAtattat < 2:2249755/148‑1 (MQ=255)
cggcAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACAtattat < 1:74313/148‑1 (MQ=255)
ggcAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATc < 1:1135995/148‑1 (MQ=255)
gcAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATcg > 1:3428705/1‑148 (MQ=255)
aTTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATcgccg < 1:2183476/148‑1 (MQ=255)
aTTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATcgccg < 1:1301730/148‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCaa > 2:1668041/1‑148 (MQ=255)
tCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCaa > 2:3432174/1‑148 (MQ=255)
tGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACg < 2:2589305/148‑1 (MQ=255)
ggcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGa < 2:2428139/148‑1 (MQ=255)
ggcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGa < 2:909604/148‑1 (MQ=255)
gcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGAc < 1:1826754/148‑1 (MQ=255)
gcTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGAc > 1:1785677/1‑148 (MQ=255)
aCTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCa < 1:240847/148‑1 (MQ=255)
gCTCGCTTTCGCAACTTGAGCACGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcg > 2:52885/1‑148 (MQ=255)
gCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcg < 2:2745959/148‑1 (MQ=255)
cTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcgc > 1:1997238/1‑148 (MQ=255)
cTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAgcgc < 1:233089/148‑1 (MQ=255)
tCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATAAGCGCt < 1:1244646/148‑1 (MQ=255)
cGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCtt < 2:813256/148‑1 (MQ=255)
cGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCtt < 1:2501661/148‑1 (MQ=255)
cTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTg > 1:3424213/1‑148 (MQ=255)
tttCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGt < 2:628921/148‑1 (MQ=255)
ttCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTc < 1:668052/148‑1 (MQ=255)
cGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCtt < 1:2334324/148‑1 (MQ=255)
tGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTc > 1:1829157/1‑148 (MQ=255)
agcaagcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGTCATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCTGCGCGTGGGGTTTGATTTCAt > 1:39572/1‑148 (MQ=255)
agcaagcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCAt < 1:3216466/148‑1 (MQ=255)
caagcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATcc > 2:230120/1‑148 (MQ=255)
gcaCCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGt > 2:1020221/1‑148 (MQ=255)
caccacCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTg > 2:2286994/1‑148 (MQ=255)
caccacCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTg < 2:3043304/148‑1 (MQ=255)
accaccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGa < 2:2518017/148‑1 (MQ=255)
ccaccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGAt < 2:541816/148‑1 (MQ=255)
ccaccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGGTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCGTTGATTTCATCCAGTGAt > 2:1522698/1‑148 (MQ=255)
accGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGAttt < 2:1880899/148‑1 (MQ=255)
ccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTc > 1:1509374/1‑148 (MQ=255)
ccGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTc < 1:2832032/148‑1 (MQ=255)
cGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCa < 1:353830/148‑1 (MQ=255)
cGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCa > 1:2061585/1‑148 (MQ=255)
gCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAg > 1:2672356/1‑148 (MQ=255)
cAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGa > 1:1080111/1‑148 (MQ=255)
aGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACg < 2:1732158/148‑1 (MQ=255)
aGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACg < 2:2795866/148‑1 (MQ=255)
aGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACg < 2:2733024/148‑1 (MQ=255)
gttACGCTGTCCTATTAATTAATTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTGGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGa < 1:1889605/146‑1 (MQ=255)
ggTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGa < 1:84739/148‑1 (MQ=255)
ggTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCGTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGa > 1:1040874/1‑148 (MQ=255)
gTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCTTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAg > 1:3398035/1‑148 (MQ=255)
gTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAg < 2:618451/148‑1 (MQ=255)
tACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAgg > 1:634699/1‑148 (MQ=255)
tGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGa < 2:2687074/148‑1 (MQ=255)
gCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAg < 2:1674742/135‑1 (MQ=255)
gCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAg > 1:1674742/1‑135 (MQ=255)
gCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATg > 1:3146398/1‑148 (MQ=255)
gCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATg > 1:2259364/1‑148 (MQ=255)
ttaattacttaattacACCACAGGCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGc > 2:839409/1‑148 (MQ=255)
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caccacAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGcc > 2:1519530/1‑148 (MQ=255)
acaGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCa < 1:2636250/148‑1 (MQ=255)
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gCATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCattat > 1:1943617/1‑148 (MQ=255)
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cATTGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCattatt > 2:3132180/1‑148 (MQ=255)
agaGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTg < 2:1836198/146‑1 (MQ=255)
aTAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTCTCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTg < 1:1597922/148‑1 (MQ=255)
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TGCGACAGCCTTGCCCGTCATCATCAACCTGCCGCCCGTGAGCTGGCGGCAATTGTCTGGCGGCTGTACTGCTCGCTTTCGCAACTTGAGCAAGCACCACCGCAAGGTACGCTGGCCTCTTAATTACTTAATTACACCACAGGCATAGCGTTCACCGCCACCGCCCAGCGGTTTAGGTTGATCGGACATATTATCGCCGCCAACGTGGACCATCAGCGCTTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGAC > CP009273/1718268‑1718561
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
