Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,717,809 |
G→A |
68.7% |
V478I (GTC→ATC) |
ydhK → |
putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,717,809 | 0 | G | A | 68.7%
| 345.8
/ 243.3
| 259 | V478I (GTC→ATC) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/42); new base A (95/83); total (134/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.92e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TGGTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGCG > CP009273/1717661‑1717957
|
tGGTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGt > 1:3330738/1‑150 (MQ=255)
cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACt > 1:3365928/1‑150 (MQ=255)
cTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACt > 1:3168119/1‑150 (MQ=255)
ggTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATca > 2:1793128/1‑149 (MQ=255)
gTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACGATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATccc > 2:495086/1‑150 (MQ=255)
ccAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATccccc < 1:1527507/150‑1 (MQ=255)
cAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGTGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCg > 1:774619/1‑150 (MQ=255)
aGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCgg < 2:2508182/150‑1 (MQ=255)
gATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGgt > 1:3392405/1‑150 (MQ=255)
ttAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGgtgt > 1:326831/1‑150 (MQ=255)
tAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTa > 1:3130872/1‑150 (MQ=255)
tAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTa < 1:4301126/150‑1 (MQ=255)
tAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCGTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTa < 2:2947049/150‑1 (MQ=255)
aGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTAt > 2:4376000/1‑150 (MQ=255)
aGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTGATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTAt < 2:4752002/150‑1 (MQ=255)
gCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATg < 2:3499490/150‑1 (MQ=255)
gCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTGTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATg < 1:2143917/150‑1 (MQ=255)
cGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGa > 1:49736/1‑150 (MQ=255)
gATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAt < 1:4211537/150‑1 (MQ=255)
gATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGAt < 2:3963525/150‑1 (MQ=255)
aTCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGAtt > 2:3110612/1‑150 (MQ=255)
tCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGAttt < 1:2293866/150‑1 (MQ=255)
cTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGAtttt < 2:2242076/150‑1 (MQ=255)
cTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGAtttt > 2:4554274/1‑150 (MQ=255)
gtgGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGc < 2:1591382/150‑1 (MQ=255)
tgGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCt < 1:937921/150‑1 (MQ=255)
ggCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTg < 1:4109099/150‑1 (MQ=255)
gCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGTCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGa < 1:4260491/150‑1 (MQ=255)
cAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGAt > 2:2016468/1‑150 (MQ=255)
aaTTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGAtt > 2:3281680/1‑150 (MQ=255)
ttttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTc < 2:4249052/150‑1 (MQ=255)
tttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCt > 1:3046529/1‑150 (MQ=255)
tttACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCt < 2:15481/150‑1 (MQ=255)
tACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATCTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTa < 2:401748/150‑1 (MQ=255)
cTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAAc < 2:2887675/150‑1 (MQ=255)
gTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTGTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGa > 1:4749565/1‑150 (MQ=255)
tttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGAt > 2:2157751/1‑150 (MQ=255)
ttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa > 1:3608575/1‑150 (MQ=255)
ttCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa < 2:4135949/150‑1 (MQ=255)
cgctcgTTCCACTGCTGGCGACACTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATa < 1:5131829/148‑1 (MQ=255)
tctcTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATaa > 2:247649/1‑150 (MQ=255)
ctctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATACCCAGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAAt < 1:2033446/150‑1 (MQ=255)
tctTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATc > 1:1223875/1‑150 (MQ=255)
tttCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTg < 1:1176643/150‑1 (MQ=255)
ttCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTgg > 1:1752975/1‑150 (MQ=255)
ttCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTgg > 2:3906186/1‑150 (MQ=255)
gctgGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAAt > 1:3852234/1‑150 (MQ=255)
ctgGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATc > 1:1443481/1‑150 (MQ=255)
tgGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCg > 1:1065074/1‑150 (MQ=255)
ggCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGt > 1:1844273/1‑150 (MQ=255)
gACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTgg > 2:670948/1‑150 (MQ=255)
aCAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGc < 2:4841462/150‑1 (MQ=255)
aaTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGt > 2:3525717/1‑150 (MQ=255)
aaTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGt < 2:4180331/150‑1 (MQ=255)
aTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTc < 2:1694215/150‑1 (MQ=255)
aTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTc < 1:1914949/150‑1 (MQ=255)
aTGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCAGTGTGGGGGCAAATGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTc > 1:1999285/1‑150 (MQ=255)
aGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGt < 1:4185475/150‑1 (MQ=255)
aGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGt > 2:2907987/1‑150 (MQ=255)
aGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGt > 2:706884/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGtt < 1:4732831/150‑1 (MQ=255)
gCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGtt > 2:2979997/1‑150 (MQ=255)
cttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCg < 2:2835994/150‑1 (MQ=255)
ttAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGt > 1:3448270/1‑150 (MQ=255)
aaaTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTgg > 1:2465752/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGt > 2:3705444/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTGTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGt > 2:3077133/1‑150 (MQ=255)
aTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGtt < 2:3356879/150‑1 (MQ=255)
aTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGtt > 2:4703365/1‑150 (MQ=255)
aTTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGtt < 1:5082811/150‑1 (MQ=255)
ttGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTa < 1:2555016/150‑1 (MQ=255)
cAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCg > 2:2390085/1‑150 (MQ=255)
gATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGtt < 2:3438452/150‑1 (MQ=255)
aTGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTc > 2:2276669/1‑150 (MQ=255)
tGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCg < 1:2725415/150‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCAtt < 1:1793035/150‑1 (MQ=255)
gCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGt > 2:4504178/1‑150 (MQ=255)
gCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGt > 2:503350/1‑150 (MQ=255)
cGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTcc < 1:4836387/150‑1 (MQ=255)
cGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTcc < 1:2988767/150‑1 (MQ=255)
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cATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAg < 2:2110677/150‑1 (MQ=255)
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ATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTC < SRR19973063.1920943/150‑1 (MQ=60)
ATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTC > SRR19973063.3147821/1‑150 (MQ=60)
ATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCAGTGTGGGGGCAAATGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTC > SRR19973063.2005529/1‑150 (MQ=60)
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AGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGT < SRR19973063.4198603/150‑1 (MQ=60)
AGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGT < SRR19973063.3214059/150‑1 (MQ=60)
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TTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGG > SRR19973063.4826349/1‑150 (MQ=60)
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AAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGAAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGG > SRR19973063.2473632/1‑150 (MQ=60)
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TTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTA < SRR19973063.2558918/150‑1 (MQ=60)
CAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCG > SRR19973063.342386/1‑150 (MQ=60)
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AAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCAT > SRR19973063.4755328/1‑150 (MQ=60)
AAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATT < SRR19973063.1858335/150‑1 (MQ=60)
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TGGTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGCTGCG > CP009273/1717661‑1717957
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
