Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,542,627 |
T→G |
49.0% |
I389M (ATT→ATG) |
yfeW → |
penicillin binding protein PBP4B; weak DD‑carboxypeptidase activity |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,542,627 | 0 | T | G | 49.0%
| 61.2
/ inf
| 284 | I389M (ATT→ATG) | yfeW | penicillin binding protein PBP4B; weak DD‑carboxypeptidase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/88); new base G (62/77); total (119/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GAAGATGCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGTAATAAAAAGGCCA > CP009273/2542478‑2542776
|
gAAGATGCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGAtt < 1:1868910/150‑1 (MQ=255)
gATGCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATtgtg > 2:4239905/1‑150 (MQ=255)
aTGCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGa > 1:3272421/1‑150 (MQ=255)
aTGCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGa > 2:1671281/1‑150 (MQ=255)
gCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATg < 2:842381/150‑1 (MQ=255)
cACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGTATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGtt < 2:2390441/150‑1 (MQ=255)
cACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGtt < 2:3243617/150‑1 (MQ=255)
cTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTaa > 1:3820336/1‑150 (MQ=255)
tttGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGc < 1:413261/150‑1 (MQ=255)
ggCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGcaac < 2:2452263/150‑1 (MQ=255)
ccTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGcaacaa > 2:4032532/1‑150 (MQ=255)
ccTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGcaacaa > 2:4340675/1‑150 (MQ=255)
cGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGcc > 1:100768/1‑150 (MQ=255)
cGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGcc < 1:3506663/150‑1 (MQ=255)
ggCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCca < 2:3827271/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCcaca < 1:361546/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAagcaacaagcaaca < 2:1289862/150‑1 (MQ=255)
tGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACAt > 2:3529387/1‑150 (MQ=255)
cgcgTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCg < 2:1740314/150‑1 (MQ=255)
cgTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGcc < 1:3784342/150‑1 (MQ=255)
cgTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGcc > 1:2563725/1‑150 (MQ=255)
gTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCg < 2:2270906/150‑1 (MQ=255)
gTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCg > 1:2140725/1‑150 (MQ=255)
tGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCgg > 1:1553674/1‑150 (MQ=255)
gAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGt < 1:2938362/150‑1 (MQ=255)
aaTGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGtt < 1:3580393/150‑1 (MQ=255)
aTGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTg < 1:2704158/150‑1 (MQ=255)
ggTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGcc < 2:1611706/150‑1 (MQ=255)
tAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGa > 2:1218007/1‑150 (MQ=255)
aTGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATc < 1:4220570/150‑1 (MQ=255)
tGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATcc < 1:2785306/150‑1 (MQ=255)
caccaTGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCa > 1:2302091/1‑150 (MQ=255)
accaTGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCaa > 2:2624906/1‑150 (MQ=255)
ccaTGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCaaa > 2:3599149/1‑150 (MQ=255)
ccaTGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCaaa < 2:2750809/150‑1 (MQ=255)
aTGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAg < 1:3700218/150‑1 (MQ=255)
tGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGa > 2:3420213/1‑150 (MQ=255)
tGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGa < 1:1203338/150‑1 (MQ=255)
tGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGa < 1:1385547/150‑1 (MQ=255)
gCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATcc > 2:2048480/1‑150 (MQ=255)
gCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATcc < 1:2663701/150‑1 (MQ=255)
ccGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGGTCCGCAAAAGAATccc > 2:696467/1‑150 (MQ=255)
ccGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATccc < 1:3989653/150‑1 (MQ=255)
gACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCaa > 1:1050173/1‑150 (MQ=255)
gACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCaa > 1:2334098/1‑150 (MQ=255)
aCGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAat < 2:4329924/150‑1 (MQ=255)
aCGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAat < 1:1836963/150‑1 (MQ=255)
tttGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATg < 2:2180880/150‑1 (MQ=255)
ttGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGt < 1:3663226/150‑1 (MQ=255)
ggCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAGCGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTc < 2:1859916/150‑1 (MQ=255)
ggCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTc < 2:4046356/150‑1 (MQ=255)
cACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGa < 2:2064284/150‑1 (MQ=255)
cAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTc < 2:1439688/150‑1 (MQ=255)
cAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTc < 2:235952/150‑1 (MQ=255)
cccGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGtt < 2:225518/150‑1 (MQ=255)
cGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACAGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCACTATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGc > 1:1593533/1‑150 (MQ=255)
aaaCCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGa > 1:2369177/1‑150 (MQ=255)
aaaCCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCAGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGa > 2:1001989/1‑150 (MQ=255)
aaCCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGAt < 1:3230520/150‑1 (MQ=255)
aCCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGAtt < 2:1011390/150‑1 (MQ=255)
ccTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGATATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATACGCCGGTAGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTg > 2:3729323/1‑150 (MQ=255)
aCGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCaa < 2:3564245/150‑1 (MQ=255)
cGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAAc < 1:2220243/150‑1 (MQ=255)
tCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGTTGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTa < 1:633533/150‑1 (MQ=255)
cacaCTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACAGTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTAt < 2:4241742/150‑1 (MQ=255)
cacTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATgg > 2:855733/1‑150 (MQ=255)
cacTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATgg > 1:2790110/1‑150 (MQ=255)
cacTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATgg < 1:1905669/150‑1 (MQ=255)
cacTGGCTGGACCAGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATgg < 2:2501022/150‑1 (MQ=255)
acTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGt < 1:1583776/150‑1 (MQ=255)
acTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGt > 2:555561/1‑150 (MQ=255)
acTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGt > 2:2650682/1‑150 (MQ=255)
tggctggACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTg < 2:3514174/150‑1 (MQ=255)
tggctggACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTg < 2:2738753/150‑1 (MQ=255)
gctggACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTggg < 1:1612904/150‑1 (MQ=255)
tggACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGCTGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACAGTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTa < 2:304989/150‑1 (MQ=255)
tggACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTa < 1:1546661/150‑1 (MQ=255)
cGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGAGTGCAACTTAGGGTTGGGTCGGTGa > 1:306679/1‑150 (MQ=255)
gTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGgtg < 2:4178812/150‑1 (MQ=255)
tGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGgtgt < 2:4094406/150‑1 (MQ=255)
aCCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTAt < 2:1956067/150‑1 (MQ=255)
cGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATgc < 2:4260620/150‑1 (MQ=255)
gTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATgcg > 1:3492119/1‑150 (MQ=255)
gTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATgcg > 2:3356360/1‑150 (MQ=255)
tATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGGAGTTGATCAGGTGTATgcggc > 2:2892165/1‑150 (MQ=255)
tATCGATCCGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTGATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATgcggc > 2:2891698/1‑150 (MQ=255)
tCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTaaa < 1:1956346/150‑1 (MQ=255)
cGGTGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGc < 1:4358582/150‑1 (MQ=255)
ggTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCa > 1:1436785/1‑150 (MQ=255)
tGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATCTGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGa > 2:3917587/1‑150 (MQ=255)
tGAATCATATGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGa < 1:1673305/150‑1 (MQ=255)
aTCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGt < 1:1322565/150‑1 (MQ=255)
tatGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGtaata < 1:4064847/150‑1 (MQ=255)
atGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGtaataa > 2:222174/1‑150 (MQ=255)
atGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGtaataa > 1:2446635/1‑150 (MQ=255)
atGACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGtaataa > 1:3589333/1‑150 (MQ=255)
gACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGTAATaaaa < 1:887698/150‑1 (MQ=255)
gACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGTAATaaaa < 2:2525860/150‑1 (MQ=255)
gACGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACAGTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGTAATaaaa < 2:2994943/150‑1 (MQ=255)
aCGATGGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGTAATaaaaa < 2:3822112/150‑1 (MQ=255)
|
GAAGATGCCACTTTTGGCCTCGGCTGGCGCGTGAATGGTAATGCCACCATGACGCCGACGTTTGGCACGCTGGCAAGCCCGCAAACCTACGGTCACACTGGCTGGACCGGAACGGTGACCGTTATCGATCCGGTGAATCATATGACGATTGTGATGTTAAGCAACAAGCCACATTCGCCGGTTGCCGATCCGCAAAAGAATCCCAATATGTTCGAAAGCGGTCAGTTGCCGATTGCAACTTATGGTTGGGTAGTTGATCAGGTGTATGCGGCGTTAAAGCAGAAGTAATAAAAAGGCCA > CP009273/2542478‑2542776
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
