Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,017,285 |
G→T |
100% |
D871Y (GAC→TAC) |
xdhD → |
putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,017,285 | 0 | G | T | 99.7%
| 1074.8
/ ‑5.0
| 321 | D871Y (GAC→TAC) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (151/169); total (151/170) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AACACGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATGACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGG > CP009273/3017138‑3017430
|
acacGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACg > 2:1527863/1‑150 (MQ=255)
cacGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGc > 1:2126106/1‑150 (MQ=255)
acGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGcc > 1:1639493/1‑150 (MQ=255)
tACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAgg > 1:3925319/1‑150 (MQ=255)
ggTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCAc > 1:695567/1‑150 (MQ=255)
gTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCAcc > 2:3063522/1‑150 (MQ=255)
tGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCAccc < 1:2738746/150‑1 (MQ=255)
aTCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTa < 2:2759432/150‑1 (MQ=255)
aTCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTa < 1:2179631/150‑1 (MQ=255)
ccGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAAc > 2:408160/1‑150 (MQ=255)
gCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAAcgc > 1:3480937/1‑150 (MQ=255)
ccTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAAcgcg > 1:3768562/1‑150 (MQ=255)
cTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGt > 1:2364481/1‑150 (MQ=255)
cTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGt > 1:435256/1‑150 (MQ=255)
cTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGt < 1:578645/150‑1 (MQ=255)
aaTTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTAc < 2:3846612/150‑1 (MQ=255)
ttCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGc > 1:828940/1‑150 (MQ=255)
tCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCa > 1:3217568/1‑150 (MQ=255)
tCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCa < 2:2133804/150‑1 (MQ=255)
cTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAg < 2:4418031/150‑1 (MQ=255)
tACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTCTGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGt > 1:2664534/1‑150 (MQ=255)
gCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTAc > 1:2458750/1‑150 (MQ=255)
gCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTAc > 2:4717008/1‑150 (MQ=255)
ccTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACg < 1:4502107/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgc < 2:1603391/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgc > 1:3108974/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgcg > 1:2653737/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgcg < 1:381264/150‑1 (MQ=255)
tGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCAc < 2:2747241/150‑1 (MQ=255)
tGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCAc > 2:4347889/1‑150 (MQ=255)
gACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCg < 2:2042473/150‑1 (MQ=255)
gACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCg > 1:4848250/1‑150 (MQ=255)
aCTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGa < 1:3021793/150‑1 (MQ=255)
cTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGaa > 1:1598311/1‑150 (MQ=255)
cGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAAt > 1:2858568/1‑150 (MQ=255)
gTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTg < 1:1979412/150‑1 (MQ=255)
tACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTgg > 2:4550405/1‑150 (MQ=255)
tACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTgg > 2:1290504/1‑150 (MQ=255)
acacCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGt < 2:1683130/150‑1 (MQ=255)
gTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACAtt < 2:1734628/150‑1 (MQ=255)
gTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACAtt < 2:1005658/150‑1 (MQ=255)
cAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTcc < 2:776607/150‑1 (MQ=255)
aaTCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCcg > 1:1343558/1‑150 (MQ=255)
aTCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCcgc < 2:191861/150‑1 (MQ=255)
aTCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCcgc > 1:3612642/1‑150 (MQ=255)
agagTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGa < 2:2831529/150‑1 (MQ=255)
agTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGAtt < 1:2602329/150‑1 (MQ=255)
tAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTcc < 1:101921/150‑1 (MQ=255)
aGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCcg < 1:4664455/150‑1 (MQ=255)
gCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCcgc < 1:1925454/150‑1 (MQ=255)
gggACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCtgt < 2:3415609/150‑1 (MQ=255)
aCAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCt < 2:4999575/150‑1 (MQ=255)
cAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTg < 1:326504/150‑1 (MQ=255)
aaTCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGt < 1:4677790/150‑1 (MQ=255)
aTCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTg > 1:1849065/1‑150 (MQ=255)
aTCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTg < 2:5153787/150‑1 (MQ=255)
aTCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTg < 1:3277339/150‑1 (MQ=255)
aCGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGa < 2:1084600/150‑1 (MQ=255)
cGGTGCCACCCTGCGTGCTATCTGCGTCAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTATCGCTTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGATAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAg < 1:3367636/150‑1 (MQ=255)
gTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGcg < 2:1852386/150‑1 (MQ=255)
tGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGcga > 2:4925446/1‑150 (MQ=255)
gCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGcgac < 1:1525853/150‑1 (MQ=255)
cACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGcgacga < 1:10031/150‑1 (MQ=255)
cACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGcgacga > 2:1404349/1‑150 (MQ=255)
aCCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGAt > 2:2335819/1‑150 (MQ=255)
aCCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATGACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGAt < 2:331193/150‑1 (MQ=255)
ccTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATaa > 2:356677/1‑150 (MQ=255)
cTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATaaa > 1:3747845/1‑150 (MQ=255)
cTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATaaa < 2:4852947/150‑1 (MQ=255)
gCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGt < 2:3618106/150‑1 (MQ=255)
tGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCgg > 1:4218537/1‑150 (MQ=255)
cTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGcc < 2:1787422/150‑1 (MQ=255)
tATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGccc < 1:3172856/150‑1 (MQ=255)
aTCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCg < 1:1167565/150‑1 (MQ=255)
aTCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCg < 2:3339968/150‑1 (MQ=255)
cGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGtt < 2:468329/150‑1 (MQ=255)
gCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGCCATTCCGCGTGATTTCCGCACTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCg < 1:106749/150‑1 (MQ=255)
ccACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCgg < 2:3003937/150‑1 (MQ=255)
ccACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCgg < 2:4270733/150‑1 (MQ=255)
ccACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCgg < 1:966959/150‑1 (MQ=255)
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CGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTT < SRR19973063.4811431/150‑1 (MQ=60)
GGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTC < SRR19973063.2827850/150‑1 (MQ=60)
GGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTC < SRR19973063.1938645/150‑1 (MQ=60)
GGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTC < SRR19973063.1938613/150‑1 (MQ=60)
GGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTC < SRR19973063.3940851/150‑1 (MQ=60)
GCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGCCATTCCGCGTGATTTCCGCACTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCG < SRR19973063.107109/150‑1 (MQ=60)
GCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCACTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCG < SRR19973063.107121/150‑1 (MQ=60)
CCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGG < SRR19973063.969962/150‑1 (MQ=60)
CCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGG < SRR19973063.969874/150‑1 (MQ=60)
AGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCG < SRR19973063.3428450/150‑1 (MQ=60)
AGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCG < SRR19973063.401274/150‑1 (MQ=60)
GTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGA > SRR19973063.4873044/1‑150 (MQ=60)
TNTGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAA > SRR19973063.2723354/1‑150 (MQ=60)
TATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAA < SRR19973063.862626/150‑1 (MQ=60)
ATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAA > SRR19973063.2196619/1‑150 (MQ=60)
ATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAA > SRR19973063.2196572/1‑150 (MQ=60)
ATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAA > SRR19973063.2196328/1‑150 (MQ=60)
GAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATC < SRR19973063.4821291/150‑1 (MQ=60)
GAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATC < SRR19973063.5082297/150‑1 (MQ=60)
CGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGAT > SRR19973063.2422935/1‑150 (MQ=60)
GAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCG > SRR19973063.3764759/1‑150 (MQ=60)
GAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCG > SRR19973063.633568/1‑150 (MQ=60)
AGATCATTTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCG < SRR19973063.67260/150‑1 (MQ=60)
GATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGA < SRR19973063.4976504/150‑1 (MQ=60)
GATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGA < SRR19973063.4972106/150‑1 (MQ=60)
CA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAAT < SRR19973063.1911862/150‑1 (MQ=60)
A‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATC < SRR19973063.2157856/150‑1 (MQ=60)
A‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATC < SRR19973063.4504724/150‑1 (MQ=60)
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A‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATC < SRR19973063.2157690/150‑1 (MQ=60)
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TTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGG > SRR19973063.2099716/1‑150 (MQ=60)
ATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGGTG < SRR19973063.1206259/150‑1 (MQ=60)
TACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGGTGTA > SRR19973063.2156328/1‑150 (MQ=60)
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ACACGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATGACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGGTGTA > CP009273/3017139‑3017434
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |