Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
580,366 |
G→T |
100% |
R242S (CGC→AGC) |
ompT ← |
DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 580,366 | 0 | G | T | 96.4%
| 683.3
/ 13.9
| 222 | R242S (CGC→AGC) | ompT | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/4); new base T (112/102); total (116/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTGT > CP009273/580220‑580511
|
tattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATaa < 2:3964075/149‑1 (MQ=255)
tgtgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTg > 2:2841298/1‑149 (MQ=255)
gtgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGa > 2:315019/1‑149 (MQ=255)
tgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGAt > 2:574355/1‑149 (MQ=255)
tgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGAt > 2:3556278/1‑149 (MQ=255)
gATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGAtt < 1:331672/149‑1 (MQ=255)
gATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGAtt < 2:81637/149‑1 (MQ=255)
cATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCtt > 2:2290434/1‑149 (MQ=255)
cATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAAACTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCtt > 2:112483/1‑149 (MQ=255)
aTAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCttt > 2:779411/1‑149 (MQ=255)
aTAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCttt < 2:544552/149‑1 (MQ=255)
tAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCtttt < 2:2062404/149‑1 (MQ=255)
aaGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTc < 1:1388674/149‑1 (MQ=255)
aGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTcc > 2:1071277/1‑149 (MQ=255)
tGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCg < 2:3707575/149‑1 (MQ=255)
tGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCg < 1:119224/149‑1 (MQ=255)
tGAAGTATTACATTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAAGTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCg < 1:117292/149‑1 (MQ=255)
aaGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCggg > 1:2367816/1‑149 (MQ=255)
aaGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCggg > 1:916085/1‑149 (MQ=255)
aGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGt > 2:2923543/1‑149 (MQ=255)
tACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAg < 1:3243326/149‑1 (MQ=255)
ttttttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGtt < 2:1671405/149‑1 (MQ=255)
tttttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTc < 1:502478/149‑1 (MQ=255)
tttttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTc > 1:200367/1‑149 (MQ=255)
tttttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTc > 2:1042877/1‑149 (MQ=255)
tttttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTc > 2:3240735/1‑149 (MQ=255)
tttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCAt < 1:1305754/149‑1 (MQ=255)
tttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCAt > 1:292137/1‑149 (MQ=255)
aTTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGt > 2:1909048/1‑149 (MQ=255)
ttCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGtt > 1:3088262/1‑149 (MQ=255)
gTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATc < 2:2684959/149‑1 (MQ=255)
tAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCa < 2:2268418/149‑1 (MQ=255)
aCCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAga > 1:4003898/1‑149 (MQ=255)
aCCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAga > 1:2843777/1‑149 (MQ=255)
cGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAgatga < 1:1757446/149‑1 (MQ=255)
gATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAgatgat > 1:1018078/1‑149 (MQ=255)
gATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAgatgat < 1:1413350/149‑1 (MQ=255)
ttCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTc < 1:1716348/149‑1 (MQ=255)
tCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTcn < 1:3187451/149‑2 (MQ=255)
aTGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAcc < 1:86958/149‑1 (MQ=255)
aTGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAcc < 2:2650251/149‑1 (MQ=255)
tGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAccc > 2:1576901/1‑149 (MQ=255)
gcgcCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCa > 1:2171655/1‑149 (MQ=255)
gcagtCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGc < 2:2425759/145‑1 (MQ=255)
gcCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGc > 2:3144271/1‑149 (MQ=255)
aaCATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGt > 2:745551/1‑149 (MQ=255)
aaCATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGt > 2:2808049/1‑149 (MQ=255)
aCATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTa > 2:53901/1‑149 (MQ=255)
cATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTAt > 1:1866409/1‑149 (MQ=255)
cATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTAt > 1:3904108/1‑149 (MQ=255)
cATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTAt < 2:553578/149‑1 (MQ=255)
tAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTAttt < 1:2464888/149‑1 (MQ=255)
tAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTAttt < 1:2813036/149‑1 (MQ=255)
aCTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTaaa < 2:211610/149‑1 (MQ=255)
cTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAAt > 1:2515784/1‑149 (MQ=255)
gCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCAGAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGcc < 2:1475951/149‑1 (MQ=255)
ggTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAg < 1:2229271/149‑1 (MQ=255)
gtgtGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGt < 2:2507286/149‑1 (MQ=255)
gACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCaa > 1:1307719/1‑149 (MQ=255)
aCGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCaaa > 2:1252228/1‑149 (MQ=255)
cGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCaaaa < 1:492534/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCa < 1:3016926/149‑1 (MQ=255)
cATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGa < 2:2359214/149‑1 (MQ=255)
cATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGa < 1:153734/149‑1 (MQ=255)
aTTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGAt > 1:3606406/1‑149 (MQ=255)
ttGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATa < 1:1045856/149‑1 (MQ=255)
tGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATaa > 2:508967/1‑149 (MQ=255)
aCTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACt < 1:2862699/149‑1 (MQ=255)
tGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTc > 2:3277886/1‑149 (MQ=255)
tGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTc > 1:3740819/1‑149 (MQ=255)
cAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCa < 2:2920699/149‑1 (MQ=255)
cAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCa < 2:1399191/149‑1 (MQ=255)
cAACAGAATAGTAATGTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCa < 2:2654857/149‑1 (MQ=255)
aaCAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAg > 2:1546216/1‑149 (MQ=255)
aaCAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATATTCATAAAGATAACTTCCAg > 1:3015662/1‑149 (MQ=255)
aCAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATATTAATAACGATAACTTACAGt > 1:1133765/1‑149 (MQ=255)
aCAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGGTCAAAATCTTCATAAAGATAACTTACAGt > 1:3789086/1‑149 (MQ=255)
aCAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCGGGATTTAAATGTGCCACCGAGTTAAAAATATTAATAACGATAACTAcccgg > 1:3788830/1‑146 (MQ=255)
aCAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTGTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGt < 1:957950/149‑1 (MQ=255)
cAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTc > 2:2943504/1‑149 (MQ=255)
gAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCaa > 1:1053193/1‑149 (MQ=255)
aaTAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAg > 2:2215409/1‑149 (MQ=255)
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tAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGcc > 2:1048035/1‑149 (MQ=255)
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GGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGT < SRR19973068.2243822/150‑1 (MQ=60)
TGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATTTTCCACCGAGTTC > SRR19973068.1556619/1‑150 (MQ=60)
TGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTC > SRR19973068.1742232/1‑150 (MQ=60)
GTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCA < SRR19973068.605483/150‑1 (MQ=60)
TGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAA > SRR19973068.1316278/1‑150 (MQ=60)
GACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTTTTTAAATTTGCCACCGAGTTCAAA > SRR19973068.3122278/1‑150 (MQ=60)
CGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAAT < SRR19973068.495982/150‑1 (MQ=60)
CGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAAT < SRR19973068.496123/150‑1 (MQ=60)
ATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTC < SRR19973068.1406244/150‑1 (MQ=60)
AACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCAT < SRR19973068.3035522/150‑1 (MQ=60)
AACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCAT < SRR19973068.3035508/150‑1 (MQ=60)
AACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCAT < SRR19973068.3035495/150‑1 (MQ=60)
AACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCAT < SRR19973068.404808/150‑1 (MQ=60)
TGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACG > SRR19973068.1309903/1‑150 (MQ=60)
CATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGAT < SRR19973068.155036/150‑1 (MQ=60)
CATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGAT < SRR19973068.2244625/150‑1 (MQ=60)
CATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGAT > SRR19973068.3628303/1‑150 (MQ=60)
TTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAA < SRR19973068.1052598/150‑1 (MQ=60)
ACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTT < SRR19973068.2880533/150‑1 (MQ=60)
CTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTC > SRR19973068.3763277/1‑150 (MQ=60)
CTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCAAAACGAAAACTTC > SRR19973068.3763232/1‑150 (MQ=60)
CAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATATTCATAAAGATAACTTCCAG > SRR19973068.3034241/1‑150 (MQ=60)
AACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATTTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGT > SRR19973068.1147133/1‑150 (MQ=60)
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AACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGGTCAAAATCTTCATAAAGATAACTTACAGT > SRR19973068.3811749/1‑150 (MQ=60)
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ACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTGTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTC < SRR19973068.964336/150‑1 (MQ=60)
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AGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATATTCATAACGATAACTTCCAGTCAA > SRR19973068.1059919/1‑150 (MQ=60)
TTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAG < SRR19973068.1006157/150‑1 (MQ=60)
TTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGG < SRR19973068.3163573/150‑1 (MQ=60)
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TGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACATCCAGTCAAGCCAATGTAGGGC > SRR19973068.3210056/1‑150 (MQ=60)
GACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAA < SRR19973068.1918288/150‑1 (MQ=60)
ACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATGTTAAAA < SRR19973068.1434212/150‑1 (MQ=60)
CCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATTTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAAC > SRR19973068.4121083/1‑150 (MQ=60)
TTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGT > SRR19973068.2201677/1‑150 (MQ=60)
TACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTT < SRR19973068.2871702/150‑1 (MQ=60)
TACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTT < SRR19973068.928679/150‑1 (MQ=60)
TACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTT < SRR19973068.1859448/150‑1 (MQ=60)
ACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTG > SRR19973068.2729555/1‑150 (MQ=60)
ACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTG < SRR19973068.113564/150‑1 (MQ=60)
ACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTG < SRR19973068.2305269/150‑1 (MQ=60)
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GTTATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTG > CP009273/580217‑580510
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
