Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,232,997 |
T→A |
50.3% |
intergenic (+93/‑306) |
alx → / → sstT |
putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,232,997 | 0 | T | A | 50.3%
| ‑6.6
/ 266.3
| 169 | intergenic (+93/‑306) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/18); new base A (43/42); total (109/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAG > CP009273/3232849‑3233145
|
cttttATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTATGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt < 2:1514913/147‑1 (MQ=255)
ttattaTCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTCAttttt > 1:3138970/1‑149 (MQ=255)
tattatCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTc > 1:2905564/1‑149 (MQ=255)
cAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCg > 2:221041/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGa > 1:2037850/1‑149 (MQ=255)
aCGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGAt > 2:170506/1‑149 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTgg > 1:2702090/1‑149 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTgg > 1:2702110/1‑149 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 1:2752558/1‑149 (MQ=255)
ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGcc > 2:2653465/1‑149 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCt > 1:2491800/1‑149 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 1:1770866/1‑149 (MQ=255)
aaTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 1:3464641/1‑149 (MQ=255)
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCGGGCCTGTTc > 1:104328/1‑149 (MQ=255)
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTc > 2:51521/1‑149 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCCGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑ATTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGAGGCTGGCCTGttac > 2:4036114/1‑147 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTCATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc > 2:2597342/1‑149 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTgcc > 1:1892747/1‑149 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc > 1:1892756/1‑149 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc > 2:18443/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:1184931/1‑149 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAc > 1:2185346/1‑149 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTGCCCCCACCCAAAaccacaa > 1:716112/1‑145 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc > 2:4045310/1‑149 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc > 2:1773493/1‑149 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCAAACCCtctc > 1:115172/1‑149 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTAACCCtctc > 2:1435778/1‑149 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc > 2:2271452/1‑149 (MQ=255)
gggggTGCATATTTTTTACCCGGCCTACGCGGTGTACCCTTTCA‑TTAACTTGCGCACGT‑TTTCCCCCCCCCCCCTCCCGGGGTGTGGGTGGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTcc < 1:1828721/148‑1 (MQ=16)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTccc > 2:2220111/1‑149 (MQ=255)
ggtgttaTAATTTTTAATCTCCCTAAGCGGTGTCCCTTGACA‑TAAACATGAGCACGT‑TTTTCGCCCTCTCCGTCCCCGGGAGTGGGTGGGGTTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTcccc < 2:2348764/143‑1 (MQ=21)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAGGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCaa > 2:3115580/1‑149 (MQ=255)
ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGGTCCCCTCACCCTAACCCGCTCCCCAAAc > 1:171841/1‑149 (MQ=255)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACgg > 2:3351145/1‑149 (MQ=255)
tttttttaAATGGGCCTACGCGTTTTACCTTGTCT‑TTAACTTGAGCACGT‑TTTTGCCCCTCGCCGTCCCGGGGTTTGGGGGGGGGTGTGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACggg < 2:934859/146‑1 (MQ=12)
tattttttAAGGTGCCTACGCGGTGT‑CCCGTTCATTTAACATGAG‑ACCGTTTTTCCCCCTGGCCCGTCCTGGGTGTGGTTGGGGGTGTGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACggg < 1:2292460/146‑1 (MQ=12)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCGGTGTACCCTTTAA‑TTAACATGAGCACGT‑TTTTCTCCCTCTCCGTTCCCGGTAGTGGGTCGGGGTGTGGTTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACggg < 1:2292467/149‑1 (MQ=25)
ttttttAATCTGCCTAAGCGGTGTCCCCTGACA‑TTAAAAGGAGCACGT‑TTTTCCCCCTCTCCCTTCCCGGGTGTGGGTCGGGGTGCGGGAAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGc < 1:2241949/148‑1 (MQ=21)
ttttttAATCTGCCTAAGCCTTGTACCCTGAAA‑TTAACTTGACCACCT‑TTTCATCCCTCTCCCTACCCGGTTGTGGGTGGGGGTGTGGTTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGc < 1:2239838/148‑1 (MQ=21)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCCCCCTAACCCACTCCCCAAAAGGGGc > 1:828101/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTAACACTCTCCCCAAACGGGGc > 1:843839/1‑149 (MQ=255)
ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCAAACCCACACACCAAACCGGGCGa > 1:2400313/1‑149 (MQ=255)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAg > 2:1109333/1‑149 (MQ=255)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAg > 2:1109026/1‑149 (MQ=255)
tAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCTCCCTAACCCTCTCCCCCAACGGGGCGAggg > 2:3664238/1‑149 (MQ=255)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAgggg > 2:760534/1‑149 (MQ=255)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAgggg > 1:86410/1‑149 (MQ=255)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCAAACCCTCTCCCCCAACGGGGCGCgggg > 1:783149/1‑149 (MQ=255)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTACCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGa > 1:2305294/1‑149 (MQ=255)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGAc < 2:2744343/149‑1 (MQ=255)
tCTGCCGAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGAc < 2:2925761/149‑1 (MQ=255)
tCTGCCAAAGCCGTTTACCCTGTAA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCCCCCCCTTCCTGGGAGTGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGAc < 1:524551/149‑1 (MQ=25)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGCGGGGACTg > 2:1233500/1‑149 (MQ=255)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAc > 1:3367815/1‑149 (MQ=255)
tAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCg < 2:1385670/149‑1 (MQ=255)
aGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAg > 2:236278/1‑149 (MQ=255)
aGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGGGGGGCCTGACCGAg > 1:1577175/1‑149 (MQ=255)
gtACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCGCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCttt < 2:2239586/149‑1 (MQ=255)
ccTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGCGTCCTTTTTTg > 1:3171630/1‑149 (MQ=255)
cTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGa > 2:1328112/1‑149 (MQ=255)
tGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAt > 2:3041923/1‑149 (MQ=255)
tCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgt > 2:615519/1‑149 (MQ=255)
ctttAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTACCCCTTCCCGGTTGAGGGTCGGGGTTAGTGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGTACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgtt < 1:3731965/147‑1 (MQ=25)
a‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTTttgttg > 1:601567/1‑149 (MQ=255)
a‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCGAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCGTTTTTGAtgttg > 1:601009/1‑149 (MQ=255)
ttAACTGGAGCACCG‑TTTCCCCCCTCTCCCTTCCCGGGTGTGGGTGGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgttgt < 2:2702090/149‑1 (MQ=25)
tAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTGCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtc > 2:2366274/1‑149 (MQ=255)
cATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcatc > 2:3526066/1‑149 (MQ=255)
aTGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGCCTGACCGAGTCCTTTTTTGTTGTTTtcataa > 2:3103788/1‑147 (MQ=255)
tGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAg > 2:3886897/1‑149 (MQ=255)
gAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGt < 2:3326356/149‑1 (MQ=255)
aCCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg > 2:287197/1‑149 (MQ=255)
aCCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg > 2:1636667/1‑149 (MQ=255)
aCCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg > 2:3564824/1‑149 (MQ=255)
ccG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGa > 2:3324495/1‑149 (MQ=255)
g‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAg > 1:4044112/1‑149 (MQ=255)
tctccctctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAcgccgc > 2:3814710/1‑149 (MQ=255)
ctccctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCa > 2:997858/1‑149 (MQ=255)
ctccctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACGGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCa > 2:2855929/1‑149 (MQ=255)
ctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGtt < 2:2491800/149‑1 (MQ=255)
ccctGCCGGGGTGGGGGTGGGGGTGCGGGAAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCt < 1:3458210/149‑1 (MQ=37)
cctTCCCGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 2:663302/149‑1 (MQ=255)
cctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 2:684642/149‑1 (MQ=255)
ctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCttt > 2:3629922/1‑149 (MQ=255)
ctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCGAAACCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTTGAAGCCCCACGTTTGCttt > 1:689200/1‑149 (MQ=255)
gggAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATTTTGTCATCAGTCTTGAAGCCGCACGTTGGGGTTAttttt > 1:3033670/1‑149 (MQ=37)
gtgggggTGGGGGTGTGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTAt < 1:2506552/145‑1 (MQ=255)
agGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGta > 2:1587261/1‑148 (MQ=255)
agGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTGCTTTTTTGATGTTGTGATCAGTGTGGTAGCCGCCCGGTGGCTTTATTTTTTTGTc > 1:3620908/1‑149 (MQ=25)
gggTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAACCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGTTGTTGTAATCAGTATGGAAGCCCCACGTTGGCTTTATTTTTTTTTCa > 1:3896144/1‑149 (MQ=37)
gggggTGTGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACGGTGTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGa < 1:2502337/148‑1 (MQ=38)
ggTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCCTCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAAt > 2:3792532/1‑149 (MQ=255)
gTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCCTCAGTCGGGAAGCCGCACGTTGGGTTTATTTTTATGTCAAAGAAATg > 2:1898622/1‑149 (MQ=255)
tGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGCCTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGGCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGt > 2:2067735/1‑149 (MQ=255)
tGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGt < 1:2653465/149‑1 (MQ=255)
tAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAt < 1:170579/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAtt < 2:2397503/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAtt < 2:1073538/149‑1 (MQ=255)
tttttCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTATGGAAGCCGCACGTTTGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTaa > 2:1094769/1‑149 (MQ=255)
ttttCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAg < 1:3578670/149‑1 (MQ=255)
|
CGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAG > CP009273/3232849‑3233145
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
