Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
429,830 |
T→G |
17.7% |
V109G (GTG→GGG) |
secF → |
SecYEG protein translocase auxillary subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 429,830 | 0 | T | G | 17.7%
| 189.7
/ 5.6
| 94 | V109G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/52); new base G (19/2); total (40/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTT > NC_000913/429601‑430066
|
tttttaagcctttctATCTTTATTATGGGCGTGCTCGGCTTTAACTGGGGGATGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAg < 2:353782/226‑1 (MQ=255)
ctgTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCG‑AAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGCCATCATGGTCCGTATGCCGCCTCTTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAg > 1:269995/1‑238 (MQ=255)
tAATCGCTGCTACCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCa < 1:128590/238‑1 (MQ=255)
aaTCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTATCTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCggg > 1:775225/1‑239 (MQ=255)
tgctATCGGTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGa < 1:625522/239‑1 (MQ=255)
gctATCGTTATTATGGGCGTGGGGGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGaa < 1:849795/239‑1 (MQ=255)
gTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCGGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCCGGTGTTGGGAAGCCCGGCTCTCAAgtgggt > 1:110917/1‑234 (MQ=255)
tttgtaggggCTTGCGGGGGTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACTGTTATTGAAATTACGCCAGAAAACCCGGGTGAAATTGACGTAATGCGGGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGAtt < 2:458044/232‑1 (MQ=255)
ggCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTTTGAAAGTGGTTAACGGAt > 1:149439/1‑238 (MQ=255)
gtgtGCGGTTTTTATTGGGGGGTGGATTTGCCCGTGGGTACGGTTATTGAAATTACGGCCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGAAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATcca < 2:851017/238‑1 (MQ=255)
gggccgcgCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTCCGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATcca < 2:547768/231‑1 (MQ=255)
tGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGGCAGGGGTTGGGCAGCCAGGGTCTGAAGGGGGTTAACGAATccaca > 1:901217/1‑238 (MQ=255)
cgcgGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCCTGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGGCCGGGGCTTGGCAGCCAGGGTCTGAACGGGATTAAAGAATCCCCCaa > 1:74632/1‑239 (MQ=255)
cgcgGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGAGGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGAGGCTGCAAAACTTTGGAAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTAGGCCGCCTCCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCGGGCGTTGGGGACCCCGGTTTTGAAGGGTGTTAACGAATccacca > 2:781598/1‑238 (MQ=255)
gcgGTTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGGACGGTTATTGAAATTACGCTCAAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAAt < 1:334219/239‑1 (MQ=255)
cgGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGGACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAAt < 1:735049/238‑1 (MQ=255)
tttAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGaa < 1:91769/239‑1 (MQ=255)
ttaacgtgggggtgATTTCAACGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATg < 1:721668/226‑1 (MQ=255)
tAAGTGGGGGCTGGATTTCACCGGTTGTACGGTTATTGAAATTACGCCCAAAAAACCGGGTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATg < 1:750832/239‑1 (MQ=255)
gggggCTTGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATgcag < 1:888062/237‑1 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAATGCGAAACCGGCGGCCAGGGGTTGGGCACCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAGAAtcacgcagt > 1:460239/1‑231 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGGTGGGCAGCCAGGTTCTGCAGGGGATTAACGAATCCACCCATCCGAATGcggcagg > 1:714107/1‑238 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTTGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGGTTAAAGAATCCACCCATCAGAATGCAGCAGt > 1:799774/1‑239 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGGTTCACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCCGt > 1:884316/1‑239 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGTGTTGGGCAGCCGGGTTCTGGAGGTGCTTAACGACTCCCCCAATCAGAATGCAGGAGt > 1:206374/1‑239 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGGTTTTGGCCACCAGGTGCTGAAGGGGATTAACGCATCCACCaagccaaatgaaaaagg > 2:225069/1‑224 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGGGGTGGGGCGCCCGGTTTTGAAGGGGATTAACGaaaaccccaacaaaaaggcagaggg > 2:103613/1‑216 (MQ=255)
ggCTGGATTGCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGt < 1:125630/238‑1 (MQ=255)
tGGATTTCACCGGGGGTACGGTTAGTGAAATTACGCTAGAAAAACCGGATGAAAGTGACGTAAGGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGaa < 1:798044/238‑1 (MQ=255)
tccccgggttgatggTTTTTGAAATTTCCCCCGAAAAACCGGGTGAAATGTAGGTAAGGGGGTAAGCATTGGAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTTGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTAtt < 2:437094/226‑1 (MQ=255)
cACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAACCCGGCGGTTAGGGGTTGGGCCACCCGGTTTCGACAGGGGTTAACCGATACACCCACCAGAATgagacaaggaccagctttg > 2:635986/1‑221 (MQ=255)
tggtACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGGATTGAGTtcg > 1:17398/1‑239 (MQ=255)
gtACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTtcgtc > 1:642054/1‑239 (MQ=255)
tATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg < 1:882603/238‑1 (MQ=255)
tATTGAAATTACCCTCGAAAACCCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg < 1:656849/238‑1 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCCGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCCATCAGAATGCAGCAGTGAACCGGATTGAGTTCGTCGGTCCGAg > 1:231481/1‑239 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGaa > 1:232910/1‑215 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGGCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGATTTACGAATCCACCAATCAGAAAGAAGCATGGAAGGGAATTGGGTTCGTCGGGCCGAg > 1:557407/1‑239 (MQ=255)
aTTGAAATTACGCGCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGaa < 2:232910/215‑1 (MQ=255)
ttaaaTTCCGCCGGAAAAACCTGGTGAAATTGAGGGAAAGGGTGAGTCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAGGAGCCGATTCTGCAAAACTTTGGTAGGAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTGCGTCGGTCCGAGCg < 2:743847/237‑1 (MQ=255)
ttaaaTTACGCTCGAAAACCCGGCTGAAATTGTCGTAATGCGTGATGAATGGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGACGATGCTGAAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCTTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTACGAGCg < 2:592307/237‑1 (MQ=255)
tgaaatttcctctgAAAAACCGGCTGAAATTGAAGTAAGGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTTTGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCg < 2:319508/226‑1 (MQ=255)
aTTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGAGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGCATTTAGGTCGTCGGTCCGAGCGTggg > 1:170471/1‑239 (MQ=255)
tACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGGATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCgggggg > 1:504496/1‑238 (MQ=255)
tACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGGCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGAATTAACGAATCCCCCAATAAGAATGCAGCAGGGAAGGGTATTGAGTTCTTCGGGCCCGGCGgggggg > 2:874823/1‑239 (MQ=255)
tACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGCATCCACCAATCAGAATGCAACAGTGAAGCGTATTGAGATCGTCGGGCCGAGCGCggggg > 1:592307/1‑239 (MQ=255)
cTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGGGGGGGCAg > 1:59542/1‑238 (MQ=255)
acccGGCTGAATTTGACGTAAGGCGTTACGTTTTGAAAAAAGCCGGTTTTGAAGTGCCGATGCTGAAAAACTGTGGTAGCAGCCATGACATCTTGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTgcg < 2:884316/237‑1 (MQ=255)
tGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGGGAAACCGGCGGCAAGGTGTTGGGCCGCCCGGGTTTTAAGGGGTTTACAGCATCCCCCCATCAACATGACCCCGTGAGGCGGTTGTTGTTGCTCGGTCCGAGCGTGCGGGCTGAC‑CTGGCCCAAACCAGGGCgtggtggtgtgggg > 2:621833/1‑226 (MQ=255)
ggtGCTTTGAAAAAAGCCGGTTTTGAAGGGCGGATGCTGCAAACTTTTGGTAGCAGCCATGACATCAGGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATgg < 2:642054/236‑1 (MQ=255)
aTGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGGTTAACGAAATCACCAATCAGAATGCGGCAGGGAAGCGTATTGAGTTCGGCGGTCCGGGCGGGGGGGCAGAC‑CTTTGGCAAACCGGGGGGATgggggtgtgggcg > 2:303759/1‑228 (MQ=255)
aTGCACTGCAAAAAGCCGTTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTGGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCa < 1:90043/239‑1 (MQ=255)
gtgtttGAAAAAAGCGGTTTTTGAAGACGCGATGCGGCAAAAGTTGGGTAGGAGCCATGACATCATGGTCCGTAGGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAg < 2:775225/235‑1 (MQ=255)
aTTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGGGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGGGCGATGGCGTTGATGGcgggcc > 1:315430/1‑234 (MQ=255)
aTTGCAAAAACCCGGTTTTGAAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCCGCCATGACAGCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAgcgc < 2:504496/239‑1 (MQ=255)
ttcAAACAGCTGGTTTTGAAGTGCTGTTGCTGCAAAACTTTGGTAGCGTCCATGACATTGTGGTCCGTATGCCGGCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCgctg < 2:48647/237‑1 (MQ=255)
ttcAAAATGCTGTTTTTGGAGGGCCGGTTCTGCAAAGCTTTGGTGGCAGCCAGGATATCATGGGCCGTATGCTGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGAAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAAGGCAGCAGTGAGGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCgctg < 2:97314/237‑1 (MQ=255)
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ggTGTTGGGCAGGCAGTTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTAttt < 2:231481/239‑1 (MQ=255)
|
CTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGAC‑CTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTT > NC_000913/429601‑430066
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
