Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
429,830 |
T→G |
19.0% |
V109G (GTG→GGG) |
secF → |
SecYEG protein translocase auxillary subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 429,830 | 0 | T | G | 19.0%
| 244.6
/ 9.9
| 123 | V109G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/66); new base G (22/7); total (50/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCG‑CAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTT > NC_000913/429601‑430066
|
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tgTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGGGAAACCGTCGGCATGGGGTGGGGCAg > 2:1049081/1‑238 (MQ=255)
tttaTCGCTTTTTTCGTTATTATGGGC‑TTGGGGGGTTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACGGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGAAAAACGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCa < 1:1313667/236‑1 (MQ=255)
aaTCGCTGCTATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGGATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGCAGCCAgg > 2:219774/1‑239 (MQ=255)
ctcgttcgtagcttttttggggg‑GTGCGTGGCTTTAACTGGGGGGTGGATTGCCCTGGTGGTACGTTTATTAAAATTACCCCCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGCCGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCTGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGtt < 1:1079506/220‑1 (MQ=255)
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ttctATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGa < 2:264498/237‑1 (MQ=255)
tgctATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGCAATCATGGTCCGAATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCAAGGGGTTGGGCACCCAGGGTCTGa > 2:752079/1‑239 (MQ=255)
ggtATCGTTATTGTGGGCGGTGCG‑GGTTTTAACTGGGGGCTTGATTTCCCCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGaa < 2:1317363/237‑1 (MQ=255)
ctATCGTTCTTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGGTTGGGAGGCCAGGGTCTGAAg > 2:423754/1‑239 (MQ=255)
ctATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCCTGGCCCGTATGCCGCCGGCGGAAGGGGAAACCGGGGGACAGGGGTTggggcacacggggttgaaa > 1:13968/1‑223 (MQ=255)
ctATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGTGTGGGCAGCCAGGGTCTGAAg > 2:578585/1‑239 (MQ=255)
ctATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGGCAGGGGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAg > 2:725265/1‑239 (MQ=255)
ctATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCCGAAGGCGAAACCGCCGGTCAGGGATTGGGCGGCCCGGTCCTGAAg > 2:1063364/1‑239 (MQ=255)
tatGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTTGGAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGGGTTGGGCAGCCCgggttttaacggggttaac > 1:1170437/1‑221 (MQ=255)
gggC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGCTGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGGTAAAACGGCGGTCACGGGGTGGGGGGCCCGGGTGCGAAGGGGATTAACaaa > 1:698011/1‑238 (MQ=255)
gggC‑GTGCGCGGCTTTAACGGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAGCC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAAt < 2:803036/239‑1 (MQ=255)
gTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGTCATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGCGTTGGGCGGCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATcca > 2:1276677/1‑238 (MQ=255)
gcgcGGGTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGGACGGTTAATGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATccacc < 2:383878/238‑1 (MQ=255)
gcgcGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGCCAGGGGTTGGGCAGCCCGGTTCTGAAGGTGATTAACGAAAccccca > 2:732504/1‑239 (MQ=255)
gttttttagtGGGGGGTGTTTTTCACGGGTGTGACGGTTGTTGAATTTAGGCGCGAAAACCG‑GGCGTAAAGTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAGGCCGGTTTTG‑AAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCGTGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCa < 1:1114258/230‑1 (MQ=255)
ggttttAACGGGGGGCTGCATTTCACCTGTGGTACGGTTATTGAAATTCCGCCCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGCCGAAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCa < 2:1111756/236‑1 (MQ=255)
tttaccgggtggtgtgtttgtcccGGTGGTCTGGTTTTTTAAATTCCGGTAAAAAGACC‑TGCTGAAATGTACGGAATGCGTG‑TTTCAGTGCAAAAATCCGGCTTTG‑AAGGTCCGATGCCGCAAAATTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGaa < 1:653846/217‑1 (MQ=255)
ttAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGaa < 2:1240085/238‑1 (MQ=255)
tAACTGGGGGCTGGATTTCCCCGGTGGGTCGGTTATTGAAATTACGCTCAAAAACCC‑GGCTGAAATTGACGTAATGGGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATg < 1:743859/239‑1 (MQ=255)
tAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATg < 2:174945/239‑1 (MQ=255)
gggggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACACCATGGCCCGAATGCCGCCTGCTGAAGGGGAAACCGGCGGTCAGGGGGTGGGCGGGCCGGTTCTGAAGGTGGTTAAAGAAAcccacaacacaaaacagcaa > 1:1194171/1‑221 (MQ=255)
gggCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCCAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGGGGTCCAGCTTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGAGCTTAACGGACCCACCCATCAGAATGCACCAGt > 2:1238209/1‑239 (MQ=255)
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tgttggttttacctggtggtTAGTTTATTGAAATTCCGCCCGAAAACCC‑GGCTTAAATTAACTTAAGGCGGG‑ATGCATTGCAAAACGCCGGTTTTC‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGt < 1:1079115/224‑1 (MQ=255)
ggCTTGATTTCACAGGTGGTGCGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGCCGTAAGGCGTT‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGt < 1:155323/238‑1 (MQ=255)
gtGGATTTCCCGTGTGGTTGTGTTTTTAAAATTTCGTCTGAAAAACC‑GGGTGAAATTGCGCGAATGGGTG‑ATTCATGGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCCGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGa < 1:677038/237‑1 (MQ=255)
gggATTTCCCCGGTGGTATGGTTATTTAAATTACGCTGGAAAAACC‑GGCTGAAAGTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGaa < 1:871245/237‑1 (MQ=255)
tgtgtgttttgtaaaaTTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATGGACGTAA‑GGGTGTAGGCATGGAAAAAGCCCGGTTTGG‑AAGGGCGGTGGCTGCAAAACGTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGGCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGGCAGGTGTTGGGCAGCTAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTtcg < 1:1238209/225‑1 (MQ=255)
ggtAAGGTTTATTAAATTACGCAAGAAAAACC‑GGCGAAAATTGACGAAAGCGGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGGGCCAATGCTGCAAAACTTTGGTAGCTGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTtcgt < 1:301724/239‑1 (MQ=255)
gttttttGAAAGTACGCCCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGAGGTAATGCGTG‑ATGCTTGGAAAAAGGCCGGTTTTG‑AAGGGCCTGTGCTGCAAAACTTGGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑c < 1:1076236/234‑1 (MQ=255)
gaaaagggacagaCGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑c < 2:227779/226‑1 (MQ=255)
tttttGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAAGTTAAGTTATGAGGT‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTGT‑AAGGGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCAGGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTTTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑TCg < 1:1294711/236‑1 (MQ=255)
tttggAAATGACGTGCAAAAAACC‑GGTGGAAATGTCGGTAATGGGAG‑GTGCATGGAAAAAGGCGGGTTTTG‑AAGAGTCGAGGCTGCAAAACTTTGGTGGGAGCAATGTCATGATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCg < 1:531140/234‑1 (MQ=255)
tATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAAAATGCAGCAGGGAAGCGGATTGAGTTCGTTGGT‑CCGa > 2:619673/1‑239 (MQ=255)
tGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGGCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCg < 2:1238729/239‑1 (MQ=255)
tGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCg < 2:816333/239‑1 (MQ=255)
aTTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTTGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCCGGGAAGAGTATTGAGGTCGGCGGT‑CCGAGCGgggg > 1:287798/1‑239 (MQ=255)
aCGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGc < 2:446039/239‑1 (MQ=255)
aCGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAAGGCGTG‑ACGCATTGCAAAAGGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGc < 2:936570/239‑1 (MQ=255)
gatctgAAAAACCTGGGTGAAGTTGACGTTATGGGTG‑GTGGATTGCAAAACAGGAGTTTGG‑GGGGGGCGAGGCTGCAAAACGTGGGTAGGAGCGATGGCATCATGGTCCGTATGCCGCATGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTTTTGGGCAGCCAGGTTATGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGTGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGc < 1:131511/234‑1 (MQ=255)
tCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGAc < 2:113311/239‑1 (MQ=255)
acGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACTTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATTCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGACAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGAc < 2:657640/238‑1 (MQ=255)
aCC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGGTGTGGGCAGCCCGGTTCTGAAGGGGGTTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGGGAAGGGGATGGGGTTCGTCGGTCCCGACCGggggggggtcctttaaa > 1:227779/1‑228 (MQ=255)
taaatttgcttAAGGCGTG‑GTGAATTGAAAAAAGTGGGTTTTG‑CAGGGCCGATGCGGCAAAACTTTGGTAGCAGCCGTGACATCATGGTCCGGATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAAGGCAGCAGTGAAGCGTATTGGGTGCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGACCTTgcg‑cgcaccag < 1:905578/229‑8 (MQ=255)
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catcagGGTCCGTATGCCGCCTGCGGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTGCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCG‑CAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAggg < 2:331338/238‑1 (MQ=255)
atGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCG‑CAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGGGTCCGTAGGTTTCCGCTTTGAGGGGCGACCGGCGGCCGggggggg > 2:790284/1‑238 (MQ=255)
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tgaGGCGAAACCGGCGGTCAGGTTTCGGGCAGCCAGGTTCGTAAGGTGTTTAACGAATCCGCCAAGCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGGCCTTGCG‑CAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGt < 1:332974/237‑1 (MQ=255)
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|
CTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGC‑GTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCACCGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACC‑GGCTGAAATTGACGTAATGCGTG‑ATGCATTGCAAAAAGCCGGTTTTG‑AAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCAGGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGT‑CCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCG‑CAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTCGTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTT > NC_000913/429601‑430066
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
