Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I2 R1
|
777 |
59.2 |
2955938 |
92.5% |
2734242 |
106.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,905,532 |
T→C |
intergenic (‑114/‑25) |
queE ← / → yqcG |
7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis/membrane stress resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,905,532 | 0 | T | C | 100.0%
| 194.6
/ NA
| 56 | intergenic (‑114/‑25) | queE/yqcG | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis/membrane stress resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (26/30); total (26/30) |
CTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAAT > NC_000913/2905398‑2905653
|
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 2:1325870/1‑139 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 1:743800/1‑139 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 2:735220/1‑139 (MQ=255)
tCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg < 1:958511/139‑1 (MQ=255)
ggTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTcaa > 1:440733/1‑126 (MQ=255)
gTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 2:1193254/139‑1 (MQ=255)
gTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 2:1209274/139‑1 (MQ=255)
tACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaaa > 2:107890/1‑132 (MQ=255)
tACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaaa < 1:107890/132‑1 (MQ=255)
aCTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 2:743800/139‑1 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt > 2:692093/1‑125 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 1:692093/125‑1 (MQ=255)
ctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCagaa > 2:406103/1‑139 (MQ=255)
tgtgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGa < 1:1432554/119‑1 (MQ=255)
tgtgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGa > 2:1432554/1‑119 (MQ=255)
ggATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg < 1:754509/109‑1 (MQ=255)
ggATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg > 2:754509/1‑109 (MQ=255)
ggATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATaaa < 1:144238/139‑1 (MQ=255)
aaTTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaa < 2:1102974/139‑1 (MQ=255)
tGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg < 1:483045/93‑1 (MQ=255)
tGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg > 2:483045/1‑93 (MQ=255)
cAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaaa < 1:465480/88‑1 (MQ=255)
cAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaaa > 2:465480/1‑88 (MQ=255)
aTCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCa < 1:735220/139‑1 (MQ=255)
acaaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAAtt < 2:460363/71‑1 (MQ=255)
acaaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAAtt > 1:460363/1‑71 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACGGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAAGTAAAGGGAGTAACGTATTATGt > 2:912293/1‑91 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGt < 1:912293/91‑1 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaa < 2:382538/109‑1 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaa > 1:382538/1‑109 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCa > 1:631856/1‑139 (MQ=255)
tCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGCTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGTGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCaaaa > 1:622953/1‑139 (MQ=255)
aTGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCagaa > 2:307301/1‑91 (MQ=255)
aTGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCagaa < 1:307301/91‑1 (MQ=255)
attaATATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCAc < 1:1067654/125‑1 (MQ=255)
attaACATTCTGTTACACGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCAc > 2:1067654/1‑125 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTAtttttt < 2:1232553/139‑1 (MQ=255)
ttCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTc < 1:1325870/139‑1 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa > 2:1409705/1‑61 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 1:1409705/61‑1 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTa > 1:1251118/1‑60 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTa < 2:1251118/60‑1 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGa > 2:222247/1‑94 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGa < 1:222247/94‑1 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGa > 2:686132/1‑55 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGa < 1:686132/55‑1 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTa > 1:436466/1‑57 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTa < 2:436466/57‑1 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCAc > 1:920234/1‑114 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAGCATGTCAAAACATTCAc < 2:920234/114‑1 (MQ=255)
tACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTAtt < 2:631856/139‑1 (MQ=255)
caggcaggTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAGATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCCAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAg > 2:892972/1‑139 (MQ=255)
gTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaaa > 2:1003545/1‑76 (MQ=255)
gTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaaa < 1:1003545/76‑1 (MQ=255)
gTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATtata > 1:152415/1‑113 (MQ=255)
gTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATtata < 2:152415/113‑1 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATtata < 1:675562/103‑1 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATtata > 2:675562/1‑103 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGaa > 2:232810/1‑139 (MQ=255)
aaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAat > 1:325009/1‑139 (MQ=255)
|
CTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAG‑AAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAAT > NC_000913/2905398‑2905653
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
