Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
773 |
79.9 |
4112934 |
92.2% |
3792125 |
104.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,905,532 |
T→C |
intergenic (‑114/‑25) |
queE ← / → yqcG |
7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis/membrane stress resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,905,532 | 0 | T | C | 100.0%
| 222.5
/ NA
| 63 | intergenic (‑114/‑25) | queE/yqcG | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis/membrane stress resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (31/32); total (31/32) |
CTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATA > NC_000913/2905398‑2905654
|
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 1:206220/1‑139 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 1:963757/1‑139 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa < 2:940072/137‑1 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa > 1:940072/1‑137 (MQ=255)
cATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 1:2008723/133‑1 (MQ=255)
cATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt > 2:2008723/1‑133 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 2:1797811/125‑1 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt > 1:1797811/1‑125 (MQ=255)
tctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg > 2:336038/1‑119 (MQ=255)
tctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg < 1:336038/119‑1 (MQ=255)
tctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCaga > 2:396060/1‑139 (MQ=255)
tgtgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCagaag > 2:1428206/1‑139 (MQ=255)
tgtgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCagaag > 1:272538/1‑139 (MQ=255)
gAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGaaa < 2:272538/139‑1 (MQ=255)
aaTTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaa < 2:206220/139‑1 (MQ=255)
aaTTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGAtt > 2:1833522/1‑139 (MQ=255)
tattGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTaa > 1:1134596/1‑139 (MQ=255)
attGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt < 1:1833522/139‑1 (MQ=255)
ttGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACGGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATc > 2:1488509/1‑139 (MQ=255)
ttGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaa > 2:142633/1‑90 (MQ=255)
ttGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaa < 1:142633/90‑1 (MQ=255)
ttGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATc < 1:1428206/139‑1 (MQ=255)
tGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg > 1:25681/1‑92 (MQ=255)
tGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg < 2:25681/92‑1 (MQ=255)
tGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCa > 2:386842/1‑139 (MQ=255)
cAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaa < 2:444902/87‑1 (MQ=255)
cAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaa > 1:444902/1‑87 (MQ=255)
cAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaaa > 2:67252/1‑125 (MQ=255)
cAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaaa < 1:67252/125‑1 (MQ=255)
ccTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt < 1:688978/130‑1 (MQ=255)
ccTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt > 2:688978/1‑130 (MQ=255)
cTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt > 1:30609/1‑88 (MQ=255)
cTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 2:30609/88‑1 (MQ=255)
tGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAAc > 2:1503580/1‑139 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGa > 1:1128896/1‑84 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGa < 2:1128896/84‑1 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 1:538274/88‑1 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa > 2:538274/1‑88 (MQ=255)
cacaACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAg > 2:1898850/1‑83 (MQ=255)
cacaACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAg < 1:1898850/83‑1 (MQ=255)
aacaaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa < 1:768954/67‑1 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCa < 1:1428004/127‑1 (MQ=255)
caaTCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCa > 2:1428004/1‑127 (MQ=255)
attaACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt > 1:1674241/1‑108 (MQ=255)
attaACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt < 2:1674241/108‑1 (MQ=255)
ttaACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 2:1751709/68‑1 (MQ=255)
ttaACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa > 1:1751709/1‑68 (MQ=255)
ttaACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTAtatttat < 2:1702228/139‑1 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTAtttttt < 1:1503580/139‑1 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTAtttttt < 1:386842/139‑1 (MQ=255)
ttCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTc < 1:396060/139‑1 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATc > 2:12862/1‑99 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATc < 1:12862/99‑1 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGt > 2:1165082/1‑139 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt < 1:2037653/97‑1 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt > 2:2037653/1‑97 (MQ=255)
tACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTAtt < 1:1171308/139‑1 (MQ=255)
gcaggTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATa > 2:1947823/1‑73 (MQ=255)
gcaggTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATa < 1:1947823/73‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTaa > 2:464146/1‑139 (MQ=255)
gTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTaa > 1:2043901/1‑139 (MQ=255)
aGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATaa < 2:2043901/139‑1 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGaa < 2:255500/139‑1 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGaa > 1:667433/1‑139 (MQ=255)
aTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAata < 1:1165082/139‑1 (MQ=255)
aTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAAGTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAata < 2:1566433/139‑1 (MQ=255)
atCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt < 2:1703422/63‑1 (MQ=255)
atCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt > 1:1703422/1‑63 (MQ=255)
|
CTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATA > NC_000913/2905398‑2905654
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
