Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I2 R1
|
762 |
35.5 |
1545288 |
95.5% |
1475750 |
117.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,905,532 |
T→C |
intergenic (‑114/‑25) |
queE ← / → yqcG |
7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis/membrane stress resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,905,532 | 0 | T | C | 100.0%
| 160.4
/ NA
| 45 | intergenic (‑114/‑25) | queE/yqcG | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis/membrane stress resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/23); total (22/23) |
ATCTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATA > NC_000913/2905396‑2905656
|
aTCTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa < 2:120419/139‑1 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 2:203675/1‑139 (MQ=255)
ctcGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaata > 2:372813/1‑139 (MQ=255)
tCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAgg < 1:158700/139‑1 (MQ=255)
gTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 2:711614/139‑1 (MQ=255)
tACTGCATATCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTa < 2:477698/139‑1 (MQ=255)
tACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTa < 2:732689/139‑1 (MQ=255)
aCTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 1:203675/139‑1 (MQ=255)
cATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaaa > 2:534114/1‑122 (MQ=255)
cATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTaaa < 1:534114/122‑1 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAATTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa > 1:713749/1‑127 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAATTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 2:713749/127‑1 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa > 2:46435/1‑127 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 1:46435/127‑1 (MQ=255)
tctcTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCa > 1:305836/1‑139 (MQ=255)
tctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa > 1:173405/1‑109 (MQ=255)
ctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAg > 1:393163/1‑121 (MQ=255)
ctGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAg < 2:393163/121‑1 (MQ=255)
tgtgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTACAGGGATTAACGTATTATGTCagaag > 2:566228/1‑139 (MQ=255)
tgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa > 1:690553/1‑105 (MQ=255)
tgAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTcaa < 2:690553/105‑1 (MQ=255)
ggATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATaaa > 1:199934/1‑139 (MQ=255)
aTTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaaa < 1:372813/139‑1 (MQ=255)
aTTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGaaaa < 1:566228/139‑1 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt > 1:540638/1‑127 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAAt < 2:540638/127‑1 (MQ=255)
gCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACa > 1:647405/1‑139 (MQ=255)
ttaACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTAtatttat > 1:99824/1‑139 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGt < 1:165161/73‑1 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGt > 2:165161/1‑73 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTAtttttt < 2:647405/139‑1 (MQ=255)
aTTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTAtttttt > 1:24286/1‑139 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACa > 2:415204/1‑112 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACa < 1:415204/112‑1 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCt > 2:229672/1‑139 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCt > 1:620334/1‑139 (MQ=255)
tCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACAAAAATCATATTTATTtcttct > 1:271146/1‑139 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt > 2:270680/1‑57 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGt < 1:270680/57‑1 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTa > 2:659749/1‑96 (MQ=255)
tGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTa < 1:659749/96‑1 (MQ=255)
gTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTa < 2:305836/139‑1 (MQ=255)
tACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTAtt < 2:99824/139‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa > 2:261748/1‑47 (MQ=255)
gTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTaa < 1:261748/47‑1 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGaa < 2:494682/139‑1 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGaa > 1:663659/1‑139 (MQ=255)
aaaTGCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGaa > 1:185985/1‑139 (MQ=255)
gCGAAACATATCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGGATTAGTTTTTAATGATAACGAAtata < 1:9348/139‑1 (MQ=255)
atCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAAt > 2:178921/1‑45 (MQ=255)
atCGTCAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAAt < 1:178921/45‑1 (MQ=255)
|
ATCTCGTTAATCGGGTACTGCATAGCATTCTCTGTGAAGTGGATAATTGTTAATTATTGCAGATCCTGCCACAACAATCATGTCTTATTAACATTCTGTTACAGGCAGGTTTAAAGAAAAATGCGAAACATATCGTTAATAATTAAAGGGAGTAACGTATTATGTCAGAAGAAAATAAAGAAAATGGATTTAATCATGTCAAAACATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATA > NC_000913/2905396‑2905656
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
