Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I207 R1
|
218 |
45.0 |
2482936 |
97.1% |
2410930 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,898,828 |
(T)5→4 |
coding (130/1878 nt) |
bglF ← |
PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,898,824 | 0 | T | . | 100.0%
| 259.6
/ NA
| 59 | coding (134/1878 nt) | bglF | PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (40/19); total (40/19) |
TAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTT > NZ_CP009273/3898735‑3898909
|
tAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAGCTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCt < 2:372706/90‑1 (MQ=255)
aCCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttt < 2:1111444/90‑1 (MQ=255)
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 2:749869/1‑87 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTa > 1:11907/1‑90 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTa > 2:390961/1‑90 (MQ=255)
cATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGc > 2:1079927/1‑90 (MQ=255)
tCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCtt > 1:1063367/1‑90 (MQ=255)
cGGCCACATGGTTACCTATGACCTCCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTg < 1:478125/90‑1 (MQ=255)
acaTGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCgctt > 2:733466/1‑90 (MQ=255)
acaTGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCgctt > 2:1177602/1‑90 (MQ=255)
acaTGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCATTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCgctt > 1:825745/1‑90 (MQ=255)
tACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTc < 2:665922/90‑1 (MQ=255)
tATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATcc > 2:266821/1‑90 (MQ=255)
tGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACTTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtt > 1:953866/1‑90 (MQ=255)
accaccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACct < 2:722855/63‑1 (MQ=255)
accaccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACct > 1:722855/1‑63 (MQ=255)
accaccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCttta < 2:264580/90‑1 (MQ=255)
caccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaat > 2:1094114/1‑90 (MQ=255)
accTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatt > 2:914489/1‑90 (MQ=255)
accTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatt > 2:103383/1‑90 (MQ=255)
ccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaattt > 1:290476/1‑90 (MQ=255)
ccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaattt > 1:811858/1‑90 (MQ=255)
aaCTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAAc < 1:414171/90‑1 (MQ=255)
ggCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTaa > 1:719180/1‑90 (MQ=255)
ggCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTaa > 2:494486/1‑90 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt < 2:795673/90‑1 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt > 2:739367/1‑90 (MQ=255)
tCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc < 1:739367/90‑1 (MQ=255)
caccaccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 2:910910/90‑1 (MQ=255)
caccaccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 1:390961/90‑1 (MQ=255)
ccaccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATg > 2:353521/1‑90 (MQ=255)
caccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGc > 2:326067/1‑90 (MQ=255)
caTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATc < 2:524652/90‑1 (MQ=255)
caTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATc < 2:1180784/90‑1 (MQ=255)
taataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAg < 1:304206/90‑1 (MQ=255)
taataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGGCt < 2:825745/90‑1 (MQ=255)
ataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 1:458619/90‑1 (MQ=255)
taCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcac > 1:556862/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 1:1116633/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 2:362861/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 1:76050/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca < 1:770647/90‑1 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 2:674095/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 1:638512/1‑90 (MQ=255)
ccGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACaa < 2:607998/90‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc < 1:371998/70‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc > 2:371998/1‑70 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa > 2:143170/1‑72 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 1:143170/72‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:1215613/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:70477/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:244704/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:280639/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:1004231/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:1034044/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:999703/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:505660/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTAAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:33387/1‑90 (MQ=255)
gggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAg > 2:407047/1‑78 (MQ=255)
gggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAg < 1:407047/78‑1 (MQ=255)
gggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGtt > 2:287704/1‑90 (MQ=255)
gggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGtt > 2:75799/1‑90 (MQ=255)
|
TAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTT > NZ_CP009273/3898735‑3898909
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > NZ_CP009273/3898732‑3898925
|
TGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGT < SRR3722089.1002034/100‑1 (MQ=60)
GTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTA > SRR3722089.12044/1‑100 (MQ=60)
TTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAC < SRR3722089.909595/100‑1 (MQ=60)
TTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAC < SRR3722089.38705/100‑1 (MQ=60)
CAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTT > SRR3722089.1079333/1‑100 (MQ=60)
GACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCATTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTT > SRR3722089.837390/1‑100 (MQ=60)
CGGCCACATGGTTACCTATGACCTCCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTT < SRR3722089.483805/100‑1 (MQ=60)
TGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACTTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTT > SRR3722089.967882/1‑100 (MQ=60)
GTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCctgtctcttatacacat > SRR3722089.732258/1‑83 (MQ=60)
CCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTT > SRR3722089.294189/1‑100 (MQ=60)
CCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTT > SRR3722089.823200/1‑100 (MQ=60)
ACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAA > SRR3722089.728530/1‑100 (MQ=60)
AACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGT < SRR3722089.419183/100‑1 (MQ=60)
taagagacagTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAG < SRR3722089.376562/90‑1 (MQ=60)
TCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAG < SRR3722089.749046/100‑1 (MQ=60)
agagacagTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGAC < SRR3722089.144938/92‑1 (MQ=60)
CACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGAC < SRR3722089.395725/100‑1 (MQ=60)
ACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCAC > SRR3722089.563324/1‑100 (MQ=60)
CCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACA > SRR3722089.76976/1‑100 (MQ=60)
CCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACA > SRR3722089.1133553/1‑100 (MQ=60)
CCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACA > SRR3722089.646661/1‑100 (MQ=60)
agATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG < SRR3722089.411976/98‑1 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722089.1014563/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722089.71335/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722089.511621/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG < SRR3722089.308069/100‑1 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722089.247820/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722089.1234106/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722089.1019183/1‑100 (MQ=60)
ATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC < SRR3722089.464101/100‑1 (MQ=60)
ACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTG < SRR3722089.781062/100‑1 (MQ=60)
TTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > SRR3722089.574491/1‑100 (MQ=60)
|
TGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > NZ_CP009273/3898732‑3898925
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
