Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I200 R1
|
216 |
30.8 |
1683622 |
97.2% |
1636480 |
87.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,898,828 |
(T)5→4 |
coding (130/1878 nt) |
bglF ← |
PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,898,824 | 0 | T | . | 95.8%
| 183.7
/ 3.6
| 48 | coding (134/1878 nt) | bglF | PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base . (27/19); total (27/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
TAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTT > NZ_CP009273/3898735‑3898909
|
tAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCt > 1:82859/1‑90 (MQ=255)
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 2:9153/1‑87 (MQ=255)
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag < 2:130150/90‑4 (MQ=255)
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 2:109829/1‑87 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTa > 2:181305/1‑90 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTa > 2:624114/1‑90 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TCTTCAGTa > 1:748995/1‑90 (MQ=255)
gAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAcc < 2:698636/90‑1 (MQ=255)
gACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACctct > 1:326184/1‑90 (MQ=255)
acaTGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCgctt > 1:442614/1‑90 (MQ=255)
tACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTc > 1:283572/1‑90 (MQ=255)
tATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATcc > 1:54218/1‑90 (MQ=255)
accaccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCttta > 1:689750/1‑90 (MQ=255)
accTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatt > 1:538839/1‑90 (MQ=255)
ccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttt < 1:680005/50‑1 (MQ=255)
ccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttt > 2:680005/1‑50 (MQ=255)
ccTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaattt > 1:554614/1‑90 (MQ=255)
tGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatttaa < 2:241381/90‑1 (MQ=255)
tGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatttaa < 2:772610/90‑1 (MQ=255)
aaaCTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTaaaa < 1:423149/90‑1 (MQ=255)
aaaCTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTaaaa < 1:341140/90‑1 (MQ=255)
ggCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTaa > 2:779193/1‑90 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt < 2:799880/90‑1 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt > 1:794652/1‑90 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt > 1:354542/1‑90 (MQ=255)
cGCTTTCCACTACCATAATTATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGt < 2:117075/90‑1 (MQ=255)
cGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGt < 2:208233/90‑1 (MQ=255)
ttCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcg > 2:415768/1‑90 (MQ=255)
tCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc < 1:162151/90‑1 (MQ=255)
cacccccaTAATAATACCTGTGCTC‑TTTTCAGTCCCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 2:538839/90‑1 (MQ=255)
caccaccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 2:224069/90‑1 (MQ=255)
accaccaTAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 2:815022/90‑1 (MQ=255)
accaccaTAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 2:82859/90‑1 (MQ=255)
accaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc < 1:454640/84‑1 (MQ=255)
accaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc > 2:454640/1‑84 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 2:264126/1‑90 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 1:398289/1‑90 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 2:626445/1‑90 (MQ=255)
taataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAg < 1:826330/90‑1 (MQ=255)
ataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGAc < 1:9153/90‑1 (MQ=255)
ataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 1:181305/90‑1 (MQ=255)
ataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 1:571273/90‑1 (MQ=255)
taCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcac > 1:670381/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcgca > 2:86682/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 1:46104/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca > 2:601623/1‑88 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 1:601623/88‑1 (MQ=255)
ccGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACaa < 1:410966/90‑1 (MQ=255)
ccGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACaa < 1:67676/90‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:544229/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:368906/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:827275/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:345196/1‑90 (MQ=255)
gggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGGTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGtt > 1:638278/1‑90 (MQ=255)
|
TAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTT > NZ_CP009273/3898735‑3898909
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACTCC > NZ_CP009273/3898733‑3898927
|
GTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TCTTCAGTA > SRR3722079.756998/1‑100 (MQ=60)
TTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAC < SRR3722079.381234/100‑1 (MQ=60)
TTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAC < SRR3722079.508074/100‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagCCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTC < SRR3722079.687144/70‑1 (MQ=60)
CCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCT > SRR3722079.328799/1‑100 (MQ=60)
GACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTT > SRR3722079.446479/1‑100 (MQ=60)
GCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTC > SRR3722079.285924/1‑100 (MQ=60)
CATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCC > SRR3722079.54650/1‑100 (MQ=60)
GTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTA > SRR3722079.697000/1‑100 (MQ=60)
ACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATT > SRR3722079.543923/1‑100 (MQ=60)
CCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTT > SRR3722079.559953/1‑100 (MQ=60)
CCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAT > SRR3722079.357323/1‑100 (MQ=60)
CCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAT > SRR3722079.803178/1‑100 (MQ=60)
AAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCG < SRR3722079.343838/100‑1 (MQ=60)
AAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCG < SRR3722079.426799/100‑1 (MQ=60)
tctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGC < SRR3722079.650826/67‑1 (MQ=60)
TTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCA > SRR3722079.401630/1‑100 (MQ=60)
TCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAG < SRR3722079.163571/100‑1 (MQ=60)
TCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAG < SRR3722079.458619/100‑1 (MQ=60)
ACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCAC > SRR3722079.677388/1‑100 (MQ=60)
CCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACA > SRR3722079.46453/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG < SRR3722079.835176/100‑1 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722079.371843/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722079.347924/1‑100 (MQ=60)
ATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGGTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTT > SRR3722079.644849/1‑100 (MQ=60)
ATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTT < SRR3722079.9226/100‑1 (MQ=60)
ATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC < SRR3722079.607689/100‑1 (MQ=60)
ATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC < SRR3722079.576881/100‑1 (MQ=60)
ATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC < SRR3722079.182889/100‑1 (MQ=60)
CCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGC < SRR3722079.68234/100‑1 (MQ=60)
CCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGC < SRR3722079.414481/100‑1 (MQ=60)
TTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > SRR3722079.57074/1‑100 (MQ=60)
TTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > SRR3722079.484211/1‑100 (MQ=60)
TCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACTCC < SRR3722079.787543/100‑1 (MQ=60)
|
GTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACTCC > NZ_CP009273/3898733‑3898927
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
