Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I209 R1
|
216 |
14.4 |
815930 |
96.1% |
784108 |
85.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,898,828 |
(T)5→4 |
coding (130/1878 nt) |
bglF ← |
PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,898,824 | 0 | T | . | 100.0%
| 103.2
/ NA
| 25 | coding (134/1878 nt) | bglF | PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (14/11); total (14/11) |
CCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > NZ_CP009273/3898741‑3898907
|
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 1:218811/1‑87 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTa > 2:362121/1‑90 (MQ=255)
tCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCtt < 2:222021/90‑1 (MQ=255)
acaTGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCgctt < 2:88969/90‑1 (MQ=255)
tACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTc > 2:42916/1‑90 (MQ=255)
tGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatttaa < 2:402835/90‑1 (MQ=255)
aaCTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAAc < 2:295933/90‑1 (MQ=255)
ggCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTaa > 1:405755/1‑90 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt > 2:229601/1‑90 (MQ=255)
aCCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATcgc < 1:42916/90‑1 (MQ=255)
tttCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgc < 2:160921/90‑1 (MQ=255)
tCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTgcgc < 1:302384/90‑1 (MQ=255)
accaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCa > 2:402114/1‑90 (MQ=255)
ccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCAt > 2:318598/1‑90 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 2:171796/1‑90 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 2:366343/1‑90 (MQ=255)
ataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 2:405755/90‑1 (MQ=255)
taCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcac < 2:52164/90‑1 (MQ=255)
taCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTc > 1:402068/1‑88 (MQ=255)
taCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTc < 2:402068/88‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 2:106315/72‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa > 1:106315/1‑72 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:126645/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:13441/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:182000/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:177198/1‑90 (MQ=255)
|
CCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > NZ_CP009273/3898741‑3898907
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > NZ_CP009273/3898731‑3898925
|
CTGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAG > SRR3722091.222183/1‑100 (MQ=60)
TTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAC < SRR3722091.173820/100‑1 (MQ=60)
ACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAA > SRR3722091.412879/1‑100 (MQ=60)
ACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAAT < SRR3722091.43535/100‑1 (MQ=60)
TCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAG < SRR3722091.307527/100‑1 (MQ=60)
ACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCAC > SRR3722091.409127/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACctgtctct > SRR3722091.107945/1‑92 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722091.128554/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722091.13636/1‑100 (MQ=60)
TTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > SRR3722091.96579/1‑100 (MQ=60)
|
CTGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATCTGCGCCCCCGACT > NZ_CP009273/3898731‑3898925
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
