Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I230 R1
|
226 |
18.8 |
1048726 |
96.7% |
1014118 |
86.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,898,828 |
(T)5→4 |
coding (130/1878 nt) |
bglF ← |
PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,898,824 | 0 | T | . | 100.0%
| 112.6
/ NA
| 27 | coding (134/1878 nt) | bglF | PTS beta‑glucoside transporter subunit IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (17/10); total (17/10) |
CCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > NZ_CP009273/3898741‑3898907
|
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 2:383427/1‑87 (MQ=255)
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 2:149169/1‑87 (MQ=255)
ccAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCttttcag > 1:427649/1‑87 (MQ=255)
aGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTa > 1:96545/1‑90 (MQ=255)
aaGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACct < 1:456472/90‑1 (MQ=255)
ccACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTgcgc < 2:357238/90‑1 (MQ=255)
tACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTc > 2:331347/1‑90 (MQ=255)
tACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTc > 2:147190/1‑90 (MQ=255)
tGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCtttaatttaa < 1:168731/90‑1 (MQ=255)
aaaCTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTaaaa < 1:331347/90‑1 (MQ=255)
gCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAAt < 1:149169/90‑1 (MQ=255)
ccGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATcgcg > 1:52519/1‑90 (MQ=255)
caccaccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCaa < 1:169266/90‑1 (MQ=255)
ccaccaTAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATg > 2:154900/1‑90 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 2:449276/1‑90 (MQ=255)
ataataataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCa > 1:262199/1‑90 (MQ=255)
aataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTc > 2:17604/1‑90 (MQ=255)
ataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 1:383427/90‑1 (MQ=255)
ataCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTca < 1:154900/90‑1 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 1:333435/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca < 2:175272/90‑1 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 2:142269/1‑90 (MQ=255)
aCCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTcaca > 1:323976/1‑90 (MQ=255)
ccGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACaa < 2:96545/90‑1 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:275512/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:310604/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:142388/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:435926/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 1:500909/1‑90 (MQ=255)
gggggTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATg > 2:477580/1‑90 (MQ=255)
|
CCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > NZ_CP009273/3898741‑3898907
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC > NZ_CP009273/3898731‑3898912
|
CTGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAG > SRR3722114.432916/1‑100 (MQ=60)
GTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTA > SRR3722114.97562/1‑100 (MQ=60)
tctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTAC < SRR3722114.272873/67‑1 (MQ=60)
AAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGC < SRR3722114.462172/100‑1 (MQ=60)
TGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTgtctcttatacacatctccgagccc > SRR3722114.87139/1‑75 (MQ=60)
TGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCG < SRR3722114.170402/100‑1 (MQ=60)
AAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCG < SRR3722114.335022/100‑1 (MQ=60)
AAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCG > SRR3722114.53046/1‑100 (MQ=60)
GCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGC < SRR3722114.150682/100‑1 (MQ=60)
TTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCA > SRR3722114.264861/1‑100 (MQ=60)
CACCACCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGAC < SRR3722114.170946/100‑1 (MQ=60)
CCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACA > SRR3722114.327533/1‑100 (MQ=60)
CCATAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACA > SRR3722114.337159/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722114.143854/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722114.278382/1‑100 (MQ=60)
TAATAATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATG > SRR3722114.507188/1‑100 (MQ=60)
ATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC < SRR3722114.388057/100‑1 (MQ=60)
ATACCGGGGGTC‑TTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC < SRR3722114.156455/100‑1 (MQ=60)
|
CTGTTAACCGCCAGGAAGACATCGGCCACATGGTTACCTATGACCACCTGAAACTGGCCACCGCTTTCCACCACCATAATAATACCGGGGGTCTTTTTCAGTACCTCTGCTTGCGCTTTGCTTTCATCCTTTAATTTAAAACGTAATCGCGTTGCGCAATGCATCAGACTCACAATGTTATC > NZ_CP009273/3898731‑3898912
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
