Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I195 R1
|
222 |
27.1 |
1551108 |
96.0% |
1489063 |
86.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,901,121 |
A→G |
D202D (GAT→GAC) |
pstB ← |
phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,901,121 | 0 | A | G | 100.0%
| 99.1
/ NA
| 28 | D202D (GAT→GAC) | pstB | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (14/14); total (14/14) |
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCA > NZ_CP009273/3901035‑3901200
|
atcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTcc > 2:564436/1‑90 (MQ=255)
atcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTcc < 1:80174/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc < 1:206052/90‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:566091/90‑1 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctc > 2:661237/1‑90 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctc > 2:347496/1‑90 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctc > 1:718919/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGGCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 1:699392/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 2:64166/1‑90 (MQ=255)
tgGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATa < 2:209540/90‑1 (MQ=255)
cGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGcc < 1:64166/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 1:58200/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:404627/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 1:301730/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc > 1:492264/1‑90 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTa < 1:690063/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTa < 2:335161/90‑1 (MQ=255)
acGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTaga > 1:559392/1‑90 (MQ=255)
cgcAGGCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGAt < 2:699392/90‑1 (MQ=255)
cATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGGTAGAGATAGGGTCGAgcg > 1:422114/1‑90 (MQ=255)
tgttgtGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCg > 1:610727/1‑90 (MQ=255)
gtgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAaca > 1:683556/1‑90 (MQ=255)
ggTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTa > 2:211478/1‑64 (MQ=255)
ggTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTa < 1:211478/64‑1 (MQ=255)
caccacGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTa > 2:279051/1‑55 (MQ=255)
caccacGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTa < 1:279051/55‑1 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagca > 1:153355/1‑85 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagca < 2:153355/85‑1 (MQ=255)
|
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCA > NZ_CP009273/3901035‑3901200
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901025‑3901215
|
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCC < SRR3722073.723577/100‑1 (MQ=60)
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTT < SRR3722073.81996/100‑1 (MQ=60)
GGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTC > SRR3722073.733440/1‑100 (MQ=60)
CATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGGCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCA > SRR3722073.713584/1‑100 (MQ=60)
ATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAA < SRR3722073.210249/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722073.577905/100‑1 (MQ=60)
CCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC > SRR3722073.502703/1‑100 (MQ=60)
GGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGA > SRR3722073.571067/1‑100 (MQ=60)
CGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGAT < SRR3722073.65671/100‑1 (MQ=60)
GGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATA < SRR3722073.308109/100‑1 (MQ=60)
GGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATA < SRR3722073.59573/100‑1 (MQ=60)
tgtgtataagagacagGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGT < SRR3722073.215833/84‑1 (MQ=60)
agcgtcagatgtgtataagagacagGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGT < SRR3722073.284953/75‑1 (MQ=60)
CAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGT < SRR3722073.704117/100‑1 (MQ=60)
CAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGGTAGAGATAGGGTCGAGCG > SRR3722073.431152/1‑100 (MQ=60)
GCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCG > SRR3722073.623440/1‑100 (MQ=60)
GCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACA > SRR3722073.697496/1‑100 (MQ=60)
GATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGC > SRR3722073.156472/1‑100 (MQ=60)
TCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCAC > SRR3722073.444899/1‑100 (MQ=60)
CGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGG > SRR3722073.93836/1‑100 (MQ=60)
GGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCtgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatatgcagt > SRR3722073.287357/1‑60 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATActgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatatgcagtgtgta > SRR3722073.195109/1‑54 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTTCGGGC > SRR3722073.480436/1‑100 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722073.686547/1‑100 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722073.100923/1‑100 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722073.85021/1‑100 (MQ=60)
|
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC‑GGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901025‑3901215
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
