Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,901,121 |
A→G |
D202D (GAT→GAC) |
pstB ← |
phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,901,121 | 0 | A | G | 100.0%
| 275.0
/ NA
| 81 | D202D (GAT→GAC) | pstB | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (39/42); total (39/42) |
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGC > NZ_CP009273/3901035‑3901205
|
atcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTcc < 1:1469418/90‑1 (MQ=255)
atcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTcc < 1:1335324/90‑1 (MQ=255)
atcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGGGACGATCACCACGGTGTAGTcc > 1:1039480/1‑90 (MQ=255)
tcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCt < 1:1145697/90‑1 (MQ=255)
tCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACACCGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc < 1:696703/90‑1 (MQ=255)
tCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc < 2:836209/90‑1 (MQ=255)
tCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc < 2:671272/90‑1 (MQ=255)
tCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc > 2:529844/1‑90 (MQ=255)
tCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc < 2:1029705/90‑1 (MQ=255)
gCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAg > 2:1127786/1‑90 (MQ=255)
gCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAg < 1:789719/90‑1 (MQ=255)
gCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAg < 2:1228014/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc < 1:717998/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc > 2:377395/1‑90 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc < 1:1109406/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc < 1:393712/90‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:1042896/90‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:75756/90‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 2:640314/90‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:377395/90‑1 (MQ=255)
aCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGct > 2:134606/1‑90 (MQ=255)
aCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGct > 1:1491235/1‑90 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctc > 1:946321/1‑90 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctc > 2:189803/1‑90 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc > 2:979444/1‑88 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:979444/88‑1 (MQ=255)
gCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctct < 2:1538670/90‑1 (MQ=255)
gCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctct > 1:1323476/1‑90 (MQ=255)
cGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTc > 2:522689/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATTACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 2:1263877/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 2:1520152/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 2:655610/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 1:1189265/1‑90 (MQ=255)
tgGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATa < 2:340625/90‑1 (MQ=255)
tgGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATa < 1:633299/90‑1 (MQ=255)
tgGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATa < 2:1289152/90‑1 (MQ=255)
tCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGc < 1:731565/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:50415/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:1527900/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 1:263434/90‑1 (MQ=255)
gAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCg < 1:1072664/90‑1 (MQ=255)
aacaacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGc < 2:1112369/56‑1 (MQ=255)
aacaacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGc > 1:1112369/1‑56 (MQ=255)
acaacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGt < 1:1208564/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 2:79106/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 2:396707/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 2:907493/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 1:1085849/90‑1 (MQ=255)
acGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTaga > 2:460408/1‑90 (MQ=255)
cgcAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATTACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGAt < 1:1263877/90‑1 (MQ=255)
cgcAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGAt < 1:655610/90‑1 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAg > 2:593478/1‑90 (MQ=255)
ccTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctct < 1:1144590/65‑1 (MQ=255)
ccTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctct > 2:1144590/1‑65 (MQ=255)
tgctgcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCg < 1:1520152/90‑1 (MQ=255)
ctgcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc > 2:79615/1‑43 (MQ=255)
ctgcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc < 1:79615/43‑1 (MQ=255)
gcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAgcg < 1:189803/90‑1 (MQ=255)
tgttgtGGGTGACGATCACCACGTTGGAGTCCTGCTTCAGTTCGGGGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGCAGAGATAAGGTCGAGCGCCg > 1:95044/1‑90 (MQ=255)
tgttgtGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCg > 1:1580691/1‑90 (MQ=255)
tgttgtGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCg > 1:536950/1‑90 (MQ=255)
tgttgtGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCg > 2:149957/1‑90 (MQ=255)
tgttgtGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCg > 2:1072609/1‑90 (MQ=255)
ttgtGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGaa > 2:603135/1‑90 (MQ=255)
gtgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAaca > 2:81321/1‑90 (MQ=255)
gtgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAaca > 1:460794/1‑90 (MQ=255)
tgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAacac > 2:806429/1‑90 (MQ=255)
ggTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACgg > 2:783215/1‑90 (MQ=255)
ggTGACGATCACCACAGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACgg > 2:147780/1‑90 (MQ=255)
gACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtc > 2:1210316/1‑90 (MQ=255)
gACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtc > 2:108934/1‑90 (MQ=255)
cGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtcgt < 2:47055/90‑1 (MQ=255)
cGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagcagca > 1:8543/1‑90 (MQ=255)
ggTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagcagcag > 2:992881/1‑90 (MQ=255)
ggTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagcagcag < 1:1135620/90‑1 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAgcgc > 1:1100244/1‑65 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAgcgc < 2:1100244/65‑1 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtcgt > 1:390868/1‑79 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtcgt < 2:390868/79‑1 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagcagcagc > 1:1265810/1‑90 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGagcagcagc > 1:79467/1‑90 (MQ=255)
|
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGC > NZ_CP009273/3901035‑3901205
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901023‑3901215
|
TTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGT < SRR3722078.254703/100‑1 (MQ=60)
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCC < SRR3722078.1067364/100‑1 (MQ=60)
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCC < SRR3722078.1269239/100‑1 (MQ=60)
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGGGACGATCACCACGGTGTAGTCC > SRR3722078.1054983/1‑100 (MQ=60)
TGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTG < SRR3722078.85248/100‑1 (MQ=60)
ACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTT < SRR3722078.1272807/100‑1 (MQ=60)
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTT < SRR3722078.1493383/100‑1 (MQ=60)
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTT < SRR3722078.1356728/100‑1 (MQ=60)
TCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTC < SRR3722078.1163339/100‑1 (MQ=60)
gccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGA < SRR3722078.80548/63‑1 (MQ=60)
TCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACACCGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGA < SRR3722078.705045/100‑1 (MQ=60)
GCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATC < SRR3722078.800048/100‑1 (MQ=60)
AGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCT > SRR3722078.1515545/1‑100 (MQ=60)
GGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTC > SRR3722078.959557/1‑100 (MQ=60)
GTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCT > SRR3722078.1344633/1‑100 (MQ=60)
CATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCA > SRR3722078.1207855/1‑100 (MQ=60)
ATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAA < SRR3722078.726868/100‑1 (MQ=60)
ATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAA < SRR3722078.1126331/100‑1 (MQ=60)
ATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAA < SRR3722078.398496/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722078.76648/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722078.382006/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722078.993553/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722078.1058467/100‑1 (MQ=60)
gtgtataagagacagCAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCC < SRR3722078.1162210/85‑1 (MQ=60)
GTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGctgtctcttatacacatctgacgc > SRR3722078.1129351/1‑76 (MQ=60)
TGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAG < SRR3722078.640578/100‑1 (MQ=60)
TCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGA < SRR3722078.740723/100‑1 (MQ=60)
GGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATA < SRR3722078.266649/100‑1 (MQ=60)
GAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAG < SRR3722078.1088857/100‑1 (MQ=60)
ACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGG < SRR3722078.1227553/100‑1 (MQ=60)
cgaccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacaGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGT < SRR3722078.753977/59‑1 (MQ=60)
CAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGT < SRR3722078.1102300/100‑1 (MQ=60)
CGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATTACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGC < SRR3722078.1283927/100‑1 (MQ=60)
CGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGC < SRR3722078.663119/100‑1 (MQ=60)
GCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGTTGGAGTCCTGCTTCAGTTCGGGGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGCAGAGATAAGGTCGAGCGCCG > SRR3722078.96157/1‑100 (MQ=60)
GCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCG > SRR3722078.543299/1‑100 (MQ=60)
GCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCG > SRR3722078.1606425/1‑100 (MQ=60)
TGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAAC < SRR3722078.1544941/100‑1 (MQ=60)
GCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACA > SRR3722078.466300/1‑100 (MQ=60)
GCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGG < SRR3722078.192061/100‑1 (MQ=60)
ACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCA > SRR3722078.8630/1‑100 (MQ=60)
GATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTctgtctcttatacac > SRR3722078.1117002/1‑85 (MQ=60)
GATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGC > SRR3722078.395623/1‑100 (MQ=60)
GATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGC > SRR3722078.1285900/1‑100 (MQ=60)
GATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGC > SRR3722078.80400/1‑100 (MQ=60)
CACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACctgtctcttatacacatctga > SRR3722078.696336/1‑79 (MQ=60)
CGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGG > SRR3722078.18837/1‑100 (MQ=60)
CGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGG > SRR3722078.1358207/1‑100 (MQ=60)
GGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGG < SRR3722078.1153031/100‑1 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGTACTTCCGGGC > SRR3722078.1272029/1‑100 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722078.1323538/1‑100 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722078.132405/1‑100 (MQ=60)
|
TTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901023‑3901215
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
