Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I227 R1
|
223 |
21.3 |
1167702 |
97.0% |
1132670 |
86.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,901,121 |
A→G |
D202D (GAT→GAC) |
pstB ← |
phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,901,121 | 0 | A | G | 100.0%
| 102.1
/ NA
| 31 | D202D (GAT→GAC) | pstB | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (15/16); total (15/16) |
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAG > NZ_CP009273/3901035‑3901198
|
atcaatTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTcc > 2:387765/1‑90 (MQ=255)
tCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTc < 2:187250/90‑1 (MQ=255)
gCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAg > 1:115516/1‑90 (MQ=255)
cAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTc < 1:347014/90‑1 (MQ=255)
aGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCg > 1:198669/1‑90 (MQ=255)
aCATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGa < 2:203957/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc < 2:218798/90‑1 (MQ=255)
cGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctc > 1:574062/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 2:478103/1‑90 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 2:341525/1‑90 (MQ=255)
tgGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATa < 2:72362/90‑1 (MQ=255)
ggTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAc > 2:248306/1‑90 (MQ=255)
cGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGcc < 2:220479/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc > 1:125797/1‑90 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:577081/90‑1 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:574062/90‑1 (MQ=255)
gAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCg < 1:136370/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 1:69934/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 1:564890/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 2:422113/90‑1 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAg > 1:380304/1‑90 (MQ=255)
tgtgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAac < 2:190332/90‑1 (MQ=255)
gtgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAaca > 2:27664/1‑90 (MQ=255)
gtgGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAaca > 2:34044/1‑90 (MQ=255)
gACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtc < 1:478103/90‑1 (MQ=255)
aCGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTtcg > 2:1315/1‑90 (MQ=255)
aTCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 2:465296/57‑1 (MQ=255)
aTCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa > 1:465296/1‑57 (MQ=255)
caccacGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGag > 2:198942/1‑90 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACg > 2:391364/1‑41 (MQ=255)
gtgtAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACg < 1:391364/41‑1 (MQ=255)
|
ATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAG > NZ_CP009273/3901035‑3901198
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901023‑3901215
|
TTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGT > SRR3722111.120492/1‑100 (MQ=60)
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCC < SRR3722111.151979/100‑1 (MQ=60)
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCC < SRR3722111.577052/100‑1 (MQ=60)
GCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCC < SRR3722111.546097/100‑1 (MQ=60)
CAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAG > SRR3722111.116971/1‑100 (MQ=60)
CAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCG > SRR3722111.201146/1‑100 (MQ=60)
CAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGC < SRR3722111.351678/100‑1 (MQ=60)
GGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTC > SRR3722111.583074/1‑100 (MQ=60)
CCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCC > SRR3722111.127375/1‑100 (MQ=60)
agatctacacattgacattcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacaGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAG < SRR3722111.501874/50‑1 (MQ=60)
GGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCtgtctcttatacacatctgacgctgccgacgaatg > SRR3722111.276523/1‑65 (MQ=60)
tgacattcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAG < SRR3722111.397035/61‑1 (MQ=60)
GAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAG > SRR3722111.385764/1‑100 (MQ=60)
GAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAG < SRR3722111.138084/100‑1 (MQ=60)
CAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGT < SRR3722111.573776/100‑1 (MQ=60)
CAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGT < SRR3722111.70761/100‑1 (MQ=60)
GTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCtgtctcttatacacatctgacg > SRR3722111.472384/1‑78 (MQ=60)
GACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGC < SRR3722111.485431/100‑1 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722111.506914/1‑100 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722111.170960/1‑100 (MQ=60)
|
TTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901023‑3901215
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
