Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I209 R1
|
216 |
14.4 |
815930 |
96.1% |
784108 |
85.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,901,121 |
A→G |
D202D (GAT→GAC) |
pstB ← |
phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,901,121 | 0 | A | G | 100.0%
| 50.6
/ NA
| 16 | D202D (GAT→GAC) | pstB | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (4/12); total (4/12) |
CAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGC > NZ_CP009273/3901046‑3901180
|
cAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTc < 1:205507/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc < 1:147102/90‑1 (MQ=255)
aTAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATc > 2:147102/1‑90 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:129011/90‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGc < 1:243780/90‑1 (MQ=255)
gtgtGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCa > 1:114348/1‑90 (MQ=255)
ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:358357/90‑1 (MQ=255)
caacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 2:65107/90‑1 (MQ=255)
aacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTag < 1:15985/90‑1 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc > 1:152016/1‑79 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGccc < 2:152016/79‑1 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa < 1:248559/83‑1 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTa > 2:248559/1‑83 (MQ=255)
cAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAg < 2:139652/90‑1 (MQ=255)
ctgcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAg < 2:346569/90‑1 (MQ=255)
cATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAgcgc < 1:289828/90‑1 (MQ=255)
|
CAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGC > NZ_CP009273/3901046‑3901180
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901024‑3901215
|
TGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTC < SRR3722091.127869/100‑1 (MQ=60)
ACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTT < SRR3722091.123578/100‑1 (MQ=60)
CAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGC < SRR3722091.208638/100‑1 (MQ=60)
CATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCA > SRR3722091.116085/1‑100 (MQ=60)
ATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAA < SRR3722091.149270/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722091.130956/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATAC < SRR3722091.247572/100‑1 (MQ=60)
GAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAC > SRR3722091.154251/1‑100 (MQ=60)
ctaagatggtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacaGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGT < SRR3722091.191924/59‑1 (MQ=60)
CAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGT < SRR3722091.252480/100‑1 (MQ=60)
AACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTC < SRR3722091.16212/100‑1 (MQ=60)
CATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGT < SRR3722091.294681/100‑1 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGActgtctcttatacacatctgacgctgccgacgaccatcttagtgtaga > SRR3722091.45499/1‑52 (MQ=60)
GTGTAGTCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > SRR3722091.137028/1‑100 (MQ=60)
|
TGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGC > NZ_CP009273/3901024‑3901215
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
