Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,044,281 |
G→A |
18.1% |
intergenic (‑255/+193) |
gcvT ← / ← ubiI |
aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,044,281 | 0 | G | A | 18.1%
| 830.4
/ 173.5
| 321 | intergenic (‑255/+193) | gcvT/ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/122); new base A (26/32); total (164/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.14e-01 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
TTTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGGAGA > CP009273/3044132‑3044430
|
tttGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATCCACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAg < 2:4941238/150‑1 (MQ=255)
ccTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCaa < 2:31206/150‑1 (MQ=255)
ccTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCaa > 1:569274/1‑150 (MQ=255)
cTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAAt > 1:1713135/1‑150 (MQ=255)
gAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAAttt < 2:1333365/150‑1 (MQ=255)
aCTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGa < 2:1345248/150‑1 (MQ=255)
ttACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAAt > 1:5053834/1‑150 (MQ=255)
tACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAAt < 1:1974290/150‑1 (MQ=255)
tACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATa < 2:3873842/150‑1 (MQ=255)
ccaccGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAg < 2:198858/150‑1 (MQ=255)
ccaccGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAg > 1:3196035/1‑150 (MQ=255)
caccGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATaata > 1:3101901/1‑148 (MQ=255)
caccGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGa > 1:514618/1‑150 (MQ=255)
accGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGAc < 2:3346513/150‑1 (MQ=255)
cGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACaa < 2:2166802/150‑1 (MQ=255)
aaCAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAatat < 1:1318611/150‑1 (MQ=255)
aGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTaa > 2:1147225/1‑150 (MQ=255)
gACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAag < 1:1503803/150‑1 (MQ=255)
gACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAag > 1:2982505/1‑150 (MQ=255)
gTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAagagat > 2:4442496/1‑148 (MQ=255)
gTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCt > 1:4418406/1‑150 (MQ=255)
ttAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAACATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTa < 1:2757479/150‑1 (MQ=255)
atAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAACGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTa < 2:2985501/149‑1 (MQ=255)
aaCCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaa > 2:4726989/1‑150 (MQ=255)
aCCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaaa > 1:2075473/1‑150 (MQ=255)
aaaTTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCaaaa > 1:4498633/1‑150 (MQ=255)
aaTTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCaaaaa < 1:4712456/150‑1 (MQ=255)
aTTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCaaaaaa > 2:5035395/1‑150 (MQ=255)
ttGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAac > 1:1988837/1‑150 (MQ=255)
gATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAacac < 2:832362/150‑1 (MQ=255)
atcatcACATTAGCTTATTGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACTATATTAAGAGCTAAATAAATGTCAAAAAACACt < 2:3732776/150‑1 (MQ=255)
tcaCATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAAt < 1:2337322/150‑1 (MQ=255)
cacaTTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATc > 2:3357985/1‑150 (MQ=255)
acaTTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCa < 2:795514/150‑1 (MQ=255)
tttAGATTATGTATAAAAAATGC‑AAAAATCGCGATAGAATAAAAAACAAAAAAATACACCAGTTTCTATACATAGATTATGTGATTAGAAATTCAATTTGAATAATAAAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaa < 1:3032126/149‑1 (MQ=255)
ttAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaaa < 2:2824192/150‑1 (MQ=255)
tAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaaaa > 2:1074533/1‑150 (MQ=255)
gCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAaat > 1:1904803/1‑150 (MQ=255)
tATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAaataat < 1:2868473/150‑1 (MQ=255)
tATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGAAAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGATCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAaataat < 1:4118874/150‑1 (MQ=255)
aTGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCATAAAATACACCAGTTTCTATACATAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATg < 1:2723188/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGc > 1:4797035/1‑150 (MQ=255)
gTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAAAGTCAAAATCCACTAAATCAACAAATAATGGCa > 2:3203270/1‑150 (MQ=255)
ttAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCAt > 2:4607869/1‑150 (MQ=255)
aaaTGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGaa > 1:4197083/1‑150 (MQ=255)
aaTGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATTGCATTAGaaa > 1:838787/1‑150 (MQ=255)
tGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAat < 1:64646/150‑1 (MQ=255)
gC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGACCAAAAAAAATGTCAAACAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAata < 1:1432669/150‑1 (MQ=255)
c‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAatat < 2:662577/150‑1 (MQ=255)
c‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAatat > 1:1824536/1‑150 (MQ=255)
aaaTCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAAt > 1:5077372/1‑150 (MQ=255)
aaTCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATg > 1:214761/1‑150 (MQ=255)
aaTCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATg > 1:723412/1‑150 (MQ=255)
tCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAAAATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCg > 1:405925/1‑150 (MQ=255)
agcgACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGa > 2:4385083/2‑150 (MQ=255)
gcgACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAGGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaa > 1:1010460/1‑150 (MQ=255)
cgACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaa < 1:3881336/150‑1 (MQ=255)
cgACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaa > 1:3187375/1‑150 (MQ=255)
gACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCATTTTCTATACAAATATGATGTGAGGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGAGaaaa > 2:4975917/1‑150 (MQ=255)
gACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaaa > 2:2432590/1‑150 (MQ=255)
gACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACAAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAAAGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATCAGaaaa > 1:4025322/1‑150 (MQ=255)
aCAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAAc > 1:1073692/1‑150 (MQ=255)
aCAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAAAACTAAATCAAAAAAAAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAAc > 2:3903088/1‑150 (MQ=255)
cAGAATAAAAAACCAAAAAATAAACCAGTTAATATACAAAGATTATGTGATTAGAAAGACAATTTGAATAAGACAATAATAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAAAACTAAATCAAAAAAAAATGGCATTAGAAAATATAAAGCGAAATCg > 1:4332213/1‑150 (MQ=255)
aGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATATTGGCATTAGACAATATAATGCGAAAACgg > 2:2102503/1‑150 (MQ=255)
aaaaCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGaa > 2:1857430/1‑150 (MQ=255)
aaaaCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGaa > 2:2981723/1‑150 (MQ=255)
aCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTAAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAAtt < 2:2305588/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAg < 2:1612246/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGt < 2:1458369/150‑1 (MQ=255)
aaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTa < 1:4971459/150‑1 (MQ=255)
aaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTa > 1:2552174/1‑150 (MQ=255)
aaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTAt > 2:2891622/1‑150 (MQ=255)
aaTACAACAGTTTATATACAAAGATGATGTTATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTAt < 1:4245997/150‑1 (MQ=255)
tACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTAttt < 2:4418406/150‑1 (MQ=255)
cacCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCa > 1:1742956/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCaaa < 1:1643167/150‑1 (MQ=255)
tttCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAg > 2:3479981/1‑150 (MQ=255)
tttCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAg < 2:2792718/150‑1 (MQ=255)
cTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaa < 2:308277/150‑1 (MQ=255)
cTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaa < 2:1904893/150‑1 (MQ=255)
tataCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaaa > 1:1245541/1‑150 (MQ=255)
tataCAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaaa < 1:3533932/150‑1 (MQ=255)
ataCAAAGATGATGTAATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaaaa > 2:3867937/1‑150 (MQ=255)
taCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATATTGGAATTAGAAAATATAATGAGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt > 2:2032227/1‑150 (MQ=255)
taCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt < 1:1025433/150‑1 (MQ=255)
taCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt < 1:3734614/150‑1 (MQ=255)
aCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtc > 1:3260224/1‑150 (MQ=255)
aCAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtc < 1:1132310/150‑1 (MQ=255)
cAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtct < 2:817984/150‑1 (MQ=255)
aaaGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtctc > 2:2240121/1‑150 (MQ=255)
aaaGATAATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtctc < 1:457081/150‑1 (MQ=255)
aaGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTcc > 2:5565/1‑150 (MQ=255)
gatgatGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCg > 2:3329656/1‑150 (MQ=255)
tgatgtgatgAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGc < 2:3576947/150‑1 (MQ=255)
tgtgatgAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaa < 2:1864098/150‑1 (MQ=255)
gtgatgAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaaa > 2:4096230/1‑150 (MQ=255)
gaAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCgg > 2:2677606/1‑150 (MQ=255)
gaAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCgg > 2:2852224/1‑150 (MQ=255)
gTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGgaga < 2:2614024/150‑1 (MQ=255)
|
TTTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGC‑AAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGGAGA > CP009273/3044132‑3044430
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
