Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,044,281 |
G→A |
17.3% |
intergenic (‑255/+193) |
gcvT ← / ← ubiI |
aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,044,281 | 0 | G | A | 17.3%
| 512.2
/ 85.3
| 198 | intergenic (‑255/+193) | gcvT/ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/91); new base A (19/15); total (90/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGG > CP009273/3044135‑3044427
|
cTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCa < 2:229483/148‑1 (MQ=255)
tGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCaa > 1:2556203/1‑148 (MQ=255)
gAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAAt > 1:503790/1‑148 (MQ=255)
gAACTTACCACCGAAACAGACTGATAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAAt < 2:2127084/148‑1 (MQ=255)
aaCTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAAtt > 1:2695016/1‑148 (MQ=255)
ttACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGa > 2:2638087/1‑148 (MQ=255)
ttACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGa < 1:1755273/148‑1 (MQ=255)
ttACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGa > 1:3139119/1‑148 (MQ=255)
ttACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGa < 1:1449091/148‑1 (MQ=255)
ttACCACAGAAACAGACTGTTAACCATAATGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGa < 2:2750471/148‑1 (MQ=255)
ccaccGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATa < 1:2216955/148‑1 (MQ=255)
ccaccGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATa < 1:352663/148‑1 (MQ=255)
accGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAg < 2:132467/148‑1 (MQ=255)
gAAACAGACTTTTAACCATAAGGTAAAAATGATCATCACATTATCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGAGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACa < 2:1705957/148‑1 (MQ=255)
aaaCAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACaa < 1:1045734/148‑1 (MQ=255)
aaCAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAat > 1:263761/1‑148 (MQ=255)
aaCAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAat < 2:2194130/148‑1 (MQ=255)
cAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAatat < 2:842668/148‑1 (MQ=255)
cAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAatat > 2:1830674/1‑148 (MQ=255)
cAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAatat > 2:159277/1‑148 (MQ=255)
cAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAatat > 2:2598463/1‑148 (MQ=255)
gACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTa > 1:1137870/1‑148 (MQ=255)
tAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCt < 1:288599/148‑1 (MQ=255)
ccATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaa > 2:696975/1‑148 (MQ=255)
ccATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaa > 2:486560/1‑148 (MQ=255)
cATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaaa > 2:1499855/1‑148 (MQ=255)
aTAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaaaa > 2:2058143/1‑148 (MQ=255)
aTAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaaaa < 1:2446660/148‑1 (MQ=255)
aTAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaaaa < 1:1951914/148‑1 (MQ=255)
tAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTaaaaaa > 2:2865295/1‑148 (MQ=255)
gTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGt < 2:1938036/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCa < 1:3274656/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCa > 1:2921023/1‑148 (MQ=255)
aTTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCaaaa > 2:360199/1‑148 (MQ=255)
tGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCaaaaaa > 2:2225010/1‑148 (MQ=255)
tGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCaaaaaa > 1:1130377/1‑148 (MQ=255)
atcatcACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAaca < 1:206698/148‑1 (MQ=255)
tcatcaCATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAacac > 1:3048263/1‑148 (MQ=255)
tcatcaCATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAacac < 2:3139119/148‑1 (MQ=255)
catcaCATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACt > 2:565314/1‑148 (MQ=255)
atcaCATTAGCTTATTTTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTa < 1:2309466/148‑1 (MQ=255)
tcaCATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTaa < 2:1644954/148‑1 (MQ=255)
acaTTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAAt > 1:157654/1‑148 (MQ=255)
acaTTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAACATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAAt < 1:2785162/148‑1 (MQ=255)
tAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACATAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaa < 2:2489931/148‑1 (MQ=255)
tAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaa < 1:365489/148‑1 (MQ=255)
tAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaa < 1:364504/148‑1 (MQ=255)
aGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaaa < 2:1773008/148‑1 (MQ=255)
gCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCaaaaa > 1:1828897/1‑148 (MQ=255)
ggTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATg > 2:872993/1‑148 (MQ=255)
ttAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGc > 1:632644/1‑148 (MQ=255)
ttAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGc < 2:190093/148‑1 (MQ=255)
tAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCa > 1:1000076/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaTGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCAt < 1:2602548/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaTGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCAt > 1:1676257/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaTGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCAt > 1:235836/1‑148 (MQ=255)
tGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGaaa < 1:2185158/148‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCCACAGAATAAAAAAACAACACATAGACCAGTTACTATACAAAGAAGATGAGAAGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAACAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAAGGGCATTAGAAAatat < 2:1691386/148‑1 (MQ=255)
aaTCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATaa < 1:159277/148‑1 (MQ=255)
aaTCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATaa < 1:1831436/148‑1 (MQ=255)
cgcgACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGc > 1:612584/1‑148 (MQ=255)
aCAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaa > 1:78153/1‑148 (MQ=255)
aCAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaa < 1:2953046/148‑1 (MQ=255)
cAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAACAATGTCAAAAAACACTAACTCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaaa < 2:1898305/148‑1 (MQ=255)
aGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAAc > 2:1060522/1‑148 (MQ=255)
gAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACg > 2:537488/1‑148 (MQ=255)
aTAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGa > 1:2395190/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAgg > 1:552000/1‑148 (MQ=255)
aaaaaCAAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGATAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGt < 2:2035412/148‑1 (MQ=255)
aCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAATATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTTAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAACAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGaaa < 2:636779/148‑1 (MQ=255)
aCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaa < 1:3099536/136‑1 (MQ=255)
aCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGaaa > 2:3099536/1‑136 (MQ=255)
aCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGaaa > 2:2148423/1‑148 (MQ=255)
aCCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGaaa > 1:1384704/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaaaTAACACAGTTTCTATACAAATATGATTTTATTAGAAAATAAATTTTAATAATAAAATATTAAGAGATAAAAAAATTTCAAAAAACACTAAATAAAAAAATAATGTAATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAAt < 2:1123294/146‑1 (MQ=255)
aaaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGt < 2:533075/148‑1 (MQ=255)
aaaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGt > 2:831288/1‑148 (MQ=255)
aaaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGt > 1:862940/1‑148 (MQ=255)
aaaaTACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGAAAATTTGAATAAGAAAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGt < 1:1020769/148‑1 (MQ=255)
aaaaTACACCAGGTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGt < 2:1502148/148‑1 (MQ=255)
tACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCAAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTAt < 1:821567/148‑1 (MQ=255)
acacCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGACAGTAGTTTAtt > 2:2615968/1‑148 (MQ=255)
ctgTTTCTATAAAAAGATTATGTGATGATAATGAAATTTTTAATAAGAAAATATAAATAGCAAAAAAATTGTCAAAAAACACTAAATAAAAAAATAATGGAATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCaa < 1:2031431/146‑1 (MQ=255)
gTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAAt < 2:2921023/148‑1 (MQ=255)
tttCTAAACAAAGATGATGTGATGATAAAGTCAATTTTAATAATACAATATTAAGCGCTAAAAAAATCTAAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATg < 1:2314012/148‑1 (MQ=255)
ttataaaCAAACATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGa < 2:3049116/142‑1 (MQ=255)
tCTATACAAAGATGATGTGATGATAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAg < 2:621060/148‑1 (MQ=255)
tataCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGa > 2:1196825/1‑148 (MQ=255)
taCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaaa > 1:3282194/1‑148 (MQ=255)
taCAAAGATGATGTGATGAGAAAGACAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaaa < 2:3082510/148‑1 (MQ=255)
cAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt > 2:1023963/1‑148 (MQ=255)
cAAAGATGATGGTTTGAGAAAGTCAATTTCAATAATACAATATAAAGAGAAAAAAAAATGAAAAAAAACAAAAAAACAAAAAATAATCGAATTATAAAATATAATGCCAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt < 1:2772834/148‑1 (MQ=255)
aaaGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtc > 2:1228402/1‑148 (MQ=255)
aaaGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtc < 2:2334892/148‑1 (MQ=255)
aaGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtct > 1:340295/1‑148 (MQ=255)
atgaTAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaaaa < 2:1433256/148‑1 (MQ=255)
gagaAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaaaaaa > 1:1530642/1‑148 (MQ=255)
gagaAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaaaaaa > 1:1530160/1‑148 (MQ=255)
aaaGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCg < 2:157654/148‑1 (MQ=255)
aGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCggg > 2:2093146/1‑148 (MQ=255)
|
GCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGG > CP009273/3044135‑3044427
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
