Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
127 |
310.1 |
10402230 |
94.2% |
9798900 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,910 |
G→T |
15.0% |
R434I (AGA→ATA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,910 | 0 | G | T | 15.0%
| 485.0
/ 5.6
| 180 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/94); new base T (11/12); total (73/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTG > CP009273/2463763‑2464058
|
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 2:3924992/149‑1 (MQ=255)
aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 1:3814937/149‑1 (MQ=255)
aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 1:3814934/149‑1 (MQ=255)
tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 2:4311400/149‑1 (MQ=255)
tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTTTTTTTTAAAAAATTaaaaaaaaaa > 2:876950/1‑147 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACaa > 1:4754393/1‑149 (MQ=255)
atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTTAAATAAATAAAAGAAATAAAGAAAAAAg > 2:4106977/1‑149 (MQ=255)
atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAATACAAAAg > 2:3409923/1‑149 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCg < 2:5063090/149‑1 (MQ=255)
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tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAAAAAACAAGACAAAATCCATGTAAATCa > 2:179315/1‑149 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAGAAAAAAAGACAAAATAGATGTAAATCACaaa > 2:4666566/1‑149 (MQ=255)
tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 2:1595599/149‑1 (MQ=255)
tttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAAAAAACACAAAATCGATGTAAACCACGAAttttt > 2:3827591/1‑148 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaa < 1:2110408/149‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:161838/149‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:4187123/149‑1 (MQ=255)
ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 2:143694/149‑1 (MQ=255)
ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAt < 2:2734549/149‑1 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgc < 2:4763086/149‑1 (MQ=255)
ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCATTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgc < 2:2152725/149‑1 (MQ=255)
gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAATAATTAAAATAAAAAAAAACAAAAACCAAGTAAATCAAAAAATTTTAAtttag > 1:4522501/1‑146 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgc < 2:2254969/149‑1 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTTTTTATAAAATAAATAAAATAAAAAAAAACAAAAGCGAGGGAAAGAACTAAGGTTAAATTtcgcg > 1:2415079/1‑149 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAAACAAAAAAAAAGCGATTTTAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGc‑c > 2:3000420/1‑149 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAAt < 1:904460/149‑1 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTTCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCAt < 1:1255977/149‑1 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCAt < 1:1255162/149‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGTCAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATgg < 2:3485629/149‑1 (MQ=255)
tttAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATAAATACAATATCGATGTAAATCACTAAATTTTAATTTCGCGC‑CCAAAAAGgcgcg > 2:2912932/1‑149 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTAAATCAAAAAATTTAAATTTAGGGC‑CAAACAGAGCGCGCCCaa > 1:3796025/1‑149 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAAATATAAAAAAAATAAAATAAAAAAATACAAAACAGAAGTTAACCACAAAAGTTAAAATTAGCGC‑CAAACAAAGCGCGcaccaa > 2:2310605/1‑146 (MQ=255)
tttatttGTAATTTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 2:3544118/149‑1 (MQ=255)
tttttGGATTGTATTTTTCGTTCGAACTTTGCTTACACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATCGCGTTTTAAAGCACTATTTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 1:1601742/147‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:5021495/149‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:5021838/149‑1 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAATAAAAAAAAAAAATAAATTAGTAAATCACGAAATTTAAATTTATCGCGCAGACA‑GGCGCGCACAAGATaaaata > 1:848257/1‑149 (MQ=255)
tatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTGTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1095175/149‑1 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 2:1047069/149‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:1046386/149‑1 (MQ=255)
tttttttttCGTTCGACCTTTGGTTATACATAACAGTGGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGAAAATAGCGTTTTAAAGCACTATTTTTAAATGGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 1:3169563/145‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTaa < 1:4586822/149‑1 (MQ=255)
tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTAAAAAAAAATTCAAAAAAAAAAAGACAAAAACGATTGAAAACACAAATTTTAAATTTGGCGC‑CAAAAATGTCGCGCACCAGCTATAAAACAAACCaaa > 2:2843076/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:2848352/149‑1 (MQ=255)
ttctttctACATTTGCTTATACATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGAACTAATTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:3761453/149‑1 (MQ=255)
ttcgttctACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:4435027/149‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGC‑AAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:1829972/149‑1 (MQ=255)
tcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcct < 2:1150930/149‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:5194687/149‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 1:2731756/149‑1 (MQ=255)
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tcgACCTTTGCTTATACATAACATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:1591553/149‑1 (MQ=255)
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cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTCAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:1851927/149‑1 (MQ=255)
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tttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:1706390/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 1:2990685/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 1:403940/149‑1 (MQ=255)
tGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:1178418/149‑1 (MQ=255)
tataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 2:2028893/149‑1 (MQ=255)
cATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtc < 2:1632580/149‑1 (MQ=255)
gTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGAt < 1:3409923/149‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 1:4433057/149‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 2:4857222/149‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 2:339519/149‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:282592/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:2305317/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATAAAAAAAATAATTAAAAAAAAACAACACAATCGCGATGTAAACCACTAAGTTTAAATTGCGCCC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:2606749/149‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTAAAAAATAATTCAAATAAAACAAGACAATACCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 2:3981970/149‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt > 1:273195/1‑149 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg > 1:69775/1‑149 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGTTGTAACGCACTAAGTTTAAATGGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 1:575540/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 2:1734108/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:430492/1‑149 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 1:4843206/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt > 2:3591672/1‑149 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:4522501/149‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:1086708/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAAGTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt < 2:2647931/149‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:487635/149‑1 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATATCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:4515016/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3538526/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3537888/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:3502544/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:1139252/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:344807/149‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:4001128/1‑149 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:3261676/1‑149 (MQ=255)
taaaaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:3136432/146‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1220357/149‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:369617/1‑149 (MQ=255)
cAAAGAAATCAACACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:907439/149‑1 (MQ=255)
aaaataaatCAATACAATAGCGATTTAAAGAAATAATTTAAACGTGCGCGC‑CAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:908115/148‑1 (MQ=255)
aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:1107311/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 2:4742178/149‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:4245188/1‑149 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:1700558/1‑149 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 1:966642/1‑149 (MQ=255)
aGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 2:1833716/149‑1 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:4088469/1‑149 (MQ=255)
|
TATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGC‑CAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTG > CP009273/2463763‑2464058
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
