Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,910 |
G→T |
19.1% |
R434I (AGA→ATA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,910 | 0 | G | T | 19.1%
| 413.7
/ 7.8
| 179 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/91); new base T (16/11); total (77/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCC > CP009273/2463766‑2464056
|
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:129221/148‑1 (MQ=255)
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:3239096/148‑1 (MQ=255)
tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAAAAAataaaataaaa > 2:657477/1‑147 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:2630524/148‑1 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:2603432/148‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTTAAAAAAATAaaaaaaaaaaa > 1:2827027/1‑145 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCaa < 2:2402080/148‑1 (MQ=255)
ttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATAAAATAATTaaaaaaaaaaaa > 1:140484/1‑144 (MQ=255)
tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAg < 2:1627120/148‑1 (MQ=255)
tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAc < 2:1301054/148‑1 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACa < 2:484979/148‑1 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATaaaaaaaa > 2:736745/1‑143 (MQ=255)
gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:2261457/148‑1 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAGaaaaa > 2:294002/1‑147 (MQ=255)
ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAg < 1:1946872/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAACAATAGAGATG‑TAAAGCa > 2:1325869/1‑148 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATAAAAACAAAACAGATG‑TAAACCAca > 2:3202898/1‑147 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATTAAAAAATTGAAATAAATAAATAAAAAATAGCTG‑TAAAGcgag > 1:2473742/1‑145 (MQ=255)
gtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTaa < 2:1607998/148‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGt < 2:2497419/148‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGtt < 1:1078722/148‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTa < 1:923591/148‑1 (MQ=255)
ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTa < 1:3186007/148‑1 (MQ=255)
tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTaa < 1:2320192/148‑1 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTTAAAAAATTAAAAAAAATAAAAACAAAATCGATG‑TAAAGAACtaaatttaaatttag > 1:492063/1‑145 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgcgc < 1:1312747/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgcgc < 1:1312798/148‑1 (MQ=255)
aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTgcgcgc < 1:294002/148‑1 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCa < 2:1730134/148‑1 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCa < 2:1730330/148‑1 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAGAAATAAAGAAAAAATCCCTT‑TAAAGCACGAAGTTTTAATTTAGCGccca > 2:3212939/1‑146 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATg < 1:2862411/148‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAATACAAT‑TAAAAAACAAATTTTAAAATTCGCGCCAAACAAGgcg > 2:820152/1‑148 (MQ=255)
tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcgcgc < 2:2879299/148‑1 (MQ=255)
tAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGgcgcgc < 2:611658/148‑1 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTAAAAAAAATAAAATAAATCAAGAAAAAAACGATG‑TTAAGCAAAAAGGTTATATTTAGCGCCAAAAAGGGCGCCCACaa > 1:1667237/1‑148 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTTTAAAATAATTGAAATAAAAAAAAACAAAATCGATG‑TAAATCAAAAAGTTTTAATTTCGCGCCCAGCATGGCGCGcaccacc > 1:3013022/1‑144 (MQ=255)
gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAGATT‑TAAAGCAAAAAGTTTAAATTTTGCGCCAAAAAATGCGCGCACaaaca > 2:1027520/1‑145 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTAATTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCGG‑TAAAGAAATAAATTTTAATTTAGGGCCCATCAATGCGCGCCCaaccaa > 2:7856/1‑144 (MQ=255)
ttatttGTAATGTATTTTTCGTTCGACTTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataa < 1:2360114/148‑1 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTataata < 2:1880832/148‑1 (MQ=255)
ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑GTTTTTTATTTATAAAATAATTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAAGATG‑TTAAGAACTAATTTTTAATTTGGCGCCCAACCTGGGGCGGCCAAGCAATAATAca > 1:3310456/1‑147 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCATTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCa < 2:834918/148‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAACAAAATCGAAG‑TAAAAAAAAAAATTTAAATTTAGCCCCAATAAATTGGCGCAACAGCTAAAATAACAAcc > 2:711125/1‑148 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAAATATTCAAATAAATAAAGAAAAAATCCTTG‑TAAATCACAAAGTTTAAATTTAGCGCCAATCATGTCGCGCCCAACCGATAAAAACAAccc > 2:2404542/1‑147 (MQ=255)
aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAGACAAAATCGATG‑TAAATCACTAAGTTTAAATTTGGCGCCCATCAATGCGCGCCCCACATAAAATAACAAcca > 2:745029/1‑147 (MQ=255)
tttttttCGTTCGACATTTTATTATAAATAACTTTTTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGAAAATCGCTATT‑TAAAGCACTATTTTTAAATGGCGCGCAAATCATGGCGCCCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:1146249/146‑1 (MQ=255)
ttttCTTTCGACATTTGATTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:1102851/148‑1 (MQ=255)
ttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtc < 1:1103146/148‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATT‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 1:154672/148‑1 (MQ=255)
ttcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATAAAAAAAAAAGCCATGTTAAAACA‑AAATGTTAAATTTCGCCCCAAAAATTGCGCGCAAAACCCATAAAAAAAACCAAAtttatg > 2:2133066/1‑145 (MQ=255)
ttcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 1:2995400/148‑1 (MQ=255)
cgACCTTTGTTTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATATTTCAAATAAATAAATAAAATAGCTATG‑TAAACAAATAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:1863733/148‑1 (MQ=255)
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ccTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAACAAGACAAAAGGGTAG‑TAAAGCCCTAAGTTTAAATTGCGCGGCAAAAATTGCGCGCACAACCGATAATAAAAACCAAAATTTTCCTACTCTTa > 2:2704628/1‑148 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATCAAGAAAAAAGCGATG‑TAAATCAATAATTTTAAATTTAGCGCCAATCATGGGGCGCACCAGCTATAAAACCAACCAAATTTCTACTACTCGTag > 2:2758250/1‑148 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTAAAAAAAAAATAAAAGAAAACAAGACAAAATCCATT‑TAAAGCACGAAGTTTAAATTGCGCGCCAAACATGTCGCGCACAACCTATAATACCAACCAAAATTAACCTCCTCTTag > 2:1107457/1‑148 (MQ=255)
cTTTGATTATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:2736168/148‑1 (MQ=255)
ttGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAACACAATAGCTATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 1:1811246/148‑1 (MQ=255)
gattATACATAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:2425621/146‑1 (MQ=255)
cTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGa < 1:2451063/148‑1 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGAAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACta < 1:2029254/148‑1 (MQ=255)
tAACAGTCTT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATG‑TAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 1:2562733/148‑1 (MQ=255)
aGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTg < 2:1225696/148‑1 (MQ=255)
gTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGa < 2:555439/148‑1 (MQ=255)
cGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTTGAGTGACTATATCTCCTGATa > 2:1309253/1‑148 (MQ=255)
cGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACGATATCTCCTGATa > 2:1309774/1‑148 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:1914931/1‑148 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:831850/148‑1 (MQ=255)
t‑ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2742279/148‑1 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCCATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:1467860/1‑148 (MQ=255)
ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:2108446/148‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt > 2:823589/1‑148 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt < 2:3013022/148‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc > 2:387954/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:2114054/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:3067025/1‑148 (MQ=255)
tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt > 2:1515250/1‑148 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg > 2:639604/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATG‑TAAAGCACTACGTTTAAATTGCGCGCCAATCAGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:1767646/148‑1 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:668230/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:2770409/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 1:3293461/148‑1 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATT‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:3202992/148‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACt > 1:3266903/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:744588/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:2106872/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 2:1258769/1‑148 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:744575/1‑148 (MQ=255)
atTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:638699/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2417141/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:2812859/1‑148 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:2230094/1‑148 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2178949/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:822282/148‑1 (MQ=255)
cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 1:2919492/1‑148 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:272359/1‑148 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc < 1:736745/148‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATCGCGATG‑TAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCATTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:2598078/148‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:1541886/148‑1 (MQ=255)
|
CTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCC > CP009273/2463766‑2464056
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
