Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,910 |
G→T |
13.7% |
R434I (AGA→ATA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,910 | 0 | G | T | 13.7%
| 571.6
/ 7.9
| 205 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/113); new base T (14/13); total (79/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTG > CP009273/2463762‑2464058
|
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 1:135595/149‑1 (MQ=255)
aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaa < 1:2817157/149‑1 (MQ=255)
aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTTTTTTTAAAAAAAATAaaaaaa > 1:4776006/1‑149 (MQ=255)
aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTataaaaaaaataaaaaaa > 1:2706037/1‑149 (MQ=255)
tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:588997/149‑1 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGAGTTTTTTTTTTATAAAATAAATAAAATAAAAAAAAACaa > 1:4545200/1‑149 (MQ=255)
aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATa < 2:2264321/149‑1 (MQ=255)
atatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAg < 2:4816793/149‑1 (MQ=255)
atCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAATACaaaatct > 2:3808873/1‑144 (MQ=255)
ttttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTaaa < 1:3488472/149‑1 (MQ=255)
tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑a < 1:2682602/149‑1 (MQ=255)
tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAATAAAAAAGCGATTTAAATC‑a > 2:2593626/1‑149 (MQ=255)
tgtgTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACt < 2:962484/149‑1 (MQ=255)
gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAATTAAAAAAAATAAAGACAATAACGCTTTAAATC‑Acca > 2:3771741/1‑147 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATTTAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATTCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGtt < 1:5128786/149‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGtt < 1:4113340/149‑1 (MQ=255)
cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGAATTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGtt < 1:4113296/149‑1 (MQ=255)
gtCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAAt < 1:1908842/148‑1 (MQ=255)
ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAATAATTAAAAAAAAAAAAAACAAAATAGAAGTAAATA‑ACAAAGTTTaaaaatcgg > 1:2140208/1‑143 (MQ=255)
aaGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGATTTAAATA‑AATAAATTTAAATTtagcgc > 1:4289891/1‑149 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATCAAAAAAATCAAGACAATATCGATTTTAATC‑AATAAGTTTTAATTTAGCGCCaa > 2:4573640/1‑149 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAAt < 2:2115235/149‑1 (MQ=255)
atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAATAAATAAAGACAAAAGAGATGTTAAGC‑ACTAATTTTTAATTTAGCGCCact > 1:795702/1‑147 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCa < 1:2584585/149‑1 (MQ=255)
taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAAAAGACAAAAGCCATGTAAAGC‑ACAAACTTTAAATTGCGCGcccaacaa > 2:1643651/1‑143 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACTTAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:716945/149‑1 (MQ=255)
gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:3708935/149‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAATCAAAACAAAAAAGATGTAAATC‑ACGAAGTTTTTATTTAGCGCCGAGCATGgggc > 1:2016790/1‑149 (MQ=255)
caagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTGTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGAGGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATGGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAg < 2:523518/149‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAAAAAAGACAAAAGCGATGTAAAGC‑ACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATACTGGGGCGCCCCAGc > 2:4712956/1‑149 (MQ=255)
atttatttGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACTGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 1:5150685/149‑1 (MQ=255)
atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCtata < 2:2939634/149‑1 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGCTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAAAATAAAATATAGATTTTAAGC‑ACTAATTTTTAAATTAGCGCCCCGCAGGGCGCGCACAAGCAataa > 1:2164687/1‑149 (MQ=255)
tttGGATTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACTGTCTTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑AATATGTTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAcc < 1:2790538/149‑1 (MQ=255)
tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCaa < 2:4325621/149‑1 (MQ=255)
ggAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAAAAGCGCTGTAAAGC‑ACAAAGTTTTAATTTGGGGCCAAGCAAGGCGCGGCCAAACAATAATaacaac > 1:3438962/1‑149 (MQ=255)
gTATTTTTCTTTCGACCTTTTATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGACAATAGCGTTTTAAAGA‑AATAATTTTAAATTGGGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:489036/149‑1 (MQ=255)
gTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATAAATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 2:4018901/149‑1 (MQ=255)
tATTTTTCTTTCGACCTTTGATTATAAATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATACAAATAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAATTTGCGCGCCATTAATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:4013927/149‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 1:1587635/149‑1 (MQ=255)
ttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAAATAATAAAAAAGCGATGTTAAGA‑ACTAAGTTTTAATTTAGGGCCCAACATTGCGCGCCCAAGCAATAATAACAAACAAAtttat > 2:2282540/1‑147 (MQ=255)
cgttcgACCTTTGCTTATACATACCAGTCGTTATTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctc < 2:1303478/149‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:4864721/149‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:2706037/149‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:4394557/149‑1 (MQ=255)
ggtcgACCTTTGCTTATACCTAACCGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:4624549/147‑1 (MQ=255)
ttcgACCTTTGCTTATAAATAACATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 1:4103203/149‑1 (MQ=255)
tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:4182840/149‑1 (MQ=255)
tcgACCTTTGCTTATACAGAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 2:51007/149‑1 (MQ=255)
gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAAAAAGACAAAATCGATGTAAAGC‑ACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAAAAAAGGCGCGCCCAAGCAAAAATAACAACCAAATTTatccaccacat > 2:3452883/1‑145 (MQ=255)
aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATTAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTa < 2:4296483/149‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATTAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTa < 2:2657025/149‑1 (MQ=255)
ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAACAAAAAAAGACAAAAGCGGTGTAAATC‑ACAAACTTTAAATTGGGCGCCACACATGGCGCGCCCAAGCTAAAATAACAACCAAAATTATCCACCACTTag > 2:3979364/1‑149 (MQ=255)
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ttATAAATAACATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTGAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACt < 1:712766/149‑1 (MQ=255)
tataCATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAAAAATACAAATAAAAAAAAACAAAATAGATGTAAAGCAAAAAATTTTAAATTAC‑CGCCAAAAATGGCGCGCCCCACCTATAATAAAGACCAAATTTCTACACCACTTAgagagaaaa > 2:2367236/1‑146 (MQ=255)
ataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGACAATAGCTATTTAAAGA‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGATATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtat < 1:101195/149‑1 (MQ=255)
taaaTAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 2:4545167/146‑1 (MQ=255)
aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTcc < 1:1699887/149‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAGAAAAAAGCGATGTAAATC‑ACAAAGTTTAAATTGCGCGCCCAAAAAGGCGCGCACAAGCAAAAATAACAAACAAAATTATACACCACTTAGAGTGACTATATATCCAGa > 2:3219965/1‑149 (MQ=255)
cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAg < 1:972144/149‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:4141033/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:468798/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 1:3069827/1‑149 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCGCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:1200621/1‑149 (MQ=255)
ttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:2593640/149‑1 (MQ=255)
tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTATGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGc < 1:543744/149‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 1:2544067/149‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 2:3124646/149‑1 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATCTCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:2808393/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:3717662/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:1133189/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 2:3292652/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:3604642/149‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAtt < 2:1567665/149‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa < 2:2157987/149‑1 (MQ=255)
ataAAATAATTCAAAGAAATCAAAACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGACTTGCGGTATTGa > 1:4522245/1‑149 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 2:420496/1‑149 (MQ=255)
taAAATAATACAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:2772850/149‑1 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 2:3684348/1‑149 (MQ=255)
aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 2:1088225/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTCTTGACTATc > 1:2093186/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 1:2093108/1‑149 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:2854738/1‑149 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:3778085/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa > 1:1921511/1‑149 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 2:419171/149‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 1:3201923/1‑149 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaatt > 2:4710306/1‑147 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:2950125/149‑1 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg < 2:1806623/149‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:985812/149‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:501970/149‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:2105722/149‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 2:1010391/1‑149 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 1:233516/1‑149 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 2:1473109/149‑1 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:563902/1‑149 (MQ=255)
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gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg > 2:2051652/1‑149 (MQ=255)
|
GTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGC‑ACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTG > CP009273/2463762‑2464058
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
