Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,463,910 |
G→T |
11.8% |
R434I (AGA→ATA) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,463,910 | 0 | G | T | 11.8%
| 631.7
/ 3.3
| 250 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/140); new base T (26/4); total (102/148) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCT > CP009273/2463763‑2464057
|
taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAg > 2:2675338/1‑148 (MQ=255)
tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAATTaaaaaa > 1:2086613/1‑148 (MQ=255)
tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTataaaataaataaaataa > 1:2806791/1‑148 (MQ=255)
ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATATAAAAATTAAAATaaa > 2:1583694/1‑148 (MQ=255)
tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATATGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAAATTATAAAATAATTAAAAGaata > 2:566854/1‑146 (MQ=255)
ctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATc < 2:2827121/148‑1 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:2145245/148‑1 (MQ=255)
tttttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCa < 2:3221629/148‑1 (MQ=255)
ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACa < 2:2027946/148‑1 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAATAAAAAAAAAAAAGaaaaaaacc > 1:1122669/1‑143 (MQ=255)
tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAGaaaaaaaac > 1:2456290/1‑143 (MQ=255)
tcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATAAAGAAAATatagat > 2:2371087/1‑143 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTAATTTTAAAATAATTAAAAGAAATaaataaaatatagaat > 2:1973392/1‑142 (MQ=255)
cAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 2:2123809/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGt < 1:3627878/148‑1 (MQ=255)
tttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTaaa < 1:3498052/148‑1 (MQ=255)
aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCa < 1:3368352/148‑1 (MQ=255)
tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACCATGTAAATCACAAAg > 1:640983/1‑148 (MQ=255)
tCGGGGAATGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAt < 2:2465463/148‑1 (MQ=255)
tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAt < 2:831436/148‑1 (MQ=255)
cGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAtt < 1:877282/148‑1 (MQ=255)
gAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATTTAAATAAAAAAA‑TTTAAAtttagc > 1:937472/1‑144 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTGAAAGAAAAAAAAACAATAGCGATGTTAATCACTAAG‑TTTAAAATTCGCGCCa > 2:3468979/1‑148 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCa < 2:2914064/148‑1 (MQ=255)
gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCa < 2:792584/148‑1 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTTTAAAATAATTAAAATTAATCAAGAAAAAAGAGATGGTAAGCACAAAG‑TTTTTATTTCGCGCGaaac > 2:3321336/1‑146 (MQ=255)
ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAAGAAATAAAGAAAATAGAGCTGTTAATCACTAAT‑TTTAAATTTGGCGGCaaaa > 2:3649753/1‑146 (MQ=255)
agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAATAAAAAAGCGATGTAAAGAACTAAG‑TTTAAATTGGGCGCCaataat > 2:2238064/1‑148 (MQ=255)
agcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATTAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAATATCGGAGTAAAGAACTAAGTTTTAAATTAGGGGCCAAACATggggggcc > 2:2263292/1‑142 (MQ=255)
gcaagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGcaca < 1:1247150/148‑1 (MQ=255)
aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAATAAAACAAGACAAAATCGAAGTTAATCAAAAAG‑TTTTAATTTGGCGCCCAACATTGCGCGCCCaaa > 2:2410644/1‑147 (MQ=255)
agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGc < 2:515741/148‑1 (MQ=255)
agaatttatttGTAATTTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAAAATTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGc < 1:3753456/145‑1 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAAAAAATAAAGATGTAAATAAAAAAG‑TTTAAATTTAGCGCCAAACAAGGCGCGCACAAGCtc > 2:2906351/1‑147 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAGAAAAAAACCATTTAAAACACAAAG‑TTTATATTTCGCGCCCAAAATTGCGCGCACAAGCta > 2:1558287/1‑148 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATAAAAAAAAAAGCGCTGTAAAGCCCGAAG‑TTTTAAATGAGCGCCAAAGAAGGCGCGCACAAGcaa > 2:1558162/1‑146 (MQ=255)
caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAATAAATAAAAAAAATAACGATTTAAAGCACAAAA‑TTTAAATTTCGCGCCAAAAAAGGCGCGCACaaacaa > 2:1247584/1‑144 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAATAAACACAATAAAGAAGTAAAAACAAAAC‑TTTAAATTTGGCGCCAAACATTGCGCGCACAACCgata > 2:354561/1‑148 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAACAAATAAAAACAAAAAAGCAGTAAAGAAAAAAC‑TTTATATTGCGCGCCAATAAATGCGCGCCCaaccaaaa > 2:732576/1‑142 (MQ=255)
tttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAATTCAAAAAAATAAAAAAAAAAGCGATTTAAATCACTAAG‑TTTAAATTTCGCGCCCATCATTGGGCGCACAAGCtaaa > 2:3392720/1‑146 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAAATAAAATAAAAAAAGACAAAATCGAAGTAAATAAAAAAT‑TTTTAATTTAGCCCCAATAATTGCGCGCACAAGCGataata > 2:2741406/1‑148 (MQ=255)
atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAATACAAAAGCGATTTAAAGCACTAAG‑TTTAAAATTGGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCAataata > 2:2239935/1‑148 (MQ=255)
ggattttATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAATTTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCaa < 1:1272845/142‑1 (MQ=255)
gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAATAAATAAAGAAAAAAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTTCGCGCCCATCAAGGCGCGCCCAACCGCTAATACCAAc > 2:2476365/1‑148 (MQ=255)
tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:1927223/148‑1 (MQ=255)
tttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:1905727/148‑1 (MQ=255)
tctttcgACCTTTGATTATAAATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 2:1321986/145‑1 (MQ=255)
tcgttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:255912/148‑1 (MQ=255)
tcgttatACCTTTGATTATAAATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcc < 1:2319246/148‑1 (MQ=255)
tttcgACATTTGATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAACAAAAAAAGAAAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctc < 1:1968950/147‑1 (MQ=255)
gttctACCTTTTCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctc < 1:3055164/148‑1 (MQ=255)
gttcgACCTTTGATTATAAATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATGTAAAGCACTAAT‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctc < 1:1967507/148‑1 (MQ=255)
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ccTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTGAAATAAATCAATAAAATAGAGATGTAAATCACTATG‑TTTAAATTTGGCGCCCATCAAGGCCCGCACCAGCTATAATACCAACCAAATTTATACACCTATTa > 2:2536279/1‑148 (MQ=255)
cTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAATAAATACAAAATCGATGTAAATCAATAAT‑TTTTAATTTCGCGCCAAACCTGGCGCGCACAAGCGATAATAACAAACGAATTTATCCTCCGCtttg > 2:3767403/1‑146 (MQ=255)
cTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAAAAAATACAATATCGGTGTAAAGAACTAAG‑TTTAAATTTCGCGCCAATAATTGCGCGCCCCACCAATAATAACAACCTAATTTATACTCCACTTATAGTgg > 2:3481317/1‑147 (MQ=255)
attATAAATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAT‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGa < 1:1826564/147‑1 (MQ=255)
taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAATACAAAATCGATTTAAATCACAAAC‑TTTAAATTTCGCGCCAAAAATGGCGCGCACAAACAATAATAACAACCAAAATTATCCAACCCTTAGAGGGACtat > 2:3170997/1‑148 (MQ=255)
aCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtata < 2:3096543/148‑1 (MQ=255)
aaCAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 2:1420200/148‑1 (MQ=255)
cAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCt < 1:3653634/148‑1 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 1:2775051/148‑1 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:2870962/1‑148 (MQ=255)
tttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa < 2:2759752/148‑1 (MQ=255)
tattttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCACCCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 2:3792037/146‑1 (MQ=255)
tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTgag > 2:81198/1‑146 (MQ=255)
aTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 2:697660/1‑148 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 1:1575097/148‑1 (MQ=255)
tttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 2:1798350/148‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt < 1:102838/148‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 1:270083/1‑148 (MQ=255)
ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTAt > 1:468953/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:1728843/1‑148 (MQ=255)
taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 2:3506345/1‑148 (MQ=255)
aaaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTATG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc < 1:3228695/148‑1 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:2484766/1‑148 (MQ=255)
aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAAGCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:468953/148‑1 (MQ=255)
ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:2762692/1‑148 (MQ=255)
taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc > 2:932872/1‑148 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa < 1:89891/148‑1 (MQ=255)
aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:532571/1‑148 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATCGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATGGCGCGCCAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:1017351/148‑1 (MQ=255)
atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:392767/148‑1 (MQ=255)
ttCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa > 2:3316143/1‑148 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGACTTGCGGTATTGACTATCaact > 2:2163391/1‑146 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:3192339/1‑148 (MQ=255)
tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt > 2:3057880/1‑148 (MQ=255)
aaggAATTCAAGACAATAGCGATGTACAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 2:2634925/145‑1 (MQ=255)
aaaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:709535/148‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:2571824/1‑148 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:2408172/1‑148 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc < 2:648341/148‑1 (MQ=255)
aaGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc < 1:3389125/148‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 1:26975/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:1378879/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:183887/148‑1 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 1:1610563/1‑148 (MQ=255)
aGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc > 2:2077164/1‑148 (MQ=255)
gAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 2:858403/148‑1 (MQ=255)
|
TATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCT > CP009273/2463763‑2464057
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
