Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,258,871 |
G→T |
88.2% |
L173I (CTC→ATC) |
tdcB ← |
L‑threonine dehydratase, catabolic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,258,871 | 0 | G | T | 88.2%
| 381.8
/ 52.1
| 161 | L173I (CTC→ATC) | tdcB | L‑threonine dehydratase, catabolic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/8); new base T (66/76); total (77/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
AGTGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAA > CP009273/3258724‑3259014
|
aGTGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATagag < 2:2426251/148‑1 (MQ=255)
tGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGatat < 2:468954/148‑1 (MQ=255)
aagaagCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTc < 2:2051443/148‑1 (MQ=255)
gaagCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCa > 2:563011/1‑148 (MQ=255)
ccgccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAt > 1:368344/1‑148 (MQ=255)
ccgccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAt > 1:368335/1‑148 (MQ=255)
cgccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAtt < 1:1315180/148‑1 (MQ=255)
gccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAttt < 1:807817/148‑1 (MQ=255)
gccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAttt < 1:808621/148‑1 (MQ=255)
gccAGGCCGTGAACGTAGTCAGACTGTACGCCAATACCACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAttt < 1:2325062/148‑1 (MQ=255)
ccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTc > 1:1403014/1‑148 (MQ=255)
ccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTc < 2:3037829/148‑1 (MQ=255)
aTGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCa > 2:1742688/1‑148 (MQ=255)
tGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCAGAGATATCTTCCATAATTTCCAg > 2:1197862/1‑148 (MQ=255)
gCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGa > 1:2439810/1‑148 (MQ=255)
gTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCa < 2:1879590/148‑1 (MQ=255)
tGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCaa > 1:970139/1‑148 (MQ=255)
tGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCaa < 2:2193789/148‑1 (MQ=255)
gAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAAt > 2:3092905/1‑148 (MQ=255)
actttttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCg < 2:1270406/145‑1 (MQ=255)
aCGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCg < 2:1270580/148‑1 (MQ=255)
aCGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCg < 1:3154680/148‑1 (MQ=255)
aCGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCg < 2:1221555/148‑1 (MQ=255)
gTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGtt < 2:2410235/148‑1 (MQ=255)
ttttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTc < 2:2195713/148‑1 (MQ=255)
tttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTcc < 1:1991109/148‑1 (MQ=255)
tttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTcc > 2:2992262/1‑148 (MQ=255)
tttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTcc > 2:3275534/1‑148 (MQ=255)
gACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCATTTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGc < 2:1663696/148‑1 (MQ=255)
gACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGc > 2:2278737/1‑148 (MQ=255)
tGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAg > 1:507078/1‑148 (MQ=255)
cGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAAt > 2:891400/1‑148 (MQ=255)
cGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAAt > 2:2398665/1‑148 (MQ=255)
gCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATc < 2:370389/148‑1 (MQ=255)
ccAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCACTTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATcc > 1:3173508/1‑147 (MQ=255)
cAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCAc > 1:40499/1‑148 (MQ=255)
aaTAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACt > 2:970120/1‑148 (MQ=255)
aaTAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACt > 1:3022103/1‑148 (MQ=255)
acacGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCg < 1:1197862/148‑1 (MQ=255)
acacGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCg < 1:1198087/148‑1 (MQ=255)
aaTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatca < 2:3045414/148‑1 (MQ=255)
aaTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatca > 1:1804006/1‑148 (MQ=255)
aaTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatca < 2:479399/148‑1 (MQ=255)
aTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatcat < 2:1490845/148‑1 (MQ=255)
tCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTa > 1:1251177/1‑148 (MQ=255)
cGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTaa < 1:280236/148‑1 (MQ=255)
gTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGt < 1:561286/148‑1 (MQ=255)
aaTAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTggg < 1:676460/148‑1 (MQ=255)
aTAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGa < 1:325365/148‑1 (MQ=255)
aTAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGa < 1:17887/148‑1 (MQ=255)
aGATTTAAGTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATa < 2:2608130/148‑1 (MQ=255)
aTTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATaaa > 1:2415217/1‑148 (MQ=255)
aTTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATaaa < 2:207414/148‑1 (MQ=255)
aTTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCACTCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATaaa > 2:3164784/1‑148 (MQ=255)
tttAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATaaaa < 2:83646/148‑1 (MQ=255)
tttAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATaaaa > 1:2714879/1‑148 (MQ=255)
aaTTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATa < 2:410117/148‑1 (MQ=255)
tGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACgg < 2:1399955/148‑1 (MQ=255)
ccGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTc < 1:182507/148‑1 (MQ=255)
cGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTcc > 1:875637/1‑148 (MQ=255)
cAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCAt < 1:113849/148‑1 (MQ=255)
cAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCAt > 1:960937/1‑148 (MQ=255)
aTACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCAttt < 1:1111415/148‑1 (MQ=255)
aTACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCAttt > 2:3098195/1‑148 (MQ=255)
tACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTc < 1:2458540/148‑1 (MQ=255)
cAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGAc < 2:1403014/148‑1 (MQ=255)
cAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAt > 1:3075836/1‑148 (MQ=255)
aaTTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAtt > 1:1489576/1‑148 (MQ=255)
aTTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAttt > 2:1130210/1‑148 (MQ=255)
ttAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTc > 2:2972229/1‑148 (MQ=255)
tAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCg > 1:1922328/1‑148 (MQ=255)
tAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCg > 2:2541929/1‑148 (MQ=255)
tAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCg > 2:2800994/1‑148 (MQ=255)
ccGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCa > 1:283588/1‑148 (MQ=255)
ccaccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACtt < 2:102966/148‑1 (MQ=255)
caccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACttt > 1:196869/1‑148 (MQ=255)
ccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAg < 1:181129/148‑1 (MQ=255)
ccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAg > 1:2577797/1‑148 (MQ=255)
caccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGc > 1:322523/1‑148 (MQ=255)
caccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGc > 1:1279445/1‑148 (MQ=255)
caccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGc > 1:1279424/1‑148 (MQ=255)
accaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCg < 2:993146/148‑1 (MQ=255)
accaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCg < 1:652690/148‑1 (MQ=255)
accaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCg < 1:652473/148‑1 (MQ=255)
tGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCTCTCACTTTAGAGATAgtg > 2:2254439/1‑148 (MQ=255)
ggCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAgtgt < 1:2551258/148‑1 (MQ=255)
caATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGtt < 2:295807/148‑1 (MQ=255)
cACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAg > 1:2335936/1‑148 (MQ=255)
aCGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGGTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGt < 2:1928775/148‑1 (MQ=255)
cGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGtt < 1:2962611/148‑1 (MQ=255)
cGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGtt > 1:3113839/1‑148 (MQ=255)
tATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATc > 1:2617015/1‑148 (MQ=255)
tATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATc > 2:2334086/1‑148 (MQ=255)
tCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCAc < 2:1999391/148‑1 (MQ=255)
cGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCaac > 1:2818721/1‑146 (MQ=255)
cGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCAcc < 1:3293258/148‑1 (MQ=255)
aCATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCAt > 1:3117699/1‑148 (MQ=255)
catcatAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATg < 2:835813/148‑1 (MQ=255)
tAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGaa < 1:1899656/148‑1 (MQ=255)
tAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGaa < 2:970139/148‑1 (MQ=255)
|
AGTGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAA > CP009273/3258724‑3259014
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAGTGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAACGACTT > CP009273/3258723‑3259020
|
GAGTGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATA < SRR19973070.1786127/150‑1 (MQ=60)
AAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCC < SRR19973070.584342/150‑1 (MQ=60)
AGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCAT > SRR19973070.900138/1‑150 (MQ=60)
AGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAT > SRR19973070.371050/1‑150 (MQ=60)
AGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAAT > SRR19973070.371041/1‑150 (MQ=60)
CGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTC < SRR19973070.1324295/150‑1 (MQ=60)
CGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTC > SRR19973070.1412512/1‑150 (MQ=60)
CGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTC > SRR19973070.1941771/1‑150 (MQ=60)
GCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCC < SRR19973070.814170/150‑1 (MQ=60)
GCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCC < SRR19973070.813360/150‑1 (MQ=60)
GCCAGGCCGTGAACGTAGTCAGACTGTACGCCAATACCACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCC < SRR19973070.2340509/150‑1 (MQ=60)
ATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGA > SRR19973070.2455799/1‑150 (MQ=60)
CGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAA > SRR19973070.977066/1‑150 (MQ=60)
TGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATC < SRR19973070.2539753/150‑1 (MQ=60)
ACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTT < SRR19973070.1374209/150‑1 (MQ=60)
ACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTT < SRR19973070.3175066/150‑1 (MQ=60)
CGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTC > SRR19973070.3294891/1‑150 (MQ=60)
CGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTC > SRR19973070.1930898/1‑150 (MQ=60)
CGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTC < SRR19973070.3152484/150‑1 (MQ=60)
CGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTC > SRR19973070.1203651/1‑150 (MQ=60)
TTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCT < SRR19973070.2004588/150‑1 (MQ=60)
TTTCAGACTGTACGCCAATAAAACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCTATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCT < SRR19973070.2004731/150‑1 (MQ=60)
ACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAG > SRR19973070.510580/1‑150 (MQ=60)
CGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCACTTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCC > SRR19973070.3194051/1‑150 (MQ=60)
GCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCAC > SRR19973070.41016/1‑150 (MQ=60)
GCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCAC > SRR19973070.41005/1‑150 (MQ=60)
CCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACT > SRR19973070.3067574/1‑150 (MQ=60)
CCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACT > SRR19973070.3041357/1‑150 (MQ=60)
AATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTT < SRR19973070.1279441/150‑1 (MQ=60)
ACACGATTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGA < SRR19973070.1206279/150‑1 (MQ=60)
ACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGA < SRR19973070.1206507/150‑1 (MQ=60)
CACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGAT < SRR19973070.427177/150‑1 (MQ=60)
CGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCA > SRR19973070.1816455/1‑150 (MQ=60)
GGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTA > SRR19973070.1259953/1‑150 (MQ=60)
CGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGG > SRR19973070.841467/1‑150 (MQ=60)
CGGGTTAATAGATTTAAGTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGG < SRR19973070.282058/150‑1 (MQ=60)
GTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGG < SRR19973070.564997/150‑1 (MQ=60)
AATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGAT < SRR19973070.681285/150‑1 (MQ=60)
ATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATA < SRR19973070.327732/150‑1 (MQ=60)
ATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATA < SRR19973070.18149/150‑1 (MQ=60)
ATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATA < SRR19973070.3036521/150‑1 (MQ=60)
AGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAA > SRR19973070.2707263/1‑150 (MQ=60)
AGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAA > SRR19973070.2431114/1‑150 (MQ=60)
GATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAA > SRR19973070.2732415/1‑150 (MQ=60)
ACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCC > SRR19973070.881789/1‑150 (MQ=60)
ACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCC < SRR19973070.2594267/150‑1 (MQ=60)
ACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCC < SRR19973070.1243091/150‑1 (MQ=60)
CCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCA < SRR19973070.183938/150‑1 (MQ=60)
CGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCAT > SRR19973070.967789/1‑150 (MQ=60)
CAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTT < SRR19973070.114898/150‑1 (MQ=60)
CAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTT > SRR19973070.1623282/1‑150 (MQ=60)
ATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCG < SRR19973070.1119019/150‑1 (MQ=60)
ATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCG < SRR19973070.2778966/150‑1 (MQ=60)
TACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGA < SRR19973070.2474603/150‑1 (MQ=60)
CCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACA < SRR19973070.688750/150‑1 (MQ=60)
AGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAT > SRR19973070.3095590/1‑150 (MQ=60)
AGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAT < SRR19973070.350675/150‑1 (MQ=60)
GCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATT > SRR19973070.1500004/1‑150 (MQ=60)
GCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATT < SRR19973070.2445342/150‑1 (MQ=60)
AATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTC > SRR19973070.2420412/1‑150 (MQ=60)
ATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCG > SRR19973070.1935294/1‑150 (MQ=60)
AACCGCCACCACCAATTGGCACAATCTCGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCA > SRR19973070.285456/1‑150 (MQ=60)
AACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCA > SRR19973070.285471/1‑150 (MQ=60)
GCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTT > SRR19973070.198372/1‑150 (MQ=60)
CACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAG > SRR19973070.2594649/1‑150 (MQ=60)
ACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGC > SRR19973070.324867/1‑150 (MQ=60)
ACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGC > SRR19973070.1288382/1‑150 (MQ=60)
ACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGC > SRR19973070.1288361/1‑150 (MQ=60)
CCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATATATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGACAGCAATGACTTTCGGATCATCGTTAGGTGGGATAAAAATACGGACTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCG < SRR19973070.182535/150‑1 (MQ=60)
CCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCG < SRR19973070.182561/150‑1 (MQ=60)
CCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCG < SRR19973070.182557/150‑1 (MQ=60)
ACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGAT < SRR19973070.657126/150‑1 (MQ=60)
ACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGAT < SRR19973070.657344/150‑1 (MQ=60)
ACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGAT < SRR19973070.657367/150‑1 (MQ=60)
TGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTC > SRR19973070.3230766/1‑150 (MQ=60)
GGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCG < SRR19973070.2567943/150‑1 (MQ=60)
ATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAG > SRR19973070.2351439/1‑150 (MQ=60)
CACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGTAGTT > SRR19973070.3133947/1‑150 (MQ=60)
CACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTT > SRR19973070.3133932/1‑150 (MQ=60)
CGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTAT < SRR19973070.2981659/150‑1 (MQ=60)
CGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTAT > SRR19973070.1323200/1‑150 (MQ=60)
GTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATC > SRR19973070.2634087/1‑150 (MQ=60)
ATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCAAC > SRR19973070.2836943/1‑150 (MQ=60)
CGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCAT > SRR19973070.3137817/1‑150 (MQ=60)
CGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCAT < SRR19973070.3314377/150‑1 (MQ=60)
TAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAACG < SRR19973070.1912521/150‑1 (MQ=60)
AGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAACGA > SRR19973070.3244104/1‑150 (MQ=60)
AGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATAACCAAGCATAACGA > SRR19973070.187272/1‑150 (MQ=60)
ATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAACGACT < SRR19973070.1537690/150‑1 (MQ=60)
TATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAACGACTT < SRR19973070.268266/150‑1 (MQ=60)
|
GAGTGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAACGACTT > CP009273/3258723‑3259020
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
