Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,985,256 |
G→T |
100% |
intergenic (+138/‑197) |
ygeG → / → ygeH |
SycD‑like chaperone family TPR‑repeat‑containing protein/putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,985,256 | 0 | G | T | 100.0%
| 623.0
/ ‑6.7
| 186 | intergenic (+138/‑197) | ygeG/ygeH | SycD‑like chaperone family TPR‑repeat‑containing protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (93/92); minor base A (1/0); total (94/92) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATT > CP009273/2985109‑2985400
|
tAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATaa > 2:1479671/1‑150 (MQ=255)
tGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACaa > 2:2581301/1‑150 (MQ=255)
tGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAAAAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAaaaa > 2:4581559/1‑150 (MQ=255)
ggCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAAt > 1:825512/1‑150 (MQ=255)
gCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATc > 1:1545889/1‑150 (MQ=255)
tAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGAATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTa > 2:2009873/1‑150 (MQ=255)
aGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACt > 1:99282/1‑150 (MQ=255)
ttACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTAt < 1:788597/150‑1 (MQ=255)
ttACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTAt < 1:3799307/150‑1 (MQ=255)
aCAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCa > 2:1764746/1‑150 (MQ=255)
aCAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCa > 2:4485300/1‑150 (MQ=255)
aCAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGAGTTAGATAACAATCTACTTTATCa > 2:4744272/1‑150 (MQ=255)
tttGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGa > 1:4293485/1‑150 (MQ=255)
ggTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATa > 1:1267312/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATTTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCAGTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATaa < 2:1349726/150‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATaa < 2:2308845/150‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAg < 1:3062092/150‑1 (MQ=255)
tttGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAt < 2:834955/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAtt > 1:4495010/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATACCCAGCACCTCTTATGTTAACTTAAATCAGCATCTTCAAACAGTTAAGAGCAGACTATAAATCATTATTTTTCAAGGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAttt < 2:3978790/150‑1 (MQ=255)
tGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAttt < 2:4920287/150‑1 (MQ=255)
gCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATATCCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTc < 2:4860975/150‑1 (MQ=255)
gCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTc < 2:1766061/150‑1 (MQ=255)
cTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCa > 2:2131057/1‑150 (MQ=255)
tGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAg < 2:2949722/150‑1 (MQ=255)
tGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAg > 1:2422705/1‑150 (MQ=255)
ggTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGa > 2:1206179/1‑150 (MQ=255)
gTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGAt > 1:5011893/1‑150 (MQ=255)
gTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGAt > 1:4441917/1‑150 (MQ=255)
tataGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTa > 1:2300742/1‑150 (MQ=255)
taGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACa < 1:1621631/150‑1 (MQ=255)
aGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAt < 1:3680636/150‑1 (MQ=255)
aGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAt > 1:2158687/1‑150 (MQ=255)
gTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATc > 1:2295721/1‑150 (MQ=255)
cAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACt < 2:3244330/150‑1 (MQ=255)
aCCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTc > 1:5084743/1‑150 (MQ=255)
aCCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTc > 1:5084685/1‑150 (MQ=255)
ccACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTcc < 1:2643095/150‑1 (MQ=255)
aCTTTAAGCAGCTCCTCTGATGTTTTCTTAAATCAGCTTCTTAATTCAGTTAAGAGCATACTATAAATCAGTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCTGATTACATCACTGAATTCCTa < 2:1164325/150‑1 (MQ=255)
aCTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTa > 2:1248565/1‑150 (MQ=255)
taACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAt > 1:1753169/1‑150 (MQ=255)
taACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAt > 2:4464758/1‑150 (MQ=255)
taACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAt > 1:5122964/1‑150 (MQ=255)
taACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAt > 1:1584143/1‑150 (MQ=255)
taACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAt < 1:1071802/150‑1 (MQ=255)
aaCCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATa > 1:2062113/1‑150 (MQ=255)
aaCCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATa > 1:4091685/1‑150 (MQ=255)
aaCCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATa < 2:3334573/150‑1 (MQ=255)
cccATCACCTCTTCTGTTTTCTTAACTCACCATCTTAAAACAGTAAAGAGCATACTCTAACTCCTTATTTGTCAATGCGTTAGATACCAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGAGTACATCACTGAATTCCTAAGATaa < 2:2648169/149‑1 (MQ=255)
cAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAAt > 2:1755115/1‑150 (MQ=255)
ctctTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGa > 1:2639245/1‑150 (MQ=255)
ctTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAac > 2:2303188/1‑150 (MQ=255)
ttATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAaca < 2:1647176/150‑1 (MQ=255)
tATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAacac > 2:670992/1‑150 (MQ=255)
tGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTACTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACaa < 1:936951/150‑1 (MQ=255)
tttCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCa > 2:3787295/1‑150 (MQ=255)
tttCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCa < 2:289647/150‑1 (MQ=255)
tCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATa > 1:462210/1‑150 (MQ=255)
cTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAg < 1:1036654/150‑1 (MQ=255)
ttAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATCGa > 2:4124439/1‑150 (MQ=255)
ttAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGa < 1:3413533/150‑1 (MQ=255)
tAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGat < 2:1777285/150‑1 (MQ=255)
tAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGat < 2:2874053/150‑1 (MQ=255)
tAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGat < 2:2175234/150‑1 (MQ=255)
aaaTCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGata < 1:434009/150‑1 (MQ=255)
aTCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATg < 1:2968629/150‑1 (MQ=255)
aTCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATg > 2:2650710/1‑150 (MQ=255)
cAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTc > 1:2227691/1‑150 (MQ=255)
aGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCa > 1:806321/1‑150 (MQ=255)
tCTTAAAAAAGTTAAGAGCATAATAAAAATCATTATTTTTCAATCCGTTAGATAACAATCTAATTTATCAAAATTGAATAAGGATATTTCAGATTACATCAATGAAAACATAAGATAAATTAGTGAACACAACCATATATATGTCAAATg > 1:3429648/1‑150 (MQ=255)
tAAAACAGTTAAGATCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCAGAGATATGTCAAATGTaa < 2:2769850/150‑1 (MQ=255)
tAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTaa < 2:2582768/150‑1 (MQ=255)
tAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTaa > 2:617117/1‑150 (MQ=255)
aaaaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTACGATAAAATAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAt > 2:5083533/1‑150 (MQ=255)
aaaaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAt < 2:1541637/150‑1 (MQ=255)
aaaaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAt > 2:4894898/1‑150 (MQ=255)
aaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAttt < 2:908950/150‑1 (MQ=255)
aaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAttt < 1:568319/150‑1 (MQ=255)
cAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTcc < 2:4504211/150‑1 (MQ=255)
cAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTcc > 2:3927178/1‑150 (MQ=255)
gTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCATAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTg < 1:1289973/150‑1 (MQ=255)
aaGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAg > 1:2878022/1‑150 (MQ=255)
agagCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGc > 2:5009828/1‑150 (MQ=255)
gagCATACTATAAATCATTATATTTCAATGCGTTAGAAAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTACAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAAAAATTATTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATATCCTGTAgag > 1:1922508/1‑148 (MQ=255)
gCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGtt > 1:1116186/1‑150 (MQ=255)
aTACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTaa < 1:2214632/150‑1 (MQ=255)
tACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAAt < 1:1700131/150‑1 (MQ=255)
tACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAAt < 2:4319549/150‑1 (MQ=255)
tataAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGac > 1:3933140/1‑150 (MQ=255)
ataAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGaca < 1:2770189/150‑1 (MQ=255)
taAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGacac < 2:2258455/150‑1 (MQ=255)
aaaTCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAcaca < 2:34792/150‑1 (MQ=255)
tCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATaa > 2:2641771/1‑150 (MQ=255)
cATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATaaa > 1:1415068/1‑150 (MQ=255)
tttCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAAt > 1:2506138/1‑150 (MQ=255)
tttCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAAt > 1:4785929/1‑150 (MQ=255)
ttCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATa > 2:4903992/1‑150 (MQ=255)
ttCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGATATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATATATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATa > 1:1036831/1‑150 (MQ=255)
cAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGc > 1:3315210/1‑150 (MQ=255)
cGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATaa < 2:2490940/150‑1 (MQ=255)
|
TAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATT > CP009273/2985109‑2985400
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTA > CP009273/2985109‑2985404
|
TAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAA > SRR19973063.2110020/1‑150 (MQ=60)
GGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAAT > SRR19973063.827900/1‑150 (MQ=60)
GCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATC > SRR19973063.1550628/1‑150 (MQ=60)
GCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATAATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATC > SRR19973063.80466/1‑150 (MQ=60)
AGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACT > SRR19973063.99623/1‑150 (MQ=60)
TTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTAT < SRR19973063.3811412/150‑1 (MQ=60)
TTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTAT < SRR19973063.790877/150‑1 (MQ=60)
CAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAA > SRR19973063.2290284/1‑150 (MQ=60)
CATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATT < SRR19973063.4622306/150‑1 (MQ=60)
CATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATT < SRR19973063.3352904/150‑1 (MQ=60)
TTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGA > SRR19973063.4307126/1‑150 (MQ=60)
GGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATA > SRR19973063.1271081/1‑150 (MQ=60)
TTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAG < SRR19973063.3071921/150‑1 (MQ=60)
AAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGC < SRR19973063.4490004/150‑1 (MQ=60)
TTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATT > SRR19973063.4509433/1‑150 (MQ=60)
TTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATT < SRR19973063.4742322/150‑1 (MQ=60)
TTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATT > SRR19973063.3935957/1‑150 (MQ=60)
TTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAACCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATT > SRR19973063.2841740/1‑150 (MQ=60)
TGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTT < SRR19973063.71328/150‑1 (MQ=60)
TGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAG > SRR19973063.2430450/1‑150 (MQ=60)
GTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGAT > SRR19973063.4456169/1‑150 (MQ=60)
GTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGAT > SRR19973063.5028073/1‑150 (MQ=60)
TATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTA > SRR19973063.2308089/1‑150 (MQ=60)
TATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTA > SRR19973063.2456501/1‑150 (MQ=60)
TAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACA < SRR19973063.1626588/150‑1 (MQ=60)
TAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACA < SRR19973063.1626572/150‑1 (MQ=60)
TAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACA < SRR19973063.980180/150‑1 (MQ=60)
AGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAT > SRR19973063.2165450/1‑150 (MQ=60)
AGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAT > SRR19973063.2379119/1‑150 (MQ=60)
AGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAT < SRR19973063.3692418/150‑1 (MQ=60)
GTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTTAATAAGGCTATTTCAGATTACATA > SRR19973063.2303081/1‑150 (MQ=60)
GTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATC > SRR19973063.2303049/1‑150 (MQ=60)
CAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTTTGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGAGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACT < SRR19973063.1437699/150‑1 (MQ=60)
ACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTC > SRR19973063.5101084/1‑150 (MQ=60)
ACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTC > SRR19973063.5101105/1‑150 (MQ=60)
ACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTC > SRR19973063.5101047/1‑150 (MQ=60)
CCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCC < SRR19973063.2651540/150‑1 (MQ=60)
CACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCT > SRR19973063.3594788/1‑150 (MQ=60)
ACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTA < SRR19973063.2001005/150‑1 (MQ=60)
ACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAACACTGAATTCCTA > SRR19973063.1070648/1‑150 (MQ=60)
TAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAT < SRR19973063.1075056/150‑1 (MQ=60)
TAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAT > SRR19973063.1758643/1‑150 (MQ=60)
TAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAT > SRR19973063.1758551/1‑150 (MQ=60)
TAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAT > SRR19973063.5139446/1‑150 (MQ=60)
TAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAT > SRR19973063.1588995/1‑150 (MQ=60)
AACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA > SRR19973063.4104799/1‑150 (MQ=60)
AACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA < SRR19973063.4312224/150‑1 (MQ=60)
AACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA > SRR19973063.4104876/1‑150 (MQ=60)
AACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA < SRR19973063.1103685/150‑1 (MQ=60)
AACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA > SRR19973063.4906767/1‑150 (MQ=60)
AACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA > SRR19973063.2068557/1‑150 (MQ=60)
AAACAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATA < SRR19973063.1730178/150‑1 (MQ=60)
CTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGA > SRR19973063.2647673/1‑150 (MQ=60)
TCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAA < SRR19973063.811375/150‑1 (MQ=60)
CTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAAC > SRR19973063.1293339/1‑150 (MQ=60)
TGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTACTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAA < SRR19973063.939176/150‑1 (MQ=60)
TGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTACTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAA < SRR19973063.939744/150‑1 (MQ=60)
TCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATA > SRR19973063.463514/1‑150 (MQ=60)
CTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAG < SRR19973063.1039791/150‑1 (MQ=60)
TTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGA < SRR19973063.3424396/150‑1 (MQ=60)
TTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGA > SRR19973063.5076865/1‑150 (MQ=60)
AAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATA < SRR19973063.435214/150‑1 (MQ=60)
ATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATG < SRR19973063.2978118/150‑1 (MQ=60)
ATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATG < SRR19973063.2978235/150‑1 (MQ=60)
CAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTC > SRR19973063.2234747/1‑150 (MQ=60)
AGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCA > SRR19973063.808646/1‑150 (MQ=60)
TATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAA > SRR19973063.222389/1‑150 (MQ=60)
TCTTAAAAAAGTTAAGAGCATAATAAAAATCATTATTTTTCAATCCGTTAGATAACAATCTAATTTATCAAAATTGAATAAGGATATTTCAGATTACATCAATGAAAACATAAGATAAATTAGTGAACACAACCATATATATGTCAAATG > SRR19973063.3440555/1‑150 (MQ=60)
CTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATACATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTACAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGT < SRR19973063.1338188/150‑1 (MQ=60)
AACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTT < SRR19973063.569997/150‑1 (MQ=60)
AACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTT < SRR19973063.3165045/150‑1 (MQ=60)
GTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCATAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTG < SRR19973063.1293812/150‑1 (MQ=60)
ataatAGCATACTATAAATAATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGT < SRR19973063.2619477/145‑1 (MQ=60)
AAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAG > SRR19973063.2887226/1‑150 (MQ=60)
GAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCG > SRR19973063.1144616/1‑150 (MQ=60)
GAGCATACTATAAATCATTATATTTCAATGCGTTAGAAAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTACAGATTACATCACTGAATTCCTAAGAAAAATTATTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATATCCTGTAGAG > SRR19973063.1928520/1‑150 (MQ=60)
GCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTT < SRR19973063.2962078/150‑1 (MQ=60)
GCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTT > SRR19973063.1119582/1‑150 (MQ=60)
ATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAA < SRR19973063.2221616/150‑1 (MQ=60)
TACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAAT < SRR19973063.1705310/150‑1 (MQ=60)
TACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAAT < SRR19973063.1705312/150‑1 (MQ=60)
TATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAC > SRR19973063.3945703/1‑150 (MQ=60)
TATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAC > SRR19973063.380172/1‑150 (MQ=60)
ATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACA < SRR19973063.2779121/150‑1 (MQ=60)
CATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAA > SRR19973063.277820/1‑150 (MQ=60)
CATTATTTTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAA > SRR19973063.1419366/1‑150 (MQ=60)
TTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAAT > SRR19973063.2514133/1‑150 (MQ=60)
TTTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAAT > SRR19973063.4801223/1‑150 (MQ=60)
TTCAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGATATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATATATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATA > SRR19973063.1039968/1‑150 (MQ=60)
CAATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGC > SRR19973063.3325809/1‑150 (MQ=60)
CGCTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAA < SRR19973063.4063246/150‑1 (MQ=60)
GTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAAT < SRR19973063.5157952/150‑1 (MQ=60)
ATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTA < SRR19973063.5055242/150‑1 (MQ=60)
|
TAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTA > CP009273/2985109‑2985404
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
