Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,985,256 |
G→T |
12.8% |
intergenic (+138/‑197) |
ygeG → / → ygeH |
SycD‑like chaperone family TPR‑repeat‑containing protein/putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,985,256 | 0 | G | T | 12.8%
| 777.6
/ 62.9
| 227 | intergenic (+138/‑197) | ygeG/ygeH | SycD‑like chaperone family TPR‑repeat‑containing protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/97); new base T (14/15); total (115/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ATAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTAT > CP009273/2985108‑2985405
|
aTAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAgaga < 2:3437193/150‑1 (MQ=255)
aTGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACa > 2:3987325/1‑150 (MQ=255)
tGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACaa < 1:1314101/150‑1 (MQ=255)
ggCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAAt < 2:3027890/150‑1 (MQ=255)
cTAATCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCt < 2:327321/150‑1 (MQ=255)
aaGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTAc > 2:2465426/1‑150 (MQ=255)
aaGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTAc > 1:1466828/1‑150 (MQ=255)
aGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACt < 1:4356701/150‑1 (MQ=255)
aGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACt > 2:3309697/1‑150 (MQ=255)
gCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACtt > 1:1469651/1‑150 (MQ=255)
gCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACtt < 1:3941499/150‑1 (MQ=255)
cATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACttt > 2:261004/1‑150 (MQ=255)
aTTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTa > 2:1629238/1‑150 (MQ=255)
aTTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTa > 2:577044/1‑150 (MQ=255)
ttACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTAt > 2:1821402/1‑150 (MQ=255)
tACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATc > 2:3369383/1‑150 (MQ=255)
tACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATc < 1:2112878/150‑1 (MQ=255)
aTTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTg < 1:3178917/150‑1 (MQ=255)
ttGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGaa > 1:2186242/1‑150 (MQ=255)
tAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAgg < 1:2812209/150‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGc > 2:4167857/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCt > 1:4589425/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAttt > 1:1830522/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAttt > 1:3849766/1‑150 (MQ=255)
tGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTAttt < 1:1288321/150‑1 (MQ=255)
cTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCa > 2:1671089/1‑150 (MQ=255)
tGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAg < 2:3727298/150‑1 (MQ=255)
tGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAg > 1:3536636/1‑150 (MQ=255)
ataGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTAc < 2:2364292/150‑1 (MQ=255)
ttgTGCAGTTAACCAATATTACCAGCACATCTTATGTTTTATTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGATCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACa < 2:3880571/148‑1 (MQ=255)
aGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACAt < 1:819913/150‑1 (MQ=255)
gTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATc < 2:4133878/150‑1 (MQ=255)
gCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCAc < 1:1889432/150‑1 (MQ=255)
cAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACt < 1:978907/150‑1 (MQ=255)
cAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACt < 1:906937/150‑1 (MQ=255)
aGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTg < 1:3521681/150‑1 (MQ=255)
aGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTg > 1:2807598/1‑150 (MQ=255)
ttAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGaa > 1:2755392/1‑150 (MQ=255)
tAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAAt > 1:1312084/1‑150 (MQ=255)
aaCCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAAtt > 1:3707614/1‑150 (MQ=255)
aaCCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAAtt > 2:4589419/1‑150 (MQ=255)
aCCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTCAAATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAAtt < 1:1814595/150‑1 (MQ=255)
ccACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTcc < 2:2837313/150‑1 (MQ=255)
aCTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTa > 2:3380319/1‑150 (MQ=255)
tataACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAg > 1:1530634/1‑150 (MQ=255)
tataACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAg > 2:232947/1‑150 (MQ=255)
ataACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGa < 1:2297965/150‑1 (MQ=255)
ataACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGa > 1:3988999/1‑150 (MQ=255)
ataACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGa > 1:3989551/1‑150 (MQ=255)
ccAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATaaa < 1:1250854/150‑1 (MQ=255)
cAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAAt > 2:4310904/1‑150 (MQ=255)
aGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAAtt < 2:3871468/150‑1 (MQ=255)
ctTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAac > 1:1337584/1‑150 (MQ=255)
ttCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCAt > 1:4488579/1‑150 (MQ=255)
ttAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGa > 2:4102086/1‑150 (MQ=255)
ttAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGa > 2:3172098/1‑150 (MQ=255)
tAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGat < 1:4032499/150‑1 (MQ=255)
aaaTCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGata < 2:3106089/150‑1 (MQ=255)
aaTCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGatat < 1:2912537/150‑1 (MQ=255)
aaTCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGatat < 1:2004848/150‑1 (MQ=255)
cAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTc < 1:1760823/150‑1 (MQ=255)
gCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCaa > 2:674764/1‑150 (MQ=255)
cATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCaaa > 1:701422/1‑150 (MQ=255)
ttAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTa < 2:1847747/150‑1 (MQ=255)
tAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTaa > 1:4083255/1‑150 (MQ=255)
aaaaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAt > 2:2808297/1‑150 (MQ=255)
aaaCAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAAtt < 1:1212948/150‑1 (MQ=255)
aGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCt > 1:2376981/1‑150 (MQ=255)
aGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCt < 1:1997832/150‑1 (MQ=255)
tAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTa < 1:2544689/150‑1 (MQ=255)
agagCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGc > 2:3834261/1‑150 (MQ=255)
agagCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGc > 2:3777720/1‑150 (MQ=255)
gagCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCg < 1:2389416/150‑1 (MQ=255)
cATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTa < 1:100288/150‑1 (MQ=255)
cATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTa > 2:11917/1‑150 (MQ=255)
aTACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTaa < 1:2280161/150‑1 (MQ=255)
aTACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTaa < 2:1140698/150‑1 (MQ=255)
tACTATACATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAAt < 2:1537138/150‑1 (MQ=255)
aCTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATg < 2:2258087/150‑1 (MQ=255)
cTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGa < 1:664047/150‑1 (MQ=255)
ataAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGaca > 2:1571553/1‑150 (MQ=255)
aaaTCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAcaca > 2:752080/1‑150 (MQ=255)
aaaTCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAcaca < 2:2074753/150‑1 (MQ=255)
aaaTCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAcaca > 2:1044108/1‑150 (MQ=255)
aaaTCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATATACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGAGTACATCAATGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGAAATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGAcaca > 1:572087/1‑150 (MQ=255)
aaTCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACAt > 1:1202447/1‑150 (MQ=255)
cATTATTTTTC‑AATGCGTTAGATAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATaaa > 2:2758923/1‑150 (MQ=255)
tattTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAatat < 1:2201499/150‑1 (MQ=255)
tattTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAatat > 1:1935186/1‑150 (MQ=255)
tttttC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGa > 2:2008995/1‑150 (MQ=255)
ttC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATa < 2:538065/150‑1 (MQ=255)
tC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAg > 2:4334515/1‑150 (MQ=255)
c‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGc > 2:1255999/1‑150 (MQ=255)
tGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCAt < 2:1410059/150‑1 (MQ=255)
tGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCAt > 2:4631787/1‑150 (MQ=255)
tGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCAt > 2:3094849/1‑150 (MQ=255)
cGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATaa > 2:154912/1‑150 (MQ=255)
tAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAAttt < 1:346398/150‑1 (MQ=255)
tAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAANAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAAttt > 1:4276841/1‑150 (MQ=255)
gaACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTAt > 2:4527309/1‑150 (MQ=255)
|
ATAATGGCTAAGCATTACAATCATTTGGTTAAATTTGCTGGTTATAGTGCAGTTAACCACTATAACCAGCACCTCTTATGTTTTCTTAAATCAGCATCTTAAAACAGTTAAGAGCATACTATAAATCATTATTTTTC‑AATGCGTTAGAGAACAATCTACTTTATCAAAATTGAATAAGGCTATTTCAGATTACATCACTGAATTCCTAAGATAAATTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTAT > CP009273/2985108‑2985405
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
