Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,158,652 |
T→G |
12.8% |
V55G (GTG→GGG) |
oxyR → |
oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,158,652 | 0 | T | G | 12.8%
| 351.5
/ 6.4
| 155 | V55G (GTG→GGG) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/67); new base G (20/4); total (84/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCT‑GCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACC > NC_000913/4158420‑4158879
|
tGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGGGCGGACCAGCCGTAAAGGggtgtt > 2:358138/1‑239 (MQ=255)
tGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGGGATGTTGCTGGAGCGGACAAGCCGTAAAGTgttttt > 1:463435/1‑239 (MQ=255)
tggaaTAATTGTTTATTGTTTTTCTTCCTATCGCGATGAATTTTCGGGGGGGTGGAGGGTGAATAATGAATATTCGTGATCTGGAGTACCTGGTGGCATTGGCTAAACCCCGCCATTTTCGGCGTGGGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCAcc < 2:842470/235‑1 (MQ=255)
aTAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCGGGGCGTGATGTTGCTGGGGCGGACCAGCCGGAAAGTGGTGTTCCCCCAgg > 2:691640/1‑239 (MQ=255)
aTCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCgg > 1:697274/1‑239 (MQ=255)
cATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGCCCCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGTTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTGTTTCACCAAGGGGGGaaggg > 2:193897/1‑236 (MQ=255)
cATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGAAGCGGACCAGCCGTAAGGTGTGGTTCACCCAGCGGGGAAagc > 1:789552/1‑239 (MQ=255)
tcccTATCGCGATGAATTTTCGTGGGGATGGGGGTTGGATAATGAATTTTCGTGGTCTTGAGTCCCTGGGGGCATGGGTTAAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGAt < 2:960747/237‑1 (MQ=255)
ccTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGGTGTTGACCCGGGCGGGAAtgtgcctggggggacg > 2:1072575/1‑225 (MQ=255)
ccTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGGGATGTTTCTGGAGGGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGGGGGAATTCTGGTGGGGGATCa > 2:68055/1‑239 (MQ=255)
catATCGCCAGAAATTATCGTGGCGAGGGAGGTTGGAAAATGAATTTTGGTGCTCTTGAGTCCCTGGTGGCATTGGCTGAACCCCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCa < 1:622303/237‑1 (MQ=255)
aTCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGGTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCGGgc > 1:684161/1‑239 (MQ=255)
aTCGCCAAGACTTACGGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATGCGTGATCTTGGGTCCCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGgc < 1:977088/239‑1 (MQ=255)
tGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGGACAGGcgcgctcc > 1:614599/1‑235 (MQ=255)
tGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTCCTGGTGGATCCGGCGTGTAcc > 1:273242/1‑239 (MQ=255)
tGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGAAAGCGGCTGGGGGGTCAgggggggacc > 2:624325/1‑231 (MQ=255)
cctctgggggCGAGGGAGGATGGATAATGAATTTTGGTGATCTTGAGTACCGGGTGGCATTGGCTGAACCCCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGtg < 1:200021/231‑1 (MQ=255)
cGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCCTTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAACTGGACGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGAGGGCCAGCCGAACAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGAAGGCGGCTGGGGGAGCAGgcggggaacggggaggg > 2:846032/1‑225 (MQ=255)
aTGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGTCGGGACGCCTGCTGGGGGATCAGGCGCGTAACGTGCTGCGTGAgggg > 1:502302/1‑237 (MQ=255)
taaaaagggcaaggAATATTGGGGATCTTGAGTCCCGGGTGGCATGGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGGGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGaa < 1:390191/225‑1 (MQ=255)
gaggaTGGATAATGATTATTGGTGATCTTGAGTCCCGGGTGGCATGGGATGAACCCCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGaa < 1:585173/238‑1 (MQ=255)
gaggaTGGATAAGGAATGGTCGTGATATAGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACCCCGCCAGTTTCGGCGGGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATGCGTAAGCGGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGaa < 1:1014880/238‑1 (MQ=255)
gggatggatAATGAATATCGGGGAGCTTGGTGCCCTGGTGTAATTGGCTGAACCCCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGaaa < 1:382435/237‑1 (MQ=255)
gttttgatATTGAATTTTTGTGATGTTGGTTCCCGGGGGGTGTTGGTGAAACCCCGCTATTTTCGGCGGGCGGCAGT‑TTCCGGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAg < 2:812866/233‑1 (MQ=255)
aTGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGGGTACCGTGCTGGGTGAGGGGAAAGTCCTTAAgga > 1:356277/1‑239 (MQ=255)
gAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGGGAAAGTCCTTAAAgaga > 1:774895/1‑239 (MQ=255)
gAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGGGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGGATGCTGCTGTGGGATCAGGGCCGTACCGGGCTGCGGGAGGGGAAAGACCTAAAaggag > 2:454500/1‑236 (MQ=255)
ttCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGCAGATGAGCTGGGCGTGAGGTTGCTGGAGCGGACCGGCCGTAAGGGGTTGTTCACCCAGGAGGGAATGCTGCTGGGGGACCGGGGCGGGAGCGTGCTGCGGGGGGGGAAATACCTTAAagaaagggga > 2:573960/1‑232 (MQ=255)
cgggATCGTGAGTCCCTGGTGGCATTGGCGAAACCCCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCa < 1:284739/188‑1 (MQ=255)
tGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGGGGATCAGGCGCGTACCGGGCTGCGGGAGGGGAAAGCCCTTAAAGAGAGGGCAAGcc > 1:1027385/1‑239 (MQ=255)
aTCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTaaa > 1:448142/1‑224 (MQ=255)
aTCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGGGGATCCGGCGCGTACCCTGCTGCGGGGGGGGAAAGTCCTTAAagctgtcccttataac > 2:390191/1‑225 (MQ=255)
tCTTGAGTCCCTGGGTGCATTGGCTGAACACCGCCTTTTTGGGCGGGCGAGAGA‑TGCCTGCCACGTTAGCCAGCCGGCGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCcag < 1:902158/238‑1 (MQ=255)
aGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCGGGTGGGTCAGGCGCGTACCGGGCTGCGTGAGGGGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAgggg > 1:643969/1‑238 (MQ=255)
gTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTAcc > 1:270652/1‑190 (MQ=255)
cTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCCGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGGATGGTGCCGGTGGCACAGGCGCGGACCGGGGTGGCTGAGGGAGAAGCCCTTAAAGAGTAGGGAAACcaggggggggaaag > 2:694062/1‑228 (MQ=255)
gtggggtttggggcgAACCCCGCCATTTTGGGGGTGGGGGAGT‑TGCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTGGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACg < 2:871020/225‑1 (MQ=255)
ggtggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCCGCGTGGGGGGAAAGGCCTTAAAGGAATGGCAAACCAACAGGGCgggggga > 2:914545/1‑233 (MQ=255)
ggtggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGGGGGTCAGGCGCGTACCGTGCTGGGTGGGGGTAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGGGACgc > 1:565856/1‑238 (MQ=255)
ggtggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGGTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGGGGATCAGGCGCGTCCCGGGCTGCGGGAGGGGAAAGGCCTTAAAGAGAGGGCAACCCAGCAGGGGGGGAcca > 2:597371/1‑237 (MQ=255)
ggtggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTGCTTaaa > 1:741604/1‑211 (MQ=255)
ggtggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGCCGTGATGTTGCTGGCGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGCCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCCCGAACCGCGCCGCGTGGGGGGAAAGTCCTTCAAGAGATGGCAAGCCCGCAGGGCGAGACGa > 2:773875/1‑239 (MQ=255)
tggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTAACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTTCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGCCGAGACGAt > 1:284317/1‑238 (MQ=255)
ggCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGGGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCGGCTGGGGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGGGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGGCGATg > 1:981305/1‑238 (MQ=255)
cATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGGGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGGAACGATGTcc > 1:604150/1‑239 (MQ=255)
ttGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTa > 1:632050/1‑175 (MQ=255)
cTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGGGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGGGACGATGTCCGGAcc > 1:174159/1‑238 (MQ=255)
gaaccacCGCC‑TTTTCGGGGGGGGGCGAATTTCCTGGCAGGGTGGCCAGGGGAAGGTTGGGGGGAAAATGCGTAAGCTGGAGGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCg < 2:976606/234‑1 (MQ=255)
aaCACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGGGAGGGGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGGGACGAGGTCCGGa > 1:773714/1‑233 (MQ=255)
cccccGGCATTTGCGGCGGGCGGCAGA‑TTCCTGGCACGTTAGCCAGCCGACGGTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTg < 1:694062/235‑1 (MQ=255)
cGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGGGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACAt > 1:537557/1‑239 (MQ=255)
cGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGGGCTGCGGGAGGGGAAAGTCCTTAAAAAGATGGCAAACCCGCGGGGGGAGACAGTGGCCGGACCGccggaaat > 2:921031/1‑232 (MQ=255)
gCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATAAGGCGCGTACCGTGCTGCGGGGGGGGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCACCAGGGGCGGAGGAAGGCCGGACCGCTgacaatg > 2:963231/1‑233 (MQ=255)
ggCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGGGAACGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCACCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGAt > 1:126643/1‑238 (MQ=255)
gggCGGCAGA‑TCTCTGCCAGTTTGGCCAGCCGACGCTTGGCGGGAAAATTGGTAAGCTGGAAGGTGAGCGGGGGGGGTTGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTcc < 2:475093/236‑1 (MQ=255)
gTGCGGAAGA‑TTCCCGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGAGGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTcc < 1:886718/238‑1 (MQ=255)
ggggggacttttCCTGCCGGGTTGCCCGGCCGACGCTTGGCGGGAAAATTCGTAAGTGGGAAGATGGTGTGGTCGGGATGTGCCGGGAGGGGACCAGCCGGAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTcc < 2:247595/228‑1 (MQ=255)
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gCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCCCCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCT‑GCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTACCAAAGCTGGaa < 1:963231/238‑1 (MQ=255)
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|
TGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGA‑TTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTAAGCTGGAAGATGAGCTGGGCGTGATGTTGCTGGAGCGGACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCT‑GCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACC > NC_000913/4158420‑4158879
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
