Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I207 R1
|
218 |
45.0 |
2482936 |
97.1% |
2410930 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
579,943 |
(T)8→7 |
intergenic (+57/+193) |
appY → / ← ompT |
DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 579,936 | 0 | T | . | 100.0%
| 105.4
/ NA
| 25 | intergenic (+50/+200) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (13/12); total (13/12) |
ATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > NZ_CP009273/579861‑580018
|
aTGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGat < 2:865934/90‑1 (MQ=255)
aTGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGat < 2:865138/90‑1 (MQ=255)
tGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGata > 1:1021511/1‑90 (MQ=255)
aaTAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTc > 2:519750/1‑90 (MQ=255)
aTAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGat < 1:200324/85‑1 (MQ=255)
aTAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGat > 2:200324/1‑85 (MQ=255)
aaaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAAcc > 1:1014726/1‑90 (MQ=255)
aaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCa > 1:876973/1‑90 (MQ=255)
gATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAAt < 2:744244/90‑1 (MQ=255)
aTAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAAtt > 2:1217401/1‑90 (MQ=255)
tGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGtttttttga < 1:251973/55‑3 (MQ=255)
tGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGtttttttga > 2:251973/1‑53 (MQ=255)
tattaCAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCt > 1:338051/1‑90 (MQ=255)
tattaCAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCt > 1:938173/1‑90 (MQ=255)
attaCAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTg > 1:831217/1‑90 (MQ=255)
aaGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 2:876973/90‑1 (MQ=255)
cATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatac < 2:106640/90‑1 (MQ=255)
cATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatac < 2:852362/90‑1 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat < 2:1021511/90‑1 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat < 1:936734/90‑1 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat < 1:865558/90‑1 (MQ=255)
tAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACt > 2:864890/1‑90 (MQ=255)
ataataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAAt > 1:944548/1‑90 (MQ=255)
aataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTg < 2:1228189/90‑1 (MQ=255)
attatACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATg < 1:864890/90‑1 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 2:131645/1‑90 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 1:259359/1‑90 (MQ=255)
|
ATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > NZ_CP009273/579861‑580018
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > NZ_CP009273/579852‑580025
|
GCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATA > SRR3722089.1036738/1‑100 (MQ=60)
agcgtcagatgtgtataagagacagTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTC < SRR3722089.255199/75‑1 (MQ=60)
ATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAAC < SRR3722089.202848/100‑1 (MQ=60)
TGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACC > SRR3722089.1029838/1‑100 (MQ=60)
GGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCA > SRR3722089.889587/1‑100 (MQ=60)
TGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCT > SRR3722089.342267/1‑100 (MQ=60)
TGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCT > SRR3722089.951900/1‑100 (MQ=60)
GATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTG > SRR3722089.842962/1‑100 (MQ=60)
CATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAAT > SRR3722089.958393/1‑100 (MQ=60)
TGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTG < SRR3722089.877954/100‑1 (MQ=60)
TGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTG < SRR3722089.950440/100‑1 (MQ=60)
TTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > SRR3722089.262686/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722089.1150126/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722089.605546/1‑100 (MQ=60)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG < SRR3722089.877271/100‑1 (MQ=60)
|
GCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > NZ_CP009273/579852‑580025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
