Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I229 R1
|
214 |
17.4 |
943020 |
97.5% |
919444 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
579,943 |
(T)8→7 |
intergenic (+57/+193) |
appY → / ← ompT |
DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 579,936 | 0 | T | . | 100.0%
| 53.1
/ NA
| 14 | intergenic (+50/+200) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (8/6); total (8/6) |
GATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > NZ_CP009273/579885‑580018
|
gATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGt > 1:15262/1‑52 (MQ=255)
gATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGt < 2:15262/52‑1 (MQ=255)
aaGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 1:406945/90‑1 (MQ=255)
aaGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 1:421549/90‑1 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 1:426650/89‑1 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc > 1:447593/1‑89 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc > 2:426650/1‑89 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 2:447593/89‑1 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCt > 2:11090/1‑90 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGAGTTGCTGTCGCCt > 2:410785/1‑90 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat < 1:285633/90‑1 (MQ=255)
tataATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATaa > 2:261859/1‑90 (MQ=255)
attatACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATg < 1:11090/90‑1 (MQ=255)
ttatACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATgg > 2:172681/1‑90 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 1:159652/1‑90 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 1:188210/1‑90 (MQ=255)
|
GATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > NZ_CP009273/579885‑580018
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > NZ_CP009273/579891‑580025
|
GTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCT > SRR3722113.452335/1‑100 (MQ=60)
AAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATAC < SRR3722113.411224/100‑1 (MQ=60)
AAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATAC < SRR3722113.426003/100‑1 (MQ=60)
AAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATAC < SRR3722113.431154/100‑1 (MQ=60)
TGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTG < SRR3722113.288226/100‑1 (MQ=60)
TTATNATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > SRR3722113.35375/1‑100 (MQ=60)
TTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > SRR3722113.160965/1‑100 (MQ=60)
TTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > SRR3722113.189686/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGctgtctcttat > SRR3722113.58678/1‑89 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGctgtctc > SRR3722113.36219/1‑93 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722113.130653/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722113.257827/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722113.325628/1‑100 (MQ=60)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG < SRR3722113.11194/100‑1 (MQ=60)
|
GTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > NZ_CP009273/579891‑580025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
