Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I210 R1
|
226 |
19.6 |
1130256 |
95.4% |
1078264 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
579,943 |
(T)8→7 |
intergenic (+57/+193) |
appY → / ← ompT |
DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 579,936 | 0 | T | . | 100.0%
| 66.8
/ NA
| 17 | intergenic (+50/+200) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (9/8); total (9/8) |
TCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > NZ_CP009273/579855‑580018
|
tCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGtttttttga < 2:464494/90‑3 (MQ=255)
tCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGtttttttga < 2:309285/90‑3 (MQ=255)
caGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGAtgt < 1:294428/90‑1 (MQ=255)
aaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCa > 1:20018/1‑90 (MQ=255)
aacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCAt > 1:545452/1‑90 (MQ=255)
aTAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAAtt < 1:6843/90‑1 (MQ=255)
attaCAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTg > 1:526651/1‑90 (MQ=255)
aCATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTtata < 1:15043/90‑1 (MQ=255)
tAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatac > 1:504733/1‑85 (MQ=255)
tAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatac < 2:504733/85‑1 (MQ=255)
aaTTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACta < 1:303603/90‑1 (MQ=255)
aataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTg > 2:542384/1‑90 (MQ=255)
attatACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATg < 2:76420/90‑1 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 2:306017/62‑1 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc > 1:306017/1‑62 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 1:451291/1‑90 (MQ=255)
ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt > 2:515985/1‑90 (MQ=255)
cAGCG‑TTTTTTCGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 1:470735/59‑1 (MQ=255)
cAGCG‑TTTTTTCGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc > 2:470735/1‑59 (MQ=255)
|
TCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > NZ_CP009273/579855‑580018
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATAATCGGCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAA > NZ_CP009273/579844‑580040
|
AATAATCGGCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTG < SRR3722092.400545/100‑1 (MQ=60)
CAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGG < SRR3722092.299572/100‑1 (MQ=60)
GGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCA > SRR3722092.20365/1‑100 (MQ=60)
GAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCAT > SRR3722092.556402/1‑100 (MQ=60)
GATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTG > SRR3722092.537210/1‑100 (MQ=60)
ATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGT < SRR3722092.6964/100‑1 (MQ=60)
tcagatgtgtataagagacagTAATATTATACAGCG‑TTTTTTCGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATAC < SRR3722092.480075/79‑1 (MQ=60)
GTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACT > SRR3722092.514824/1‑100 (MQ=60)
ACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAA < SRR3722092.15305/100‑1 (MQ=60)
AATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGG < SRR3722092.308949/100‑1 (MQ=60)
TTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACctgtctcttatacacatc > SRR3722092.311405/1‑82 (MQ=60)
TTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTT > SRR3722092.460194/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACtgtctcttatacacatctgacgctgccgacgaccatcttagtgtagatctcggtggtcgccg > SRR3722092.171462/1‑38 (MQ=60)
TTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTctgtctcttatacacatctga > SRR3722092.288197/1‑79 (MQ=60)
TTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAA < SRR3722092.526331/100‑1 (MQ=60)
|
AATAATCGGCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATGTGATTTAGTTAATAA > NZ_CP009273/579844‑580040
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
