Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I194 R1
|
197 |
32.2 |
1845014 |
95.2% |
1756453 |
85.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
579,943 |
(T)8→7 |
intergenic (+57/+193) |
appY → / ← ompT |
DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 579,936 | 0 | T | . | 100.0%
| 49.2
/ NA
| 13 | intergenic (+50/+200) | appY/ompT | DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (8/5); total (8/5) |
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAA > NZ_CP009273/579860‑580009
|
gATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGa < 1:97054/90‑1 (MQ=255)
tGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTtgatatgata > 1:299795/1‑90 (MQ=255)
acaaaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGaa > 2:645041/1‑90 (MQ=255)
aTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAAt > 2:909866/1‑90 (MQ=255)
gACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTg > 2:635430/1‑90 (MQ=255)
ttattaCAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGc > 1:248180/1‑90 (MQ=255)
aaGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGcc < 1:909866/90‑1 (MQ=255)
aGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCt > 2:48063/1‑90 (MQ=255)
gTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTAttt < 1:361440/90‑1 (MQ=255)
tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat < 1:1254/90‑1 (MQ=255)
tataATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATaa > 1:434948/1‑90 (MQ=255)
cAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTa > 1:532915/1‑61 (MQ=255)
cAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTa < 2:532915/61‑1 (MQ=255)
|
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAA > NZ_CP009273/579860‑580009
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > NZ_CP009273/579852‑580025
|
GCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATATGATA > SRR3722072.304998/1‑100 (MQ=60)
GATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAA < SRR3722072.98852/100‑1 (MQ=60)
CTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGC > SRR3722072.252369/1‑100 (MQ=60)
tgggctcggagatgtgtataagagacagATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTT < SRR3722072.682008/72‑1 (MQ=60)
tcggagatgtgtataagagacagATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATAC < SRR3722072.876275/77‑1 (MQ=60)
AAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATAC < SRR3722072.925514/100‑1 (MQ=60)
GTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACT < SRR3722072.367849/100‑1 (MQ=60)
ACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAA > SRR3722072.442868/1‑100 (MQ=60)
TGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTG < SRR3722072.1297/100‑1 (MQ=60)
taagagacagATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGA < SRR3722072.432183/90‑1 (MQ=60)
TAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATctgtctcttatacacatct > SRR3722072.542517/1‑81 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATctgtctcttatacacatctcc > SRR3722072.197172/1‑79 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATctgtctcttatac > SRR3722072.238332/1‑87 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCct > SRR3722072.96810/1‑98 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTA > SRR3722072.293075/1‑100 (MQ=60)
ATATTATACAGCG‑CTTTTTTGATGTGATATTGTGGAACCATTACTTTGTCTTTGGGTTGCTGTCGCCTATTGTATATATTCTATAATTGctgtttcttat > SRR3722072.90490/1‑89 (MQ=39)
ATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGctgtctcttatac > SRR3722072.106915/1‑87 (MQ=60)
|
GCGTCACAGATGGAATAAACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTTCTATG > NZ_CP009273/579852‑580025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
